1. Tổ chức chính trị, hành chính.
Công việc đầu tiên của thực dân Pháp sau khi chiếm được Việt Nam là áp đặt trên thuộc địa mới này một hệ thống hành chính có khả năng thực hiện các chính sách, chủ trương của mình.
áp dụng chính sách chia để trị, thực dân Pháp phân Việt Nam ra làm ba miền. Trung Kỳ, nơi triều đình Huế vẫn còn tồn tại, đổi tên thành An Nam, một danh xưng mà chính quyền đô hộ Trung Quốc đã đặt cho Việt Nam; hai miền Bắc Kỳ và Nam Kỳ vẫn giữ tên cũ. Mỗi miền có một viên thống sứ đứng đầu và đều phụ thuộc trực tiếp vào cái gọi là Đông Dương thuộc Pháp. Đông Dương thuộc Pháp bao gồm cả Lào và Cambodge và đứng đầu là Toàn quyền Đông Dương. Giúp việc cho Toàn quyền Đông Dương là một Hội đồng Tối cao gồm các Thống sứ và các giám đốc các cơ quan quan trọng.
Triều đình nhà Nguyễn chỉ còn là hình thức. Khâm sứ Pháp chủ tọa cả Nội các nhà Nguyễn, còn các bộ đều có một cố vấn người Pháp chỉ huy. Khâm sứ Pháp còn chủ tọa ngay cả các hội đồng hoàng tộc.
2. Hệ thống giáo dục và văn hóa.
Chính sách giáo dục - văn hóa của thực dân Pháp không chú ý đến việc nâng cao dân trí mà chủ yếu đào tạo ra một hàng ngũ người Việt có thể giúp việc đắc lực cho công cuộc bình định và cai trị. Chữ Quốc ngữ đã được dùng tại Nam Kỳ từ năm 1862 và lần lần lan tràn ra cả nước. Đến năm 1896, chính quyền thực dân Pháp đưa chữ Quốc ngữ vào các cuộc thi tuyển quan lại. Năm 1903 đến lược môn Pháp văn được đưa vào. Các cuộc thi hương truyền thống bị bãi bỏ vào đầu thế kỷ 19 (năm 1915 ở Bắc Kỳ, năm 1918 ở Trung Kỳ). Thay thế vào đó là một nền giáo dục gọi là Pháp - Việt được lập ra. Tiếng Pháp thành chuyển ngữ chính. Chương trình học lần lần xa rời văn hóa truyền thống Việt Nam mà lại chú trọng văn học Pháp. Trước đây, dưới thời nhà Nguyễn, các xã, làng đều có trường học. Đến nay, khi hủy bỏ việc học chữ Hán thì mặc nhiên hệ thống trường làng không còn nữa. Công việc giáo dục chỉ tập trung tại các đô thị lớn. Năm 1908 một trường Đại học được thành lập, còn trong cả nước thì chỉ có ba trường trung học. Ngoài ra, để phục vụ cho bộ máy cai trị, thực dân lập ra các cơ quan nghiên cứu như trường Viễn Đông Bác Cổ (Ecole Francaised'Extrême- Orient) sở Địa chất, sở Địa lý, sở Kiểm lâm... Người Việt không được làm việc trong các cơ sở này.
Chữ Quốc ngữ lần lần chiếm vị trí quan trọng. Báo chí và sách vở bằng chữ Quốc ngữ xuất hiện làm truyền bá càng nhanh cách viết này. Và cả phong trào chống Pháp cũng dùng chữ này để truyền bá tư tưởng độc lập tự chủ trong dân chúng.
3. Đợt khai thác lần thứ nhất.
Trung thành với chủ trương biến thuộc địa thành nguồn cung cấp tài nguyên cho nền công nghiệp của mình và đồng thời là thị trường tiêu thụ các sản phẩm của nền công nghiệp đó, thực dân Pháp chú trọng đến việc cho xuất khẩu những sản phẩm thô như cao su, quặng mỏ đồng thời nhập những hàng hóa của Pháp. Một hệ thống quan thuế được thành lập để chặn nguồn nhập của các nước khác, giành độc quyền thị trường cho các sản phẩm của mẫu quốc. Các công ty của Pháp được hưởng ưu tiên, đóng thuế rất nhẹ, có khi được miễn thuế.
Đầu thế kỷ XX, than đá ở Quảng Yên cũng như các thứ quặng khác như vàng, antimoine đều được xuất sang Pháp. Công nghệ tại chỗ không được chú ý. Chỉ một số rất ít được thành lập như các hãng xay xát lúa tại Nam Kỳ, một vài hãng dệt ở Bắc Kỳ. Công ty điện nước được thành lập vào năm 1990, rồi sau đó là các công ty khác ra đời như công ty xi măng Hải Phòng, nhà máy giấy Đáp Cầu, nhà máy thuốc lá Hà Nội. Tất cả những cơ sở sản xuất trên đều thuộc hạng nhỏ còn lợi nhuận có được đều được chuyển về Pháp.
Trong lĩnh vực công nghiệp, chính quyền thuộc địa dành các đất mầu mỡ cho các Pháp kiều hoặc các công ty. Từ năm 1897 đến 1913 các Pháp kiều và các công ty chiếm được 470.000 hecta đất. Tuy thế, kỹ thuật khai thác ruộng đất không được đổi mới. Con trâu và cái cày cùng sức người vẫn là những công cụ sản xuất trên những cánh đồng mà chủ nhân ông là Pháp kiều.
Về phương diện thương mãi, hàng hóa của Pháp ngự trị thị trường vì được miễn thuế nhập. Hàng hóa Việt Nam xuất thì phải bán với giá hạ. Tất cả lợi nhuận của nền ngoại thương đều lọt vào một vài công ty như U.C.I.A., Denis Frère...
Dù sao, trên phương diện giao thông, thực dân Pháp cũng chú ý xây dựng một hệ thống giao thông nhanh hơn, lập đường xe lửa nối liền nhiều tỉnh lại với nhau như Hà Nội - Lạng Sơn, Hà Nội - Vinh, Huế - Đà Nẵng, Sài Gòn - Nha Trang... Ngoài ra tại Nam Kỳ hệ thống kênh rạch cũng được tu bổ lại. Mạng lưới giao thông có được một bộ mặt mới.