Bên cạnh những ưu điểm, tình hình khai thác tài nguyên du lịch Vịnh Hạ Long cũng có những hạn chế nhất định. Những hạn chế đó là do nhiều nguyên nhân khác nhau, có nguyên nhân chủ quan và nguyên nhân khách quan, cũng như sự tác động qua lại giữa các lĩnh vực hoạt động phát triển du lịch.
Chất lượng khai thác tài nguyên du lịch chưa cao do khai thác tràn lan, thiếu hoặc không thực hiện theo quy hoạch tổng thể. Đây cũng là nguyên nhân khiến việc khai thác tài nguyên du lịch ngày càng làm gia tăng sự ô nhiễm môi trường, tác động tiêu cực lên cảnh quan du lịch, làm mất dần các giá trị vốn có của Vịnh Hạ Long. Một trong những giá trị bị ảnh hưởng nặng nề là sự đa dạng sinh học đang có nguy cơ bị xâm hại bởi sự ô nhiễm môi trường, đặc biệt là ô nhiễm nguồn nước.Hiện nay, nước tại một số đảo không còn được trong xanh như nó vốn có mà thay vào đó là các rác thải sinh hoạt.
Đầu tư khai thác và phát triển du lịch mất cân đối, do nặng nề khai thác các sản phẩm du lịch phục vụ lưu trú mà thiếu các dịch vụ vui chơi giải trí, loại hình du lịch đặc trưng.
Mặt khác còn thiếu cơ chế tạo điều kiện cho cộng đồng dân cư khu vực di sản tham gia đầu tư phát triển du lịch, cũng như khai thác giá trị văn hóa, nghệ thuật dân gian, nghề thủ công truyền thống phục vụ du lịch.
Các doanh nghiệp du lịch khai thác tài nguyên du lịch Vịnh Hạ Long nhìn chung năng lực cạnh tranh còn yếu, tính liên kết kém, các doanh nghiệp mới chỉ tập trung phục vụ các thị trường quen thuộc như: Trung Quốc, Đài Loan hay Hồng Kông, chưa đủ sức vươn tới các thị trường tiềm năng như: Hàn Quốc, Nhật Bản, Châu Âu,…
Sản phẩm du lịch, chương trình tour tuyến, điểm tham quan còn đơn điệu, chưa tương xứng với giá trị đich thực của một Di sản thiên nhiên thế giới.
Công tác quảng bá, xúc tiến du lịch còn yếu, chưa theo kịp sự phát triển của ngành cũng như hình ảnh của Vịnh Hạ Long.
Chương 3: