- Mẫu làm giàu trên đất ô nhiễm
7 Loại clo của hợp chất chứa clo dạng acid
3.5.3. Phân lập, phân loại vi khuẩn khử sulfate
Để làm rõ liệu VK KSF và đặc biệt là chủng đã làm sạch thuộc chi nào và có khả năng phân hủy các hợp chất vòng thơm có trong DCĐ hay không, nghiên cứu chi tiết về nhóm này đã được thực hiện. Từ các quần xã VK KSF ở Đà Nẵng và Biên Hòa, các chủng VK KSF đã được phân lập. Một chủng VK KSF từ lô xử lý
10DNT tại sân bay Đà Nẵng, ký hiệu là BDN10T được lựa chọn để nghiên cứu chi tiết hơn về một số đặc điểm sinh học cũng như khả năng phân hủy và chuyển hóa hợp chất là thành phần của chất diệt cỏ/dioxin. Để xác định chủng VK KSF BDN10T đã phân lập được thuộc chi nào và có quan hệ như thế nào với các chi đã được công bố, chủng này được phân loại dựa vào đặc điểm hình thái và xác định trình tự 16S rRNA.
3.5.3.1. Hình thái tế bào chủng BDN10T
Chủng BDN10T phân lập từ Đà Nẵng có tế bào dạng dấu phẩy, không tạo bào tử, không có tiên mao. Kích thước tế bào từ (0,5-1) x (3-4,5) m (Hình 3.17).
Hình 3.17. Hình thái tế bào chủng VK KSF BDN10T phân lập từ Đà Nẵng (độ
phóng đại 10.000 lần)
3.5.3.2. Trình tự đoạn gene 16S rRNA đặc hiệu cho vi khuẩn khử sulfate
Gene 16S rRNA của chủng BDN10T được khuếch đại từ DNA tổng số bằng cặp mồi 27F/1492R và trình tự của gene này đã được xác định. Dựa vào trình tựgene 16S rRNA của chủng BDN10T, cây phát sinh chủng loại được xây dựng trên phần mềm Clustal X2, Finch TV và Mega 5 và được trình bày ở Hình 3.18.
Trình tự đoạn gene 16S rRNA của chủng BDN10T tương đồng 99% với trình tự đoạn gene 16S rRNA của BDNM33, BDNE21 cũng được phân lập tại lô xử lý ở Đà Nẵng. Trên cây phát sinh chủng loại, chủng này có quan hệ xa hơn với chủng
Desulfovibrio sp. PA35E4, chủng Desulfovibrio sp. UIV. Dựa vào một số đặc điểm hình thái và trình tự gene 16S rRNA, chủng BDN10T phân lập từ Đà Nẵng được xếp vào chi Desulfovibrio và đặt tên Desulfovibrio sp. BDN10T, với mã số đã được đăng ký trên GenBank là JN314424. Chi Desulfovibrio có rất nhiều chủng đại diện có khả năng hô hấp loại clo như đã trình bày ở phần Tổng quan. Kết quả này khẳng
định thêm vai trò hô hấp loại clo của chi Desulfovibrio nói riêng và của nhóm VK KSF nói chung.
Hình 3.18. Cây phát sinh chủng loại của chủng BDN10T. Thanh bar thể hiện sự sai khác 2 nucleotide giữa 100 nucleotide so sánh