- Mẫu làm giàu trên đất ô nhiễm
7 Loại clo của hợp chất chứa clo dạng acid
3.4.3. So sánh trình tự một số gene chức năng mã hóa cho enzyme tham gia vào quá trình phân hủy kỵ khí các hợp chất vòng thơm
quá trình phân hủy kỵ khí các hợp chất vòng thơm
Từ dữ liệu metagenome của mẫu làm giàu VK KK, trình tự đoạn gene haloacid dehalogenase được xác định bằng công cụ Metagenomics và so sánh đoạn
trình tự này trên ngân hàng gene. Cây phát sinh chủng loại đã được xây dựng dựa vào phần mềm Cluxtal X và Mega5 (Hình 3.9).
Trong metagenome của mẫu làm giàu VK KK hô hấp loại clo sau 1 năm cho thấy có 2 đoạn trình tự tương đồng với gene haloacid dehalogenase, ký hiệu là haloacid dehalogenase 1 và haloacid dehalogenase 2 (Hình 3.9).
Hình 3.9. Mối quan hệ của 2 gene haloacid dehalogenase với các gene của Pseudomonas
Trình tự đoạn gene haloacid dehalogenase 1 tương đồng 85-86% với trình tự đoạn gene này của một số chủng thuộc loài P. stutzeri như ATCC17588, A1501, RCH2, DSM 4166. Trình tự đoạn gene haloacid dehalogenase 2 tương đồng 83-86% với trình tự đoạn gene này của một số chủng thuộc loài P. aeruginosa như PA7, M18, RP73, DK2 v.v.
Mối quan hệ giữa các gene mã hóa các enzyme tham gia quá trình phân hủy các hợp chất vòng thơm được trình bày trên Hình 3.10.
Trình tự đoạn gene mã hóa cho các enzyme beta-ketoadipate enol-lactone hydrolase tham gia vào quá trình phân hủy các hợp chất vòng thơm như catechol, protocatechuate có độ tương đồng 96-97% với các enzyme 3-oxoadipate enol- lactone của các chủng P. aeruginosa RP73, M18, chủng P. putida KT2440, trình tự đoạn gene này cũng tương đồng 98% với gene mã hóa enzyme beta-ketoadipate enol-lactone hydrolase chủng P. stutzeri DSM10701. Enzyme 1,2-dihydroxy- cyclohexa-3,5-diene-1-carboxylate dehydrogenase tham gia vào quá trình phân hủy benzoate, chlorobenzoate, phenylpropionate có độ tương đồng 96-97% với các
enzyme 1,6-dihydroxycyclohexa-2,4-diene-1-carboxylate dehydrogenase của các chủng thuộc chi Pseudomonas.
Hình 3.10. Mối quan hệ giữa một số enzyme tham gia vào quá trình phân hủy hợp chất vòng thơm do các gene chức năng có mặt trong mẫu làm giàu mã hóa