Để thực hiện mục tiêu phát triển, Chính phủ thường sử dụng các công cụ của mình để đầu tư vào các lĩnh vực mà khu vực tư nhân không thể thực hiện được như các dự án đầu tư phát triển cơ sở hạ tầng, các dự án mang tầm chiến lược quốc gia, thuộc ngành kinh tế mũi nhọn, các dự án thuộc vùng khó khăn, kém phát triển thường đòi hỏi lượng vốn lớn nhưng thời gian thu hồi vốn chậm, các nhà đầu tư thường không muốn hoặc không có khả năng đầu tư. Các dự án này thường được chính phủ tài trợ, cùng với chủ trương đó, vấn đề nâng cao hiệu quả sử dụng vốn đầu tư và nâng cao trách nhiệm của chủ đầu tư đã được chú trọng, cụ thể là cùng với sự đổi mới cơ chế quản lý nền kinh tế từ kế hoạch hóa tập trung sang cơ chế thị trường có sự quản lý điều hành của nhà nước, lĩnh vực đầu tư phát triển cũng có những bước thay đổi cơ bản về cơ chế chính sách và mô hình hoạt động nhằm phát huy tốt nhất các nguồn lực dành cho phát triển kinh tế đất nước. Chính phủ đã thực hiện thay đổi cơ chế quản lý vốn đầu tư xây dựng cơ bản, chuyển từ hình thức cấp phát sang hình thức tín dụng đầu tư đối với những dự án cần khuyến khích đầu tư và có khả năng thu hồi vốn trực tiếp. Chủ trương này đã giảm một mặt gánh nặng cho ngân sách nhà nước, mặt khác nâng cao hiệu quả và trách nhiệm của chủ đầu tư trong lĩnh vực đầu tư phát triển, phù hợp với xu thế chung của khu vực và thế giới.
Thực hiện chủ trương trên, năm 1994, Chính phủ thành lập Tổng cục đầu tư phát triển, là cơ quan trực thuộc Bộ Tài chính vừa làm nhiệm vụ cấp phát vốn ngân sách vừa cho vay vốn tín dụng ưu đãi của nhà nước. Tuy nhiên, mô hình một cơ quan thực hiện 2 mục tiêu cấp phát vốn và cho vay đã không thực sự hiệu quả. Theo đó, Quỹ hỗ trợ phát triển (HTPT) được thành lập theo Nghị định số 50/1999/NĐ-CP ngày 08/7/1999 của Chính phủ. Tổ chức và hoạt động theo Điều lệ ban hành kèm theo Quyết định số 231/1999/QĐ-TTg ngày 17/12/1999 của Thủ tướng Chính phủ. Từ tháng 9/2001, Quỹ được bổ sung nhiệm vụ tín dụng hỗ trợ xuất khẩu theo Quyết định số 133/2001/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ.
Việc hình thành và phát triển hệ thống Quỹ HTPT để thực hiện chính sách tín dụng đầu tư phát triển của Nhà nước 5 năm qua (2006-2011) là bước kế tiếp thành công của sự đổi mới mô hình tổ chức tài chính của Chính phủ trong điều hành kinh tế vĩ mô. Trong điều kiện khả năng tích luỹ của ngân sách Nhà nước cho đầu tư phát triển có hạn, cùng với các chính sách thu hút đầu tư, Chính phủ đã có thêm công cụ khai thác nguồn vốn trong xã hội để hỗ trợ phát triển các ngành, các vùng, các sản phẩm trọng điểm, thúc đẩy chuyển dịch cơ cấu kinh tế, thúc đẩy xuất khẩu và khai thác những tiềm năng to lớn của đất nước cho sự nghiệp công nghiệp hoá, hiện đại hoá.
Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện chính sách tín dụng đầu tư phát triển và tín dụng xuất khẩu của Chính phủ, Quỹ HTPT cũng đã bộc lộ những tồn tại vướng mắc cả về cơ chế chính sách, phạm vi quy mô hoạt động cũng như cơ cấu tổ chức dẫn đến việc hạn chế khả năng phát triển của Quỹ, ảnh hưởng đến độ an toàn trong hoạt động tài chính, nếu không được khắc phục kịp thời sẽ rất khó khăn trong việc hoàn thành nhiệm vụ được giao. Hơn nữa, tiến trình hội nhập kinh tế quốc tế đặt ra một yêu cầu cấp bách đối với Việt Nam phải cải cách và điều chỉnh cơ chế chính sách, đặc biệt là các chính sách trợ cấp phù hợp với các cam kết quốc tế. Do đó, Ngân hàng Phát triển Việt Nam (Ngân hàng Phát triển) được thành lập trên cơ sở tổ chức lại bộ máy và hoạt động của Quỹ HTPT nhằm các mục tiêu sau đây:
Đáp ứng yêu cầu đầu tư phát triển đất nước ngày càng cao; nâng cao khả năng huy động vốn và hiệu quả đầu tư từ nguồn vốn Nhà nước, tránh đầu tư dàn trải, chống thất thoát lãng phí vốn trong đầu tư.
