Tuy nhiên trong quá trình hình thành và phát triển công ty công ty vẫn còn mắc phải những hạn chế:
Thứ nhất là về hiệu quả sử dụng vốn tăng qua các năm nhưng tăng với tốc độ không lớn. Nguyên nhân:
Do khó khăn chung của khu vực kinh tế ngoài quốc doanh trong việc vay vốn, đặc biệt là công ty mới thành lập, nên phần vốn vay của công ty chủ yếu là vay ngắn hạn, dẫn đến khả năng thanh toán thấp. Đây là một hạn chế lớn, nếu không có giải pháp hữu hiệu nhằm giải toả áp lực nợ đến hạn thì sẽ đầy công ty đến nguy cơ phá sản. Bên cạnh đó lượng vốn vay tư nhân lớn với chi phí vốn cao làm giảm hiệu quả sử dụng vốn. Trước mắt công ty phải thanh toán khoản lãi vay lớn hàng tháng. Điều này buộc công ty phải giảm bớt chi phí để có lợi nhuận đảm bảo khả năng thanh toán lãi vay. Với các khoản dự phòng lớn đã được trích lập công ty có thể chống đỡ được tình huống xấu có thể xảy ra. Về lâu dài công ty cần phải có sự đa dạng hoá các khoản vốn vay, kết hợp hài hoà giữa vay ngắn hạn và vay dài hạn để tránh áp lực nợ đến hạn.
Vốn vay từ ngân hàng thương mại có ưu điểm lớn là chi phí vốn thấp. Tuy nhiên trên thực tế ở nước ta vay vốn từ ngân hàng thương mại là việc hết sức khó khăn đối với công ty ngoài quốc doanh, công ty cũng có huy động vốn từ nguồn này nhưng với số lượng đạt được rất ít ỏi. Để vay được vốn ngân hàng công ty phải làm các thủ tục hết sức phức tạp như là trình phương án kinh doanh, có tài sản thế chấp là các bất động sản hoặc sổ tiết kiệm và lượng vay được cũng không lớn. Đặc biệt càng khó khăn hơn khi công ty mới đi vào hoạt động, chưa có uy tín đối với nhà cung ứng vốn này. Hiện nay đối với công ty nguồn vốn này chỉ là thứ yếu đây là một hạn chế rất lớn đối với công ty vì đây là nguồn vốn có số lượng lớn và lãi suất thấp.
Thứ hai là về hiệu quả sử dụng lao động: Mặc dù số lượng lao động luôn luôn tăng cao, doanh thu lợi nhuận, thu nhập của người lao động kì sau cũng cao hơn kì trước nhưng vẫn chỉ ở mức độ trung bình, chưa cao hơn hẳn so với kì trước hay các doanh nghiệp khác trong khu vực. Vì thể mà công ty cần nâng cao kỹ năng cùng như trình độ năng lực của đội ngũ lao động để có thể nâng cao hiệu quả kinh doanh hơn nữa.