Do tốc ñộ phát triển và mở rộng thị trường quá nhanh nên công ty cổ phần sữa Việt Nam Vinamilk không tránh khỏi những khó khăn và hạn chế ở nhiều mặt sau ñây:
Khủng hoảng kinh tế, lãi suất ngân hàng tăng cao, ngân hàng siết chặt tín dụng nên ảnh hưởng ñến ñầu tư của Vinamilk.
Nguồn nhân lực chưa thật sự ñáp ứng ñược yêu cầu công việc ñặt ra, chỉ ñáp ứng ở những bộ phận cơ bản, ñối với các vị trí quan trọng vẫn chưa có ñủ cán bộ quản lý chuyên trách. Bên cạnh ñó, lực lượng lao ñộng gián tiếp ñông ñảo nên thường xuyên tiến hành tái ñào tạo.
Hiện nay chúng ta thực tế chỉ sản xuất ñược 21,5% trong khi ñiều kiện khoa học công nghệ ñất ñai ñủ ñể sản xuất 40%.bộ tài chính lại hạ thuế nhập khẩu sữa xuống từ 20% còn 10% thì ñiều này lại làm cho các doanh nghiệp lại ép giá trong nước và ñổ xô ñi nhập khẩu.
Công ty Vinamilk cần phải có một chính sách rõ ràng trong việc mua nguyên liệu của các hộ chăn nuôi.một phần bản chất của công ty là nhà nước phải làm sao ñể khích lệ người dân chăn nuôi phát triển hệ thống nguồn nguyên liệu trong nước chứ không một khi người dân họ quay mặt tức bỏ việc chăn nuôi thì việc phung phí tài nguyên vốn lẽ rất thuận lợi cho việc phát triển của ngành và lại tăng thêm nhập khẩu từ nước ngoài gây ảnh hưởng mạnh ñến sự phát triển của ngành sữa nói riêng và kinh tế nói chung.
Công ty ñã không sử dụng tốt với nguồi lực ưu ñãi cho việc phát triển mở rộng mạng lưới phân phối trong cả nước ñi ngược với chiến lược của công ty ñó là việc Vinamilk phải giao lại phần ñất không triển khai hết và phải nộp tiền ñất cho khoảng thời gian công ty này chiếm giữ ñất nhưng không triển khai dự án.
Mặc dù số ñất này ñược giao cho Vinamilk với các chính sách ưu ñãi là ñể triển khai dự án. Nhiều năm qua Vinamilk chỉ chiếm ñất mà không triển khai, không làm ra của cải vật chất do vậy họ phải trả tiền thuê diện tích ñất ñó!
Tình hình khủng hoảng kinh tế và lạm phát cao của VN từ cuối năm 2007 ñến nay gây rất nhiều khó khăn cho nền kinh tế VN và cho các doanh nghiệp.