Đáp ứng yêu cầu thực hiện các nguyên tắc và cam kết quốc tế trong quá trình hội nhập, chính sách tín dụng đầu tư phát triển của Nhà nước cần được điều chỉnh theo nguyên tắc vừa đảm bảo lợi ích quốc gia, vừa phù hợp với các cam kết hội nhập, theo đó: Đối tượng, hình thức và thời hạn hỗ trợ sẽ được điều chỉnh phù hợp với Hiệp định về trợ cấp và các biện pháp đối kháng của WTO; Việc hoàn thiện chính sách tài chính, trong đó có chính sách hỗ trợ đầu tư và xuất khẩu, chính sách chi ngân sách Nhà nước phải đảm bảo tính minh bạch.
Khắc phục những tồn tại, vướng mắc trong quá trình triển khai thực hiện tín dụng đầu tư phát triển và tín dụng xuất khẩu của Nhà nước.
Ngân hàng Phát triển mới ra đời trên cơ sở kế thừa nền tảng thực hiện và những quy trình nghiệp vụ của Quỹ HTPT trước đây. Bước đầu, Ngân hàng Phát triển đã ổn định về mặt tổ chức và đang gấp rút tiến hành sửa đổi bổ sung các quy chế nghiệp vụ theo chức năng nhiệm vụ mới và đáp ứng tốt hơn mục tiêu phát triển của nền kinh tế. Đồng thời, chuẩn bị từng bước cơ sở vật chất, kỹ thuật, nhân lực để có thể thực hiện được chức năng, nhiệm vụ như một ngân hàng chuyên nghiệp trong lĩnh vực đầu tư phát triển.
Ngân hàng Phát triển ra đời, là bước đầu tiên để có thể khắc phục được những hạn chế của Quỹ HTPT - đó là một tổ chức tín dụng và được làm những việc mà trước đây Quỹ HTPT chưa được làm cũng như vận dụng những chế độ, chính sách của một tổ chức tín dụng.
Ngân hàng Phát triển Việt Nam là tổ chức tài chính thuộc sở hữu 100% vốn của Chính Phủ, không nhận tiền gửi dân cư. Hoạt động của Ngân hàng Phát triển nhằm mục tiêu lợi ích kinh tế - xã hội nên được hưởng một số ưu đãi đặc biệt như
không phải dự trữ bắt buộc, không tham gia bảo hiểm tiền gửi, được Chính phủ đảm bảo khả năng thanh toán, miễn nộp thuế và các khoản phải nộp ngân sách Nhà nước theo quy định của Pháp luật.
Ngân hàng Phát triển được cấp vốn điều lệ 10.000 tỷ đồng, được cấp bù chênh lệch lãi suất, cấp hỗ trợ sau đầu tư, bù đắp rủi ro tính dụng do nguyên nhân khách quan khi thực hiện cho vay đầu tư và bảo lãnh tín dụng đầu tư. Hoạt động cho vay của Ngân hàng Phát triển thường có lãi suất thấp hơn cho vay thương mại trên thị thường. Nhà nước cấp bù phần chênh lệch lãi suất cho vay và lãi suất huy động vốn cho Ngân hàng Phát triển.
Ngân hàng Phát triển có Hội sở chính tại Hà Nội, 02 Sở Giao dịch tại Hà Nội, Thành Phố Hồ Chí Minh và 54 Chi nhánh tại các Tỉnh thành phố trên cả nước. Trong từng giai đoạn, Tổng Giám đốc phân quyền quyết định cho Sở Giao dịch và các Chi nhánh thực hiện các dự án khác nhau. Tại thời điểm hiện nay các Sở Giao dịch đang thực hiện tín dụng đầu tư đối với các dự án nhóm A và nhóm B trên địa bàn.