Theo quy định tại Điều 216 và Điều 217 Luật SHTT, cơ quan Hải quan có quyền áp dụng các biện pháp sau đây để kiểm soát hàng hóa xuất nhập khẩu liên quan đến SHTT; tạm dừng làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa bị nghi ngờ xâm phạm SHTT. Theo đó, chủ thể quyền SHTT đã được bảo hộ theo quy định của pháp luật Việt Nam có quyền đề nghị cơ quan Hải quan tạm dừng làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu khi có căn cứ cho rằng hàng hóa đó xâm phạm quyền và yêu cầu xử lý hành vi xâm phạm QTG đối với CTMT nhằm thu thập thông tin, chứng cứ về lô hàng để chủ thể quyền sở hữu trí tuệ thực hiện quyền yêu cầu áp dụng các biện pháp khẩn cấp tạm thời hoặc các biện pháp ngăn chặn nhằm bảo đảm xử phạt hành chính.
Kiểm soát biên giới là biện pháp quan trọng trong việc phát hiện và ngăn chặn hành vi xâm phạm quyền SHTT. Tuy nhiên, dường như biện pháp này tính khả thi không cao khi kiểm soát về QTG đối với CTMT. Nguyên nhân chính là do đặc thù dễ sao chép, lưu trữ, CTMT và giá trị vật chất của CTMT hầu như không đáng kể. Giá trị của sản phẩm này chính là lượng
thông tin chứa đựng trong đĩa mềm, CD hay thậm chí chỉ các liên kết trên internet. Chính vì thế nên việc áp dụng các quy định về quản lý QTG đối với CTMT qua biên giới như những sản phẩm trí tuệ khác là không khả thi. Người cố tình vi phạm QTG đối với CTMT không cần nhập CTMT với số lượng nhiều mà chỉ cần một bản sao nhỏ gọn mang trong hành lý cá nhân hoặc MĐT, USB là hoàn toàn có thể vượt qua sự kiểm soát của cơ quan hải quan. Do vậy, biện pháp kiểm soát biên giới chưa phát huy được những ưu điểm của nó đối với việc kiểm tra loại quyền SHTT này.