- Mẫu làm giàu trên đất ô nhiễm
2 Tổng chiều dài của các trình tự 849.689 bp 3 Độ dài trung bình một trình tự 489 bp
3 Độ dài trung bình một trình tự 489 bp 4 Số đoạn trình tự chứa gene rRNA 43 (0,7%) 5 Số đoạn trình tự mã hóa cho protein đã biết chức năng 3.449 (59,3%) 6 Số đoạn trình tự mã hóa cho protein chưa biết chức năng 1.051 (18,1%) 7 Số đoạn trình tự không chứa gene rRNA hoặc protein 495 (8,5%)
Kết quả thu được cho thấy kích thước DNA của metagenome không lớn, chỉ khoảng 56 Mbp. Đây là mẫu làm giàu VK KK ở nồng độ dioxin cao nên số lượng các VK sinh trưởng được trong điều kiện này không nhiều, lượng DNA thu được không lớn so với các mẫu DNA metagenome trong đất (Uroz, 2013). Trong số 5.817 trình tự thu được chỉ có 59,3% trình tự đã biết chức năng, 0,7% trình tự chứa gene rRNA và 18,1 % các đoạn trình tự chưa biết chức năng với kích thước các đoạn trình tự trung bình khoảng 489 bp.
Trong mẫu làm giàu có 4 giới trong đó vi khuẩn chiếm ưu thế (khoảng 98,78%). Các trình tự còn lại tương ứng với các giới khác là vi khuẩn cổ (0,04%), Eucaryota (0,94%), virus (0,24%) (Bảng 3.6). Các VK có mặt trong mẫu làm giàu rất đa dạng, chúng thuộc về nhiều ngành, lớp, bộ, họ và chi khác nhau. Tuy nhiên, trong khuôn khổ luận án, chúng tôi sẽ tập trung phân tích và trình bày sự đa dạng của ngành, lớp và chi VK KK liên quan đến quá trình chuyển hóa hay phân hủy các hợp chất hữu cơ chứa clo.
Trong metagenome của mẫu làm giàu có đủ cả 4 ngành Proteobacteria,
Bacteroidetes, Firmicute, Chloroflexi với nhiều chi VK đại diện tham gia vào quá trình hô hấp loại khử clo đã được công bố (Hiraishi, 2008; Maphosa 2010). Trong số 4 ngành trên thì ngành Proteobacteria chiếm ưu thế đến 74,22% (Bảng 3.6, Hình 3.6).
Hình 3.6. Đa dạng VK trong mẫu làm giàu VK KK trên đất ô nhiễm
Trong ngành Proteobacteria thì lớp -Proteobacteria chiếm đa số (khoảng 65,09%). Ngành Proteobacteria bao gồm các đại diện tham gia vào quá trình loại khử clo chủ yếu thuộc nhóm loại khử clo không bắt buộc và đồng trao đổi chất. Ngoài ra còn có các ngành Bacteroidetes (7,13%) chưa được nghiên cứu nhiều, chúng có một số đại diện thuộc nhóm loại khử clo đồng trao đổi chất, ngành
Firmicutes (5,71%) có các đại diện thuộc nhóm loại khử clo không bắt buộc và bắt buộc, ngành Chloroflexi (3,8%) có các đại diện chủ yếu thuộc nhóm loại khử clo bắt buộc, ngành Actinobacteria (2,57%) và một số ngành khác có số lượng ít hơn 2% nhưng đã có nhiều nghiên cứu hơn và có các đại diện có khả năng loại halogen.
Bảng 3.6. Tỷ lệ các VK có mặt trong mẫu làm giàu
STT Giới Tỷ lệ (%) Ngành Tỷ lệ (%) Lớp Tỷ lệ (%) Chi Tỷ lệ (%)