Bên cạnh những thành công đã đạt được thì các CSQLNN đối với HTC của Ba Vì cũng có nhiều vần đề hạn chế còn tồn tại như:
Khoa kinh tế
-Các chính sách để khuyến khích thương nhân thuộc các thành phần kinh tế tham gia đầu tư vào xây dựng phát triển HTC còn hạn chế, chưa đủ sức hấp dẫn các thành phần kinh tế ngoài quốc doanh tham gia đầu tư vào HTC nông thôn nói chung và Ba Vì nói riêng, chưa làm rõ được đối tượng nào sẽ được hưởng ưu tiên khi đầu tư xây dựng HTC, vì thế nên việc huy động nguồn vốn của các doanh nghiệp và cá nhân để xây dựng chợ còn hết sức khó khăn, trong khi đó nguồn vốn của địa phương và ngân sách nhà nước hỗ trợ đều rất hạn chế, vì vậy CSVCKT của HTC Ba Vì đang ngày càng xuống cấp.
- Các chính sách về ưu đãi đất đai cho xây dựng chợ còn hạn chế và chưa rõ ràng. Việc quy hoạch phân bổ đất đai cho xây dựng HTC cũng còn nhiều vướng mắc và bất cập, nhiều chợ được xây dựng trên phạm vi quá hẹp nên khi chợ phát triển thì không có khả năng hoặc rất khó khăn khi muốn xây dựng mở rộng phạm vi của chợ, buộc chợ phải di dời đi nơi khác, gây lãng phí và giảm hiệu quả hoạt động của chợ.
-Các văn bản pháp quy liên quan đến việc thu các loại thuế và phí của các hộ kinh doanh trong HTC còn lỏng lẻo và thiếu sót dẫn đến việc thu thuế của các hộ kinh doanh trên địa bàn chợ, thu tiền thuê địa điểm kinh doanh, thu phí chợ…chưa được thực hiện một cách chặt chẽ. Việc thất thu thuế và phí là việc vẫn đang thường diễn ra.
-Diện tích mặt bằng của các chợ chưa được sử dụng hiệu quả, CSVCKT không được quan tâm bảo vệ và gìn giữ. Vệ sinh môi trường khu vực chợ luôn là vấn đề bức xúc. Công tác đảm bảo an ninh và an toàn của HTC không được bảo đảm.
-Nhân lực làm công tác quản lý chợ hầu hết đều chưa qua đào tạo bài bản nên trình độ năng lực và chuyên môn kém, ảnh hưởng đến hiệu quả quản lý chợ.
-Hiệu quả công tác quản lý nhà nước đối với HTC của huyện còn chưa cao, trên địa bàn huyện vẫn có một số chợ cóc họp tự phát làm ảnh hưởng đến môi trường và giao thông trên địa bàn, nhiều chợ hiện vẫn chưa có Ban quản lý hoặc tổ quản lý. Ban quản lý các chợ cũng chưa làm tốt nhiệm vụ của mình, việc thực thi nội
Khoa kinh tế
quy chợ còn kém hiệu quả.Phương thức hoạt động quản lý nhà nước cũ kỹ và kém hiệu quả.
-Các chính sách khuyến khích thương nhân tham gia kinh doanh trên HTC chưa được nhà nước quan tâm thích đáng, việc phổ biến chính sách và pháp luật của nhà nước và thông tin thị trường đến các thương nhân cũng còn nhiều khó khăn và hạn chế.
-Trình độ cán bộ quản lý Nhà nước về thương mại còn nhiều yếu kém và bất cập, sự quan tâm chỉ đạo của các cấp các ngành còn hạn chế.
-Công tác lãnh đạo, chỉ đạo, cơ chế, chính sách và các giải pháp phát triển HTC thực hiện chưa đồng bộ.