Theo quy định của luật thuế TNDN hiện hành, kết thúc năm tài chính ĐTNT có nghĩa vụ kê khai và nộp báo cáo quyết toán thuế, báo cáo tài chính năm cho cơ quan thuế. Khi nhận đợc báo cáo quyết toán thuế của đơn vị gửi lên, phòng sẽ tiến hành kiểm tra theo 2 bớc:
Bớc 1: Kiểm tra số liệu quyết toán thuế tại phòng.
Trong khâu này, cán bộ thuế sẽ tiến hành kiểm tra theo 2 công đoạn nhỏ. Công đoạn đầu tiên là kiểm tra các chỉ tiêu kê khai quyết toán thuế, phát hiện những sai sót nh: Ghi sai tên cơ sở kinh doanh, ghi sai mã số thuế, khai thiếu chỉ tiêu, sai mẫu quy định… Công đoạn tiếp theo là kiểm tra tính chính xác của số liệu trên quyết toán thuế với các số liệu trên tờ khai thuế TNDN năm đó của đơn vị, tờ kê khai chi tiết doanh thu, chi phí, thu nhập khác (gửi kèm theo quyết toán thuế), báo cáo tài chính năm… Việc đối chiếu số liệu nhằm phát hiện các trờng hợp nghi vấn nh: Đơn vị hoạt động có lãi năm trớc nhng năm quyết toán lại lỗ hoặc tỷ suất lợi nhuận thấp hơn năm trớc, đơn vị có số thuế nợ đọng lớn vào thời điểm quyết toán… từ đó sẽ làm cơ sở để tiến hành bớc 2 của quá trình kiểm tra.
Bớc 2: Kiểm tra quyết toán tại đơn vị.
Để đảm bảo cho công tác quản lý thu thuế thuế TNDN, trong quá trình kiểm tra cơ quan thuế thờng u tiên kiểm tra các đơn vị có số hoàn thuế trong năm lớn, các đơn vị có số thuế nợ đọng nhiều hoặc các đơn vị có những dấu hiệu khả nghi cần phải kiểm tra trớc. Trong bớc này, các đơn vị phải cung cấp các báo cáo tài chính năm, các sổ sách kế toán, các hoá đơn chứng từ và các hồ sơ tài liệu khác có liên quan đến việc tính thuế, nộp thuế của đơn vị. Cán bộ thuế tiến hành đối chiếu số liệu, phát hiện các sai phạm trong công tác hạch toán kế toán của đơn vị. Công tác kiểm tra quyết toán thuế phải đặt trọng tâm vào việc kiểm tra các căn cứ tính thuế nh: Doanh thu tính thuế, các khoản chi phí hợp lý đợc tính trừ… Kết thúc quá trình kiểm tra, đoàn kiểm tra phải tiến hành lập biên bản theo mẫu trong đó phải giải trình số liệu qua kiểm tra, nêu rõ yêu cầu đơn vị phải nộp nốt số thuế còn thiếu (nếu có), đồng thời đoàn sẽ đề nghị Cục thuế ra quyết định xử phạt hành chính đối với đơn vị nếu có theo quy định của pháp luật.
Trong những năm qua, công tác kiểm tra báo cáo quyết toán thuế luôn đ- ợc coi là một trong những nội dung quan trọng của phòng và nhờ công tác kiểm tra quyết toán thuế đợc thực hiện tốt, phòng đã truy thu và làm lợi cho NSNN một số thuế không nhỏ. Công tác kiểm tra cũng đã phát hiện nhiều hiện tợng vi phạm pháp luật thuế, đa ra biện pháp xử lý kịp thời và rút ra đợc nhiều kinh nghiệm quý báu cho cho công tác quản lý thu. Tuy nhiên bên cạnh những mặt tốt, công tác kiểm tra quyết toán thuế còn có một số tồn tại:
- Bớc kiểm tra tại phòng tiến hành còn chậm, làm ảnh hởng đến việc kiểm tra báo cáo quyết toán thuế tại cơ sở. Sự chậm chạp này có thể bắt nguồn từ nguyên nhân chính là do số đơn vị không nộp quyết toán thuế đúng hạn. Cần nhanh chóng có biện pháp khắc phục vấn đề trên để thúc đẩy nhanh tiến độ kiểm tra ngay từ đầu năm để tăng số lợng đơn vị đợc kiểm tra.
- Một số nội dung kiểm tra còn phụ thuộc nhiều vào khai báo chủ quan của ĐTNT, vì thế để đảm bảo tiến độ, ở một số nội dung đoàn kiểm tra không có điều kiện xác minh, tìm hiểu thực tế mà phải dựa vào số liệu mà đơn vị cung cấp nh phần tăng giảm TSCĐ, tăng giảm trích khấu hao, phần công nợ, kiểm kê đánh giá sản phẩm đở dang, thành phẩn tồn kho…Tại một số đơn vị, cán bộ thuế cũng không thể đối chiếu hết số hoá đơn chứng từ giữa ngời mua và ngời bán, nhất là các hoá đơn có số tiền dới 100.000 đồng vì theo quy định đối với những khoản mua bán dới 100.000 đồng có thể không cần lấy hoá đơn. Điều
này làm cho kết quả kiểm tra phụ thuộc nhiều vào ý thức tự giác, sự trung thực của đơn vị.