Những hạn chế và yếu kém kể trên được hình thành và tồn tại là do những nguyên nhân sau:
-Nguyên nhân lớn nhất là do nguồn kinh phí hạn chế, huyện chỉ có thể cải tạo, nâng cấp, sửa chữa chứ không thể đầu tư xây mới. Trong khi đó phong trào xã hội hóa đầu tư phát triển chợ vẫn chưa đạt được kết quả cao, nguồn vốn để xây dựng chợ rất lớn, trong khi khả năng hoàn vốn thấp và kéo dài. Từ đó dẫn đến thực tế các nhà đầu tư chỉ tập trung đầu tư xây dựng chợ tại các nơi có khả năng sinh lời nhanh, ngoảnh mặt với việc xây dựng chợ nông thôn nói chung và chợ Ba Vì nói riêng.
-Các chính sách về quản lý hệ thống chợ như: Nghị định số 02/2003/NĐ-CP ngày 14 tháng 01 năm 2003 của Chính phủ về phát triển và quản lý chợ, nghị định số 108/2006/NĐ-CP về quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của luật đầu tư trong đó có quy định ưu đãi cho việc đầu tư phát triển chợ, và các văn bản pháp luật có liên quan khác. Các văn bản này mới chỉ ra được đưa ra cách đây không lâu nên hiệu lực của nó đối với HTC cũng chưa được thể hiện rõ nét.
-Hệ thống các chính sách liên quan đến việc quy hoạch, phát triển và quản lý chợ cũng chưa đồng bộ và đầy đủ, chưa tạo ra nhiều điều kiện thuận lợi cho HTC phát triển.
Khoa kinh tế
-Trình độ năng lực của đội ngũ nhân lực, nguồn kinh phí và CSVCKT phục vụ công tác hoạch định chính sách, quản lý nhà nước về thương mại và quản lý các chợ cũng là một trong các nguyên nhân gây nên những hạn chế và tồn tại của các CSQLNN.
-Các thủ tục hành chính liên quan đến phát triển và quản lý chợ nhiều khi còn rườm rà rắc rối gây làm ảnh hưởng đến sự phát triển của HTC.