Trong quá trình kiểm tra quyết toán thuế, bên cạnh việc quản lý tốt phần doanh thu và chi phí hợp lý đợc tính trừ thì cũng cần phải chú ý các khoản thu nhập chịu thuế khác. Đây là những khoản thu nhập không phải từ hoạt động kinh doanh chính của DN mà đó là thu nhập từ các hoạt động đầu t tài chính hay những khoản thu nhập bất thờng của DN nh: Các khoản thu lãi từ hoạt động cho vay vốn; Thu từ hoạt động về đầu t chứng khoán; Hoạt động về liên doanh liên kết do góp vốn bằng tiền, đất đai, hàng hoá, vật t khác đem lại; Các khoản kinh doanh về bất động sản; Các khoản thu tiền phạt, khoản thu từ thanh lý nhợng bán TSCĐ; Các khoản thu về hoa hồng khuyến mại do mua nguyên
vật liệu… Đây là những khoản thu nhập không phải từ hoạt động kinh doanh chính của DN nên trong quá trình kiểm tra quyết toán thờng thấy rằng các DN cố tình không khai báo khoản thu nhập này hoặc có những trờng hợp kế toán của DN hạch toán tính chung vào doanh thu hoạt động kinh doanh chính.Ví dụ nh Công ty K chuyên sản xuất và XNK bao bì không đa vào thu nhập khác khoản đợc bồi thờng do DN bạn giao hàng hoá thiếu số tiền 26 triệu đồng;
Để hạn chế các gian lận và sai sót này, phòng đã chỉ đạo các nhóm công tác tiến hành mở sổ theo dõi nắm chắc tình hình hoạt động SXKD của từng DN. Không ngừng nâng cao trình độ chuyên môn cho các cán bộ quản lý thu. Tăng cờng công tác xác minh hoá đơn chứng từ bằng việc các cán bộ quản lý thu của từng DN thờng xuyên tiến hành rà soát các hoá đơn để phát hiện và xử lý kịp thời, kiên quyết các trờng hợp sử dụng hoá đơn, chứng từ trái phép. Mặt khác Lãnh đạo phòng chỉ đạo các cán bộ trực tiếp quản lý phải tăng cờng công tác thanh tra, kiểm tra tại các DN vừa để tăng số thu, vừa để nâng cao tinh thần tự giác của DN trong việc kê khai thuế sát với tình hình hoạt động SXKD của DN.