Trong dự ỏn nuụi thủy sản nguyờn liệu đầu vào được coi là con giống, thức ăn cho vật nuụi, thuốc, hoỏ chất…
- Con giống:
Đối với sản xuất nụng nghiệp từ xưa tới nay cỏc cụ đó cú cõu “nhất nước nhỡ phõn tam cần tứ giống”, nhưng trong thực tế nuụi thủy sản con giống được coi là số một. Đặc biệt là trong nuụi tụm, con giống chất lượng cao (khụng bị nhiễm bệnh, khụng bị truyền hoỏ chất) trong quỏ trỡnh ươm nuụi tỷ lệ sống cao, tăng trưởng nhanh…
Ở nước ta do trỡnh độ khoa học thủy sản chưa phỏt triển toàn diện, một số loại nuụi như: cỏ basa, cỏ trỡnh, cua, ngao… nguồn giống vẫn phụ thuộc vào tự nhiờn. Như vậy nếu con giống đầu vụ sản xuất khụng khai thỏc được thỡ đương nhiờn là trong vụ sẽ khụng hoạt động được.
Đối với một số con giống do điều kiện sản xuất trong nước khụng đỏp ứng đủ nhu cầu, phải nhập khẩu con giống từ cỏc nước Trung Quốc, Malaysia… khụng được kiểm soỏt dịch bệnh, đó vụ tỡnh nhập khẩu cả dịch bệnh.
Thức ăn dựng trong nuụi trồng thủy sản hiện nay cú tới 90% là thức ăn cụng nghiệp; trong đú lượng thức ăn nhập ngoại chiếm tới 30%, giỏ thành thức ăn trong nuụi thủy sản cũn cao, chi phớ thức ăn trong nuụi trồng thủy sản chiếm tới 40% tổng chi phớ biến đổi, do đú chi phớ thức ăn trong nuụi thủy sản tỏc động rất lớn đến hiệu quả đầu tư.
- Thuốc, hoỏ chất:
Thuốc dựng trong nuụi thủy sản chủ yếu là cỏc loại khỏng sinh diệt khuẩn và cỏc loại hoỏ chất diệt tạp và khử trựng trong ao nuụi.
Chi phớ bỡnh quõn cho việc sử dụng thuốc và hoỏ chất chỉ chiếm khoảng 1% tổng chi phớ biến đổi. Nhưng trong thực tế thuốc và hoỏ chất cú tỏc động rất lớn đến hoạt động sản xuất núi chung, cụ thể:
* Thuốc dựng trong nuụi thủy sản: Hiện nay Việt Nam là một trong những nước bị cỏc nước nhập khẩu thủy sản (Nhật, Mỹ, EU…) cảnh bỏo cú thể sẽ ngừng nhập khẩu mặt hàng thủy sản của Việt Nam với lý do là sản phẩm sử dụng nhiều thuốc khỏng sinh và hoỏ chất gõy ảnh hưởng đến sức khỏe của người tiờu dựng.
* Hoỏ chất dựng trong nuụi thủy sản: là cỏc loại hoỏ chất xử lý nguồn nước trong ao nuụi để diệt khuẩn, diệt tạp; hoỏ chất này cú tỏc dụng diệt cỏc vi khuẩn mang mầm bệnh, cỏc loại động vật tạp trong nguồn nước. Ngược lại cỏc loại hoỏ chất này diệt nguồn lợi tự nhiờn dưới nước, gõy mất cõn bằng sinh thỏi.