Việc lựa chọn các mốc giải phẫu được thực nghiệm tốt và ứng dụng rộng rãi. Lựa chọn điểm có thể thực hiện thuận tiện qua nhiều cách. Farrell et al. [3] sử dụng một khối hình 3 chiều để đưa ra hai hình thức chọn điểm : một bề mặt ảo để phác họa các đường viền và một màn hiển thị nhiều lớp cắt liên tiếp của MR. Fright và Linney [8] cũng mô phỏng các bề mặt để thuận tiện cho việc chọn điểm. Các phương pháp này sử dụng phương pháp Newton để tính toán các giá trị bình phương cực tiểu nhằm đưa ra một phép biến đổi thô. Evans et al. đề xuất việc sử dụng các điểm tương đương trong ảnh MR và
PET để tạo ra một biến dạng affine dựa trên phương pháp bình phương cực tiểu tuyến tính. Ngoài ra, ta cũng có thể tiến hành xử lý ảnh trước khi tiến hành hợp nhất. Phương thức này được đề cập trễ hơn bởi Neelin et al., thay thế phép biến đổi hình học bằng phép biến đổi thô sử dụng thuật toán Procrustes. Lựa chọn điểm trong PET và MR dễ dàng thực hiện bởi nhấp con trỏ chuột vào vị trí mong muốn trên khối ảnh. Họ nhận thấy rằng độ chính xác tăng lên đáng kể với 10 cặp điểm hoặc nhiều hơn. Hill et al. sử dụng các mốc để kết hợp thô MR với CT nhằm mục tiêu phẫu thuật. Họ thực hiện dựa trên các dữ liệu mô phỏng và ảnh ảo và xác nhận, để thu được kết quả có thể chấp nhận được cần có từ 12 đến 16 điểm mốc. Ende et al. cũng đã khẳng định rằng việc tăng số điểm đồng nghĩa với việc tăng độ chính xác.
Các cấu trúc cũng được sử dụng trong hợp nhất các ảnh đa mô hình. Kapouleas et al. [7] khẳng định rằng ảnh MR và PET có thể được hợp nhất bằng cách tìm kiếm mặt rạn nứt của gian não trong một dãy các khu vực cắt ngang. Người vận hành chỉ rõ vị trí của mặt phẳng này bằng cách xác định các điểm giới hạn của nó. Ge et al. đưa ra một phương pháp tương tự với việc nhận dạng bề mặt rạn nứt của gian não thông qua sự sắp xếp của các mặt phẳng song song.Wang et al. đề ra biện pháp kết nối bằng cách sắp xếp bề mặt rạn nứt của gian não theo các đường mép bên trong. Một thành tựu khác của Amit sử dụng công cụ hình họa của các khuôn hình để nhận dạng các mốc kết nối.