Chủ sở hữu QTG đối với CTMT là tổ chức, cá nhân nắm giữ một, một số hoặc toàn bộ các quyền tài sản quy định tại Điều 20 của Luật SHTT. Theo Luật SHTT 2005 phân loại các chủ sở hữu QTG như sau:
- Chủ sở hữu QTG là tác giả: trường hợp này chủ sở hữu QTG và tác giả là một, nên chủ thể của QTG đối với CTMT trường hợp này có tất cả mọi quyền nhân thân và tài sản đối với CTMT.
- Chủ sở hữu QTG là các đồng tác giả: Các đồng tác giả sử dụng thời gian, tài chính, cơ sở vật chất - kỹ thuật của mình để cùng sáng tạo ra CTMT mà không dựa trên nhiệm vụ được giao và các đồng tác giả đó không chuyển giao quyền tài sản của mình cho bất kỳ ai thì tương tự như chủ sở hữu QTG là tác giả có chung tất cả các quyền nhân thân và quyền tài sản đối với CTMT đó.
Các đồng tác giả sáng tạo ra CTMT nếu có phần riêng biệt có thể tách ra sử dụng độc lập mà không làm phương hại đến phần của các đồng tác giả khác thì có các quyền nhân thân và quyền tài sản đối với phần riêng biệt đó.
- Chủ sở hữu QTG là tổ chức, cá nhân giao nhiệm vụ cho tác giả hoặc giao kết hợp đồng với tác giả: Tổ chức giao nhiệm vụ sáng tạo CTMT cho tác giả là người thuộc tổ chức mình là chủ sở hữu các quyền tài sản và quyền công bố CTMT, trừ trường hợp có thỏa thuận khác. Tác giả viết CTMT trong thời gian thực hiện hợp đồng lao động nhưng không theo nhiệm vụ được giao thì tác giả đó vẫn là chủ sở hữu CTMT do mình tạo nên. Hiện nay, tình trạng các lập trình viên khi rời các công ty cũ của mình thường mang theo các phần mềm do họ sáng tạo ra theo yêu cầu của công ty này đến công ty mới để phát triển thành một phần mềm khác tương tự hoặc giống hệt phần mềm trước đã gây nên nhiều vụ tranh chấp trong thời gian gần đây( Công ty Cổ phần Phần mềm Hà Nội (Hanoi Software JSC) và Công ty Cổ phần Thương mại Số (Digital Trade)).
- Chủ sở hữu QTG là người thừa kế: tổ chức, cá nhân được thừa kế QTG theo quy định của pháp luật về thừa kế là chủ sở hữu các quyền quyền tài sản và quyền công bố CTMT.
- Chủ sở hữu QTG là người được chuyển giao quyền tổ chức, cá nhân được chuyển giao một, một số hoặc toàn bộ các quyền tài sản và quyền công bố CTMT theo thỏa thuận trong hợp đồng là chủ sở hữu QTG.
- Chủ sở hữu QTG là Nhà nước: Nhà nước là chủ sở hữu QTG đối với các CTMT sau đây: CTMT khuyết danh, tức là CTMT hiện chưa rõ ai là tác giả, tuy nhiên trên thực tế thì rất hiếm trường hợp này xảy ra đối với đối tượng bảo hộ là CTMT mà thường chỉ đối với các tác phẩm văn học, nghệ thuật; CTMT còn trong thời hạn bảo hộ mà chủ sở hữu QTG chết không có người thừa kế, người thừa kế từ chối nhận di sản hoặc không được quyền hưởng di sản; CTMT được chủ sở hữu QTG chuyển giao quyền sở hữu cho Nhà nước.
Việc phân biệt giữa tác giả CTMT và chủ sở hữu QTG đối với CTMT có ý nghĩa quan trọng trong việc xác định các quyền của mỗi chủ thể, đặc biệt trong thời đại kinh tế tri thức ngày nay, quyền tài sản gắn liền với những lợi ích kinh tế là thuộc toàn quyền của chủ sở hữu QTG (trong trường hợp chủ sở hữu QTG không đồng thời là tác giả) nên cần phải được phân biệt rõ ràng, tránh những trường hợp tranh chấp do sự nhầm lẫn giữa quyền của các chủ thể.