D. Thực hiện thủ tục kiểm tra chi tiết
1 Hạch toán tăng chi phí, giảm thuế GTGT đầu vào được
3.1.2. Những khó khăn
Luật thuế GTGT mới xuất hiện ở nước ta nhưng trên thực tế qua những lần sửa đổi Luật, bản thân nó cũng đã vướng mắc rất nhiều cần được trao đổi và tháo gỡ. Chẳng hạn như việc áp dụng thuế suất thuế GTGT từ Thông tư 120 / 2003/TT-BTC đến Thông tư 62/2004/TT-BTC và mới nhất là thông tư 04/2009/TT-BTC ngày 13/01/2009. Một trong những điểm thay đổi quan trọng trong luật sửa đổi này đó là đối tượng không chịu thuế từ 28 giảm xuống còn 25, các mức thuế suất 0%, 5%, 10% sẽ được áp dụng theo từng nhóm đối tượng. Việc thay đổi này làm áp dụng thuế suất dễ quản lý hơn trước, vừa tạo sự thông thoáng cho việc tính thuế vừa giảm tiểu khả năng thực hiện gian lận trốn thực hiện nghĩa vụ thuế với Nhà nước. Tuy nhiên trên thực tế nhiều mặt hàng khi áp dụng thuế suất thuế GTGT do cách vận dụng khác nhau dẫn đến chưa thống nhất, thậm chí mâu thuẫn, gặp nhiều lúng túng.
Hiện tại có 37 chuẩn mực kiểm toán nhưng vẫn chưa có chuẩn mực về kiểm toán thuế. Cho nên khi kiểm toán thuế tại các doanh nghiệp các KTV phải căn cứ chủ yếu vào các văn bản hướng dẫn của cơ quan thuế, vì vậy đã gây khó khăn cho quá trình kiểm toán.
Nước ta đang trong quá trình hoàn thiện hệ thống tài chính nói chung cũng như hệ thống kế toán, kiểm toán nói riêng nên không thể tránh khỏi có tình trạng không thống nhất giữa các văn bản hiện tại.
Do trình độ kế toán nói chung của nước ta hiện nay không cao mà kế toán thuế là một trong những lĩnh vực khó nhất nên có rất nhiều sai sót trong kê khai thuế. Chính vì vậy mà rủi ro kiểm toán thuế rất cao, dẫn đến công việc kiểm toán cần phải tập trung nhiều vào kiểm tra chi tiết nên mất nhiều thời gian.