Quá trình giải quyết khiếu nại trong lĩnh vực đất đai có thể chia thành ba giai đoạn như sau:
Thứ nhất, giai đoạn tiếp nhận và thụ lý vụ việc khiếu nại trong lĩnh vực đất đai.
Tiếp nhận và thụ lý vụ việc khiếu nại là hoạt động khởi đầu của tiến trình thực hiện thủ tục pháp lý về giải quyết khiếu nại trong lĩnh vực đất đai của công dân, được tiến hành theo thủ tục chặt chẽ, công khai và dân chủ. Đây có thể được coi là giai đoạn mở thủ tục pháp lý về giải quyết khiếu nại đất đai của công dân, giai đoạn này có ý nghĩa quan trọng bởi nó xác lập mối quan hệ pháp luật khiếu nại trong lĩnh vực đất đai giữa công dân với cơ quan hành chính nhà nước có thẩm quyền. Trong giai đoạn này các cơ quan có
thẩm quyền phải xem xét tư cách chủ thể của người tham gia thủ tục pháp lý về giải quyết khiếu nại của công dân, xem xét sự kiện pháp lý làm phát sinh khiếu nại, các điều kiện đảm bảo để thụ lý vụ việc…
Hoạt động của giai đoạn này giúp cho cơ quan hành chính nhà nước có thẩm quyền và người khiếu nại biết được tính hợp pháp, hợp lý của nội dung khiếu nại, thẩm quyền giải quyết khiếu nại, là mốc thời gian để xác định thời hạn giải quyết khiếu nại và là cơ sở để người khiếu nại có thể giám sát được quá trình thực hiện hoạt động giải quyết khiếu nại của cơ quan có thẩm quyền. Kết quả của giai đoạn này giúp cho người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại trong cơ quan hành chính nhà nước đề ra các phương án cụ thể cho các hoạt động trong giai đoạn tiếp theo.
Thứ hai, giai đoạn xác minh, kết luận nội dung khiếu nại
Thực chất của hoạt động trong giai đoạn này là thực hiện thẩm tra, xác minh, thu thập chứng cứ theo thủ tục hành chính, nhằm mục đích làm sáng tỏ nội dung khiếu nại của công dân, đánh giá một cách khách quan, toàn diện về vụ việc khiếu nại trên cơ sở hồ sơ, chứng cứ thu thập, kết quả đối thoại, kết quả giám định… Trong giai đoạn này cơ quan hành chính nhà nước có thẩm quyền phải tiến hành hàng loạt các thủ tục theo một trình tự nhất định; tiến hành thủ tục thẩm tra, xác minh, thu thập chứng cứ, giám định, tiếp xúc, gặp gỡ người khiếu nại, người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan, tổ chức đối thoại với người khiếu nại, người bị khiếu nại, từ đó đưa ra kết luận đối với nội dung vụ việc. Các hoạt động này đòi hỏi phải được thực hiện thận trọng, tỉ mỉ, chính xác, phải tiến hành một cách khách quan, công khai, dân chủ và minh bạch.
Thứ ba, giai đoạn ra quyết định giải quyết khiếu nại.
Kết quả của các hoạt động trong giai đoạn xác minh, kết luận là cơ sở pháp lý để người có thẩm quyền thực hiện việc lựa chọn quy phạm pháp luật tương ứng với tình trạng vụ việc để ra quyết định giải quyết khiếu nại. Việc ra
quyết định giải quyết khiếu nại có ý nghĩa quan trọng, không chỉ bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của công dân, nhà nước mà nó có thể là kết thúc một giai đoạn khiếu nại, một vụ việc khiếu nại của công dân và cũng có thể làm phát sinh các khiếu nại tiếp theo tới cơ quan hành chính nhà nước cấp trên hoặc làm phát sinh khiếu kiện hành chính tại Toà án.
Có quan niệm cho rằng, ngoài các giai đoạn nêu trên, giải quyết khiếu nại còn bao gồm giai đoạn thi hành quyết định giải quyết khiếu nại. Đây là giai đoạn kết thúc vụ việc khiếu nại, nó yêu cầu các chủ thể liên quan tuân thủ nghiêm chỉnh yêu cầu của pháp luật, quyết định giải quyết khiếu nại được ban hành hợp pháp, hợp lý và đã có hiệu lực pháp luật. Tuy nhiên, thực chất giai đoạn này thuộc về “hậu” của quá trình giải quyết khiếu nại chứ không nằm trong quá trình giải quyết khiếu nại.