Nguồn ảnh ở đây chính là dữ liệu sử dụng để hợp nhất. Nó có thể tồn tại ở 1 trong 2 dạng : có cấu trúc hoặc không có cấu trúc. Nguồn ảnh được xem như có cấu trúc nếu thông tin bên trong ảnh được tổ chức theo chiều hướng thuận lợi cho việc hợp nhất. Việc tạo cấu trúc thường bao gồm việc gán các thông tin kèm theo ảnh cùng lúc với thời điểm thu nhận ảnh. Tạo cấu trúc cho một nguồn ảnh rất có lợi vì nó giúp đơn giản hóa việc biểu hiện của không gian đặc điểm. Làm như thế sẽ giảm bớt rất nhiều công đoạn tính toán để xác định phép biến đổi tối ưu. Tuy nhiên, hợp nhất có cấu trúc cũng đặt ra những yêu cầu nhất định. Trước tiên, việc tạo cấu trúc cho một nguồn dữ liệu trong bộ phận tái tạo đòi hỏi phải có thời gian và các phương thức thực hiện. Hơn nữa, khả năng ứng dụng lại bị hạn chế ở một vài phần, chỉ có những ảnh được cấu trúc một cách đặc biệt mới có khả năng hợp nhất. Về phương diện khác, một nguồn ảnh không có cấu trúc chỉ bao gồm dữ liệu ảnh thô chụp được của bệnh nhân. Các nguồn ảnh không có cấu trúc được tạo ra khi không cần thiết phải hợp nhất hình ảnh trước khi thu được ảnh. Bởi vì không gian đặc điểm không được xác định rõ như trong trường hợp nguồn có cấu trúc, sự biểu hiện của các đặc điểm ở đây phức tạp hơn. Kỹ thuật hợp nhất không cấu trúc phải tìm ra được không gian đặc điểm từ bên trong dữ liệu ảnh của bệnh nhân. Bởi vì lý do này, những kỹ thuật như thế sẽ phải đòi hỏi cường độ tính toán cao hơn. Mức độ phức tạp càng gia tăng, nhưng ngược lại, khả năng ứng dụng của các kỹ thuật này lại không bị giới hạn như trước. Hơn nữa, công nghệ đồ họa máy tính liên tục phát triển đã không ngừng giảm bớt những đòi hỏi về cấu hình tính toán, điều này khiến cho các kỹ thuật không cấu trúc ngày càng thu hút hơn.