Giai đoạn 2006 – 2011, do chịu ảnh hưởng của cuộc suy thoái kinh tế, dịch bệnh và đợt ngập úng lịch sử vào cuối năm 2008, tình hình phát triển kinh tế - xã hội gặp nhiều khó khăn. Tuy nhiên quận vẫn giữ được mức độ tăng trưởng từng năm khá cao, tỉ lệ tăng trưởng bình quân 17,47%/năm.
Tổng giá trị sản xuất trên địa bàn quận hàng năm tăng, mức tăng năm sau cao hơn năm trước. Năm 2006, tổng giá trị sản xuất chỉ đạt 1637,7 tỉ đồng; năm 2011 đã tăng lên 3755 tỉ đồng, tăng 129%. Riêng trong 9 tháng đầu năm 2009, tổng giá trị sản xuất trên địa bàn quận ước đạt 9.909,9 tỷ đồng, tăng 12,3% so với cùng kỳ năm 2008; trong đó giá trị sản xuất ngành công nghiệp-tiểu thủ công nghiệp-xây dựng đạt 5.688,4 tỷ đồng, tăng 12,3%; giá trị sản xuất ngành thương mại-dịch vụ đạt 4.164,1 tỷ đồng, tăng 14,8%.
Nhìn chung, cơ cấu kinh tế quận Hoàng Mai những năm qua chuyển dịch đúng hướng, tăng tỉ trọng công nghiệp – tiểu thủ công nghiệp, thương mại dịch vụ; giảm tỉ trọng nông nghiệp.
Hiện nay, trên địa bàn quận Hoàng Mai có hơn 4.562 doanh nghiệp đang hoạt động sản xuất kinh doanh, trong đó có 31 doanh nghiệp nhà nước; 4.151 doanh nghiệp ngoài nhà nước, 16 doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài và một số loại hình doanh nghiệp khác.
Quận Hoàng Mai có nhiều làng nghề góp phần tạo nên một nét rất riêng của Hà Nội như làng nghề bánh cuốn Thanh Trì (Phường Thanh Trì), làng rượu Hoàng Mai, làng bún Tứ Kỳ, làng bún ốc Pháp Vân (Phường Hoàng Liệt), làng đậu phụ mơ (Phường Mai Động)…Ngoài ra, nhiều phường của quận Hoàng Mai còn nổi tiếng với các nghề trồng hoa, rau sạch (Phường Vĩnh Hưng, Lĩnh Nam), làng cá Yên Sở (Phường Yên Sở)...