Thực tiễn chỉ ra cho thấy có rất nhiều nguyên nhân gây ra việc các cơ quan tố tụng có những thiếu sót trong việc áp dụng các quy định của pháp luật hình sự về dấu hiệu định tội thuộc mặt chủ quan của tội phạm. Nói đến các nguyên nhân chủ quan, ta có thể thấy do các lý do sau đây:
Trên thực tế, có một sự thiếu hụt lớn về số lượng cán bộ trong các cơ quan tiến hành tố tụng, nhất là đội ngũ những người tiến hành tố tụng như
Điều tra viên, Kiểm sát viên, Thẩm phán, điều đó đã dẫn đến hiện tượng có người tiến hành tố tụng phải giải quyết quá nhiều công việc trong khoảng thời gian eo hẹp. Trong báo cáo tại kì họp thứ 4, Quốc hội khóa XII, Bộ trưởng Bộ Công an cho rằng một trong những nguyên nhân dẫn đến những hạn chế trong hoạt động điều tra vụ án hình sự là do "các cơ quan điều tra đang gặp tình trạng quá tải trong điều tra án" [50, tr. 2]. Điều đó dẫn tới áp lực công việc không đủ thời gian giải quyết nên sai sót là điều khó tránh. Hơn nữa, chất lượng đội ngũ cán bộ tư pháp cũng chưa ngang tầm với yêu cầu nhiệm vụ. Một số người tiến hành tố tụng thiếu tinh thần trách nhiệm, sa sút về phẩm chất đạo đức, thoái hóa biến chất, tác động một cách tiêu cực trong quá trình giải quyết vụ án. Một biểu hiện đáng lưu ý trong ý thức đạo đức, ý thức nghề nghiệp của những người tiến hành là xu hướng buộc tội, định kiến bị can, bị cáo là người thực hiện tội phạm đã ăn sâu vào tiềm thức. Động cơ vụ lợi trong công việc, theo đuổi những lợi ích vật chất đã dẫn đến những hành vi vi phạm pháp luật của đội ngũ những người tiến hành tố tụng bóp méo sự thật vụ án theo ý đồ chủ quan của mình. Sự nhận thức và áp dụng pháp luật hình sự khi xử lý tội phạm của những người cầm cân, nẩy mực chưa thật sự thống nhất. Có lúc còn áp đặt, duy ý chí, nhất là chưa có sự phối hợp chặt chẽ và có hiệu quả giữa các cơ quan điều tra, truy tố, xét xử.
Thêm vào đó , trình độ chuyên môn của Điều tra viên, Kiểm sát viên, Thẩm phán vẫn có sự chưa đồng đều, số người có trình độ tập trung chủ yếu ở đồng bằng và các thành phố lớn. Hiện nay "vẫn còn hơn 200 Thẩm phán Tòa án nhân dân cấp tỉnh và cấp huyện chưa có bằng đại học luật, thuộc diện được nợ tiêu chuẩn về trình độ chuyên môn nghiệp vụ theo quy định" [58, tr. 13]. Năng lực làm việc, khả năng tự cập nhật kiến thức mới, khả năng áp dụng pháp luật của đội ngũ này còn chưa cao. Mặt khác, cơ sở vật chất lại thiếu thốn, lạc hậu dẫn tới nhiều khó khăn trong hoạt động của các cơ quan tư pháp nói chung và hoạt động giải quyết các vụ án hình sự nói riêng.
Tại báo cáo tổng kết công tác năm 2008 và triển khai nhiệm vụ công tác năm 2009 của ngành Tòa án nhân dân đã chỉ ra nguyê n nhân của các khuyết điểm, thiếu sót như sau:
Số lươ ̣ng các vụ án và đơn đề nghi ̣ giám đốc thẩm , tái thẩm mà ngành Tòa án nhân dân phải thụ lý và giải quyết trong thời gian qua là rất lớn , trong khi đó số lượng cán bô ̣ , Thẩm phán của mô ̣t số Tòa án chưa đủ để đáp ứng được yêu cầu , nhiê ̣m vụ. Mă ̣t khác, chế đô ̣ chính sách đối với cán bô ̣ Tòa án chưa thực sự tương ứng với tính chất công việc nên đời sống cán bộ ngành Tòa án nhân dân còn nhiều khó khăn , chưa giúp cho ngành Tòa án có thể tuyển dụng đươ ̣c cán bô ̣ có năng lực , trình độ vào công tác trong ngành , đă ̣c biê ̣t ở những nơi vùng sâu , vùng xa vùng thiếu nguồn tuyển dụng cán bộ, thời gian gần đây cũng đã xuất hiê ̣n mô ̣t số trường hợp cán bô ̣ Tòa án xin nghỉ viê ̣c hoă ̣c chuyển công tác vì thu nhâ ̣p quá thấp và áp lực công việc quá nặng nề [59 ].