Việc thực hiện công tác kiểm toán môi trường đem lại rất nhiều lợi ích cho các nhà quản lý môi trường, cũng như các công ty, tổ chức sản xuất. Trong đó phải kể đến những lợi ích chính sau:
Bảo vệ môi trường và giúp đảm bảo sự tuân thủ các điều luật về môi trường.
Nâng cao trình độ quản lý và nhận thức của công nhân tại các nhà máy trong việc thi hành các chính sách môi trường, đem lại hiệu quả tốt hơn trong quản lý tổng thể môi trường, nâng cao ý thức về môi trường cũng như trách nhiệm của công nhân trong lĩnh vực này.
Đánh giá được hoạt động và chương trình đào tạo cán bộ, công nhân viên của các nhà máy, cơ sở sản xuất về kiến thức môi trường.
Thu thập được đầy đủ các thông tin về hiện trạng môi trường của nhà máy. Căn cứ vào đó để cung cấp các thông tin, cơ sở dữ liệu trong các trường hợp khẩn cấp và ứng phó kịp thời.
Đánh giá được mức độ phù hợp của các chính sách môi trường, các hoạt động sản xuất nội bộ của nhà máy với các chính sách, thủ tục, luật lệ bảo vệ môi trường của Nhà nước ở cả hiện tại và tương lai.
Hỗ trợ việc trao đổi thông tin giữa các nhà máy, các cơ sở sản xuất. Chỉ ra các thiếu sót, các bộ phận quản lý yếu kém, từ đó đề ra các biện pháp cải thiện có hiệu quả để quản lý môi trường và sản xuất một cách tốt hơn.
Ngăn ngừa và tránh các nguy cơ, sự cố về môi trường ngắn hạn cũng như dài hạn.
Nâng cao uy tín cho công ty, củng cố quan hệ của công ty với các cơ quan hữu quan.
Với vai trò hết sức to lớn như trên thì kiểm toán môi trường không chỉ đơn thuần là một công cụ quản lý môi trường mà nó còn là một lựa chọn để phát triển, cũng như là một phương pháp đo đạc, tính toán, dự báo trước các tác động xấu đến môi trường.