7.2.2.1. Cách phân loại
a. Theo thành phần sinh học của vi sinh vật
Trong chất thải, ñặc biệt là các chất thải có nguồn gốc từ phân và sinh hoạt của con người, có một lượng lớn vi sinh vật. Các vi sinh vật ñược phân loại theo các nhóm chính là vi khuẩn, virus, ñộng vật nguyên sinh và trứng ký sinh trùng: giun, sán, ... Cách phân loại này có ích khi xác ñịnh các tác nhân gây bệnh, dựa vào các triệu chứng bệnh mà chúng gây nên, cũng như khi có ñiều kiện phân tích, xác ñịnh thành phần tính chất của nước thải hay nước nhiễm phân, ...
b. Theo nhóm bệnh truyền nhiễm và không truyền nhiễm
Các bệnh truyền nhiễm: Các bệnh nhiễm trùng ñường ruột và các bệnh giun sán là các bệnh truyền nhiễm thường gặp liên quan ñến việc thải và quảnlý chất thải, nước thải không hợp vệ sinh hoặc thường phát sinh trong môi trường thiếu vệ sinh, nước và thức ăn bị nhiễm bẩn. Cụ thể là các bệnh tả, sốt thương hàn và phó thương hàn, lỵ và các bệnh tiêu chảy khác, bệnh giun móc, bệnh giun chỉ, sán, và bại liệt polio. Ngoài ra, các bệnh ngoài da, ñau mắt và Leptospira cũng có thể phát sinh và lây lan trong ñiều kiện vệ sinh kém. Các bệnh không truyền nhiễm: Các bệnh không truyền nhiễm chủ yếu liên quan tới thành phần hoá học của nước, phân và rác thải, hay của môi trường xung quanh, gây ảnh hưởng tới sức khoẻ con người.
c. Theo các ñặc ñiểm dịch tễ học của tác nhân gây bệnh
Ngoài việc ñược phân chia thành những nhóm vi sinh vật chính theo các ñặc ñiểm sinh học hay theo khả năng truyền nhiễm như trên, các tác nhân gây bệnh có mặt ở trong phân và các chất thải còn có thể ñược phân loại dựa vào những ñặc ñiểm dịch tễ và môi trường của chúng. Những yếu tố cơ bản ñể phân chia các tác nhân gây bệnh là thời kỳ tiềm tàng của vi sinh vật (những vi sinh vật không có thời kỳ tiềm tàng gây nhiễm trùng ngay lập tức khi ñược bài tiết ra ngoài), liều gây nhiễm, ñường truyền chủ yếu, vật chủ trung gian... Cách phân loại này thường sử dụng phổ biến trong dịch tễ học, y học.
Nhóm 1: không có thời kỳ tiềm tàng (gây nhiễm trùng ngay sau khi ñược bài tiết ra ngoài), liều gây nhiễm thấp. Nhóm này gồm các tác nhân gây bệnh:
các virus ñường ruột, virus viêm gan A, Rotavirus, E. histolytica, Giardia lamblia, giun kim.
Nhóm 2: không có thời kỳ tiềm tàng (gây nhiễm trùng ngay sau khi ñược bài tiết ra ngoài), liều gây nhiễm trung bình hoặc cao, khả năng bền vững tương
ñối (thời gian tồn tại trung bình), có khả năng tự nhân lên ngoài cơ thể vật chủ. Nhóm này gồm Campylobacter spp., E. coli (gây bệnh), Salmonella typhi,
Salmonella spp., Shigella spp., Vibrio cholerae, Yersinia enterocolitica.
Nhóm 3: có thời kỳ tiềm tàng (không gây nhiễm trùng ngay sau khi ñược bài tiết ra ngoài), bền vững (thời gian tồn tại dài), không có vật chủ trung gian.
(Nhóm này chủ yếu là các loại giun lây truyền qua ñất) gồm giun ñũa, giun móc, giun tóc.
Nhóm 4: có thời kỳ tiềm tàng (không gây nhiễm trùng ngay sau khi ñược bài tiết ra ngoài), bền vững (thời gian tồn tại dài), có vật chủ trung gian là gia
súc. Nhóm này gồm các tác nhân sán dây lợn, sán dây bò.
Nhóm 5: có thời kỳ tiềm tàng (không gây nhiễm trùng ngay sau khi ñược bài tiết ra ngoài), bền vững (thời gian tồn tại dài), có vật chủ trung gian là ñộng
vật thuỷ sinh. Nhóm này gồm sán lá gan Trung Quốc, sán lá gan, sán lá ruột, sán lá phổi.