Chủ thể có quyền yêu cầu thực hiện biện pháp này là chủ sở hữu QTG đối với CTMT và tác giả. Chủ thể áp dụng các biện pháp này là Tòa án nhân dân, Trọng tài thương mại, và trung gian hòa giải. Có thể áp dụng đồng thời với các biện pháp xử lý hình sự hoặc xử lý vi phạm hành chính.
- Khởi kiện dân sự tại Tòa án nhân dân: Chủ thể có quyền yêu cầu Tòa án nhân dân áp dụng các hình thức sau: Buộc chấm dứt hành vi xâm phạm; Buộc xin lỗi, cải chính công khai; Buộc thực hiện nghĩa vụ dân sự; Buộc bồi thường thiệt hại; Buộc tiêu hủy hoặc buộc phân phối hoặc đưa vào sử dụng không nhằm mục đích thương mại đối với hàng hóa, nguyên liệu, vật liệu và phương tiện được sử dụng chủ yếu để sản xuất, kinh doanh CTMT xâm phạm
QTG với điều kiện không làm ảnh hưởng đến khả năng khai thác quyền của chủ thể QTG.
Việc chứng minh hành vi xâm phạm cũng được thực hiện như đối với tài sản hữu hình theo quy định của BLDS 2005. Tuy nhiên, chúng ta cần lưu ý rằng đối với những chủ thể xâm phạm QTG đối với CTMT là các doanh nghiệp chiếm một tỷ lệ không nhỏ. Và trường hợp tác giả, chủ sở hữu QTG là cá nhân thì việc yêu cầu người bị xâm phạm xuất trình chứng cứ chứng minh cho việc bị xâm phạm không phải là dễ dàng. Ví dụ, người bị xâm phạm phải chứng minh mã nguồn của mình bị sao chép bất hợp pháp bằng cách dùng các chương trình để dịch ngược mã nguồn của CTMT bị cho là sao chép mã nguồn trái phép nhằm tìm ra được những bằng chứng cụ thể chứng minh cho việc CTMT của mình bị xâm phạm QTG. Nhưng việc dịch ngược này cũng khá khó khăn nếu người xâm phạm sử dụng những kỹ thuật ngăn chặn việc dịch ngược mã nguồn đã sao chép trái phép đó. Trong khi đó, tại Luật SHTT khoản 4 điều 203 có quy định những trường hợp bị đơn phải xuất trình chứng cứ chứng minh cho hoạt động minh bạch của mình trong tranh chấp về quyền SHTT đối với sáng chế là một quy trình sản xuất sản phẩm. Trong trường hợp một bên trong vụ kiện xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ chứng minh được chứng cứ thích hợp để chứng minh cho yêu cầu của mình bị bên kia kiểm soát do đó không thể tiếp cận được thì có quyền yên cầu Toà án buộc bên kiểm soát chứng cứ phải đưa ra chứng cứ đó.
Khi khởi kiện hoặc sau khi khởi kiện, chủ thể QTG đối với CTMT có quyền yêu cầu Tòa án áp dụng biện pháp khẩn cấp tạm thời theo điều 207 Luật SHTT 2005 tuy nhiên trên thực tế việc áp dụng các biện pháp này khó phát huy tác dụng thi bởi CTMT ngoài việc được lưu tại đĩa CD còn có thể được cất giữ và phân phối trên mạng internet mà các biện pháp khẩn cấp tạm thời trên không thể kiểm soát được CTMT trên mạng internet.
- Yêu cầu Trọng tài thương mại giải quyết tranh chấp
Điều 198 Luật SHTT 2005 cho phép tác giả hoặc chủ sở hữu QTG khởi kiện ra trọng tài để bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của mình. Như vậy, ngoài hình thức khởi kiện ra tòa án, chủ thể của QTG đối với CTMT còn thêm một sự lựa chọn khác, đó là yêu cầu trọng tài thương mại giải quyết tranh chấp khi cho rằng QTG của mình bị xâm phạm.
Tuy nhiên, hiện nay thẩm quyền giải quyết tranh chấp của trọng tài chỉ trong phạm vi các tranh chấp về kinh doanh thương mại, chứ không giải quyết các tranh chấp dân sự do vậy các vụ việc tranh chấp về QTG đối với CTMT mà cả hai bên đều là cá nhân không đăng ký kinh doanh, không có mục đích kinh doanh thì không thuộc thẩm quyền giải quyết của trọng tài.
Khác với hình thức khởi kiện ra tòa án, thẩm quyền giải quyết tranh chấp về QTG đối với CTMT chỉ thuộc thẩm quyền của Trọng tài chỉ có khi có thỏa thuận trước, và thỏa thuận này phải không bị vô hiệu. Kể từ khi Luật thi hành án dân sự ra đời, các quyết định của trọng tài thương mại được tăng cường bằng biện pháp cưỡng chế thi hành của Nhà nước.
- Trung gian hòa giải là việc sử dụng một bên có kinh nghiệm, am hiểu kiến thức về QTG đối với CTMT để làm trung gian hòa giải cho các tranh chấp QTG đối với CTMT. Trung gian hòa giải hiện chưa phổ biến trong việc giải quyết các tranh chấp dân sự, kinh doanh thương mại ở nước ta tuy nhiên ưu điểm của biện pháp này trong việc giải quyết tranh chấp về quyền SHTT nói chung và QTG đối với CTMT là đáng quan tâm vì trung gian hòa giải có thể sử dụng trong bất kỳ giai đoạn nào của tranh chấp, thủ tục khá đơn giản và ít tốn kém chi phí. Tuy nhiên việc sử dụng trung gian hòa giải chỉ có hiệu quả khi cả hai bên tranh chấp tự giác thực hiện.