Có hai hạn chế chủ yếu trong việc sử dụng mô hình rủi ro kiểm toán. Một là, dự kiểm toán viên có những nỗ lực cao nhất trong việc lập kế hoạch, những đánh giá về rủi ro kiểm toán mong muốn và rủi ro kiếm soát vẫn có tính chủ quan cao và chỉ xấp xỉ bằng thực tế. Ví dụ, giả sử kiểm toán viên đánh giá quá trình kiểm soát nội bộ và các rủi ro vốn có thấp hơn đáng lẽ phải có nếu tất cả các sự kiện đều được biết thì rủi ro phát hiện do đó sẽ phải cao hơn số thích hợp và số bằng chứng dự trù sẽ thấp hơn. Để giải quyết vấn đề này, hầu hết kiểm toán viên đều bảo thủ trong cách đánh giá của họ hoặc sử dụng các mức độ đánh giá quá khái quát và chủ quan, ví dụ: “thấp”, “trung bình” hoặc “cao”.
Trong trường hợp kiểm toán viên đã quyết định chấp nhận mức rủi ro kiểm toán cao đối với mỗi bộ phận, kiểm toán viên đã kết luận là có mức rủi ro thấp đối với sai sót trong các báo cáo tài chính và quá trình kiểm soát nội bộ có hiệu quả. Do đó mức rủi ro phát hiện cao là thích hợp. Kết quả là số lượng bằng chứng cần thiết thấp. Trường hợp ngược lại, nếu cả rủi ro tiềm tàng và rủi ro kiểm soát đều cao, nhưng kiểm toán viên muốn có mức rủi ro kiểm toán thấp thì số lượng bằng chứng được yêu cầu lớn. Các trường hợp còn lại nằm giữa hai thái cực này.
Hai là, mô hình rủi ro kiểm toán là mô hình kế hoạch do đó nó bị hạn chế trong việc sử dụng để đánh giá các kết quả kiểm toán. Một khi các mức rủi ro đã được đánh giá và theo đó kế hoạch kiểm toán được xây dựng, các thành phần của kế hoạch đối với rủi ro tiềm tàng và rủi ro kiểm soát không được thay thế dựa trên bằng chứng kiểm toán đã thu thập. Nếu bằng chừng kiểm toán chỉ rõ các sai sót cao hơn mức có thế chấp nhận không tồn tại thì mô hình là hợp lý. Tuy vậy, nếu bằng chứng kiểm toán chỉ rõ có sự hiện diện của các sai sót cao hơn mức có thể chấp nhận, mô hình phải bị phá vỡ và các thể thức cần thiết sẽ được thực thi để nhận diện và lượng hóa các sai sót hiện có ở mức chắc chắn cao hơn.