e. Ảnh hưởng của nồng độ muối NaCl
3.1.4.2.Phân loại chủng xạ khuẩn HP411 theo phương pháp giải trình tự gen 16S rDNA
16S rDNA
Chủng xạ khuẩn HP411 được tách DNA tổng số, sau đó kiểm tra trên gel agarose 1,0 %. Khi thực hiện phản ứng PCR sử dụng cặp mồi đặc hiệu FC27 và RC1492 (phương pháp nghiên cứu) để khuếch đại gen 16S rDNA của chủng HP411 cho một băng ADN rõ nét duy nhất có kích thước khoảng 1500 bp (Hình 3.7). Kết quả trên cho thấy phản ứng PCR trong thí nghiệm này là đặc hiệu.
Các đặc điểm Chủng HP411 ISP 5179
1. Cuống sinh bào tử Thẳng, hơi lượn sóng (RF)
Xoắn ở đầu, móc hơi lượn sóng (RA)
2. Bề mặt bào tử Xù xì (wa) Xù xì (wa), tóc (w) hoặc trơn (sm)
3. Số bào tử/chuỗi 10-20 10- 20
4. Màu khuẩn ti khí sinh Xám d, trắng xám fe KTKS xám hoặc xám sang đỏ
5. Màu khuẩn ti cơ chất Xám 7ih Phát triển yếu và không rõ trên ISP5
Xám trên ISP3, 4 Nâu trên ISP2
6. Sắc tố tan Không sinh sắc tố Không sinh sắc tố trên ISP2, 3, 4, 5
7. Sắc tố Melanin Không sinh Melanin Không sinh Melanin 8. Sử dụng nguồn đường Arabinose + + D-xylose + + Myo-Inositol + + D-Manitol + + D-fructose + + L-rhamnose + + Sacarose - - Raffinose +- - D-Glucose + + ISP9 - -
Hình 3.7. Kết quả điện di sản phẩm PCR trên gel agaroza 1%
M: thang ADN chuẩn 1 kb;
1, 2: sản phẩm PCR nhân dòng gen mã hóa 16S rRNA chủng HP411 Tiến hành tinh sạch sản phẩm PCR bằng bộ kit PureLinkTM-DNA
Purification (Invitrogen). Sản phẩm thu được đem tách dòng và giải trình tự tại phòng TNTĐCNG, viện CNSH.
Kết quả giải trình tự gen 16S rDNA của chủng xạ khuẩn HP411 được so sánh với các trình tự gen tương ứng trên ngân hàng dữ liệu cơ sở GenBank bằng công cụ BLAST trên NCBI cho thấy: gen 16S rDNA của chủng HP411 có độ tương đồng cao tới 99% so với gen tương ứng của các chủng thuộc chi Streptomyces, kết quả trên bảng 3.9.
Bảng 3.9. Kết quả so sánh trình tự gen mã hóa 16S rRNA của chủng HP411 với gen tương ứng của các chủng vi khuẩn được đăng ký trên GenBank Trình tự gen mã hóa 16S rARN của chủng vi
khuẩn được so sánh Acc. No.
Độ tương đồng (%)
Chủng xạ khuẩn Streptomyces sp. JLGC14 GQ357941.1 99% Chủng xạ khuẩn Streptomyces sp. SMVB8 KC445192.1 99% Chủng xạ khuẩn Streptomycesvariabilis FMA_323 JX860395.1 99% Chủng xạ khuẩn Streptomyces sp. I3(2013) JX915829.1 99% Chủng xạ khuẩn Streptomyces sp. ZZY-2013 KC291423.1 99% Chủng xạ khuẩn Streptomyces sp. MBRC-125 KC179816.1 99%
Chủng xạ khuẩn Streptomyces sp. MBRC-64 KC179806.1 99% Chủng xạ khuẩn Streptomyces sp. MBRC-59 KC179803.1 99% Chủng xạ khuẩn Streptomyces sp. GS06 JX430443.1 99% Chủng xạ khuẩn Streptomyces sp. 05CM021 JX912300.1. 99% Chủng xạ khuẩn Streptomyces sp. TRM46636 JX244136.1 99% Chủng xạ khuẩn S.variabilis NRRLB-3984 NR_043840.1 99% KC179806.1.Streptomyces.MBRC-6 HP411 14R 484 JQ958882.1.Streptomyces.22012 441 JX430443.1.Streptomyces.GS06 KC179803.1.Streptomyces.MBRC-5 571 103 KC179816.1.Streptomyces.MBRC-1 JX912293.1.Streptomyces.05CM00 137 KC291423.1.Streptomyces.ZZY-20 KC445192.1.Streptomyces.SMVB8 1000 JX912300.1.Streptomyces.05CM02 973 JX915829.1.Streptomyces.I3 201 NR 043840.1.S.var.NRRLB-3984 967 729 GQ357941.1.Streptomyces.JLGC14 705 JX244136.1.Streptomyces.TRM466 670 TRICHOTOMY
Hình 3.8. Cây phát sinh chủng loại của chủng HP411
Trên cây phát sinh chủng loại cho thấy chủng HP411 có quan hệ gần nhất với chủng Streptomyces MPRC-6. Kết hợp với kết quả phân loại dựa trên đặc điểm sinh học, đặt tên chủng là Streptomyces variabilis HP411.