Năm 1998, kế hoạch đầu tư cho KBTTN với diện tích 41.424 ha tại tỉnh Kon Tum được Viện Điều tra Quy hoạch Rừng và Tổ chức Birdliffe International xây dựng [25]. Dự án đầu tư KBTTN Ngọc Linh Kon Tum đã được UBND tỉnh Kon Tum chính thức phê chuẩn ngày 12/10/1998 theo Công văn số 69/TT-UB, và Bộ NN& PTNT phê chuẩn ngày 09/02/1999 theo Quyết định số 559/BNN-KH (Lê Trọng Trải et al. 1998) [33]. Ngày 03/5/2002, UBND tỉnh Kon Tum đã ra Quyết định số 38/2002/QĐ-UB về việc thành lập KBTTN Ngọc Linh [31].
Theo chỉ thị 38/2005/CT-TTg, ngày 5/12/2005 của Thủ tướng Chính phủ về việc rà soát, quy hoạch lại 3 loại rừng [23], UBND tỉnh Kon Tum đã tiến hành rà soát lại các loại rừng trên phạm vi toàn tỉnh. Sau khi rà soát UBND tỉnh Kon Tum đã ra quyết định số 333/QĐ-UBND giao cho Ban quản lý KBTTN Ngọc Linh quản lý 38.109,4 ha, bao gồm 42 tiểu khu, nằm trên địa bàn của của 5 xã: Đăk Man, Đăk Choong, Mường Hoong, Ngọc Linh, Xốp thuộc huyện Đăk Glei, tỉnh Kon Tum. Diện tích của KBTTN Ngọc Linh trước và sau rà soát được thể hiện ở Bảng 3.1 sau:
Bảng 3.1. Diện tích KBTTN Ngọc Linh trƣớc và sau rà soát
Đơn vị: ha TT Xã Diện tích KBT trƣớc rà soát Chia ra Diện tích KBT sau rà soát PKBVNN PKPHST 1 Đăk Man 10.321 10.321 - 9.747,8 2 Đăk Choong 19.766 16.952 2.814 6.631,8 3 Xốp 11.517,7 4 Mường Hoong 6.745 6.745 - 6.243,2 5 Ngọc Linh 4.588 4.588 - 3.968,9 Tổng 41.420 38.606 2.814 38.109,4
Ghi chú: xã Xốp được tách từ xã Đăk Choong năm 2002 Nguồn: BQL KBTTN Ngọc Linh năm 2011.
Kết quả thống kê ở Bảng 3.1 cho thấyso với thời điểm trước khi thực hiện rà soát, diện tích KBTTN Ngọc Linh giảm 3.310,6 ha. Trong đó diện tích rừng của KBT giảm nhiều nhất tại 2 xã Đăk Choong và xã Xốp với hơn 1.600 ha.