II: chỉ tiêu hiệu quả
3.2.1. Về chính sách thuế giá trị gia tăng
Quy định bãi bỏ khấu trừ thuế đầu vào theo tỷ lệ tính trên giá hàng hoá, dịch vụ mua vào không có hoá đơn GTGT đối với hàng hoá là nông sản, lâm sản, thuỷ sản chưa qua chế biến tuy phù hợp với thông lệ quốc tế nhưng lại dẫn đến khó khăn cho hoạt động của một số đơn vị kinh doanh nông sản như các HTX nông nghiệp, các doanh nghiệp thu mua, chế biến nông sản, và cũng ảnh hưởng không ít đến người sản xuất.
Nguyên nhân là các đơn vị này buộc phải tuân thủ theo chế độ kế toán tài chính hiện hành và phải sử dụng hoá đơn GTGT khi bán sản phẩm, nhưng lại
những người không chịu thuế GTGT ở khâu sản xuất. Các doanh nghiệp chế biến nông sản nói chung và các hộ kinh doanh lúa gạo nói riêng do không được khấu trừ thuế đầu vào nên khó lòng cạnh tranh được với các cơ sở tư nhân nhỏ lẻ được áp dụng thuế khoán.
Bên cạnh đó, chính sách thuế chưa đảm bảo tính công bằng giữa các đối tượng kinh doanh và gây bất lợi cho người nông dân. Trong khi hàng nông sản xuất khẩu được hưởng thuế suất 0% thì nông sản tiêu thụ nội địa vẫn chịu thuế suất 5%. Đây là điều thiếu công bằng giữa người kinh doanh nông sản xuất khẩu và người kinh doanh nội địa. Mặt khác, trên lý thuyết thuế GTGT là một loại thuế gián thu, tức thuế đánh vào người tiêu dùng nhưng thực tế để tăng khả năng cạnh tranh về giá, các doanh nghiệp thu mua nông sản có thể tìm cách chuyển dịch thuế về phía sau, nghĩa là đẩy gánh nặng thuế về phía người nông dân. Trong khi giá nguyên liệu đầu vào như phân bón, thuốc trừ sâu tăng lên thì giá nông sản khó theo kịp. Do vậy người nông dân gặp phải nhiều khó khăn trong việc trồng lúa.
Trên đây là một số vấn đề mà các nhà hoạch định chính sách nên quan tâm để có những biện pháp thích hợp nhằm khắc phục được những khó khăn gây bất lợi cho sự phát triển ngành nông nghiệp đặc biệt trong bối cảnh hội nhập kinh tế quốc tế khi hàng nông sản Việt Nam đang có sức ép cạnh tranh về giá và sản xuất của người nông dân cần được hỗ trợ bằng những chính sách bảo hộ hợp lý.