Phương pháp phân tích tài chính nhìn thì thấy khá đơn giản nhưng việc áp dụng chúng vào từng doanh nghiệp cụ thể để cho ra đánh giá chính xác nhất lại là điều không phải dễ dàng. Đối với từng doanh nghiệp khác nhau với đặc thù ngành nghề kinh doanh, đặc điểm sản phẩm, thị trường riêng, nhà phân tích cần linh hoạt lựa chọn các chỉ tiêu đánh giá phù hợp. Ví như, các doanh nghiệp mới hình thành thì khó có thể áp dụng phương pháp so sánh để thấy xu hướng biến động qua các năm. Hay như doanh nghiệp sản xuất kinh doanh có tính mùa vụ như bánh kẹo, xây dựng, khi phân tích nhà phân tích cũng cần chú ý, nếu không dễ dẫn đến kết luận thiếu chính xác về tình hình tài chính doanh nghiệp.
Các phương pháp tỷ lệ, so sánh cũng có những nhược điểm nhất định. Nhà phân tích trên cơ sở đó cần có đánh giá thích đáng không chỉ dựa vào cảm quan các chỉ số, cần tìm ra nguyên nhân cho những vấn đề đặt ra. Trong một số trường hợp ta không áp dụng được phương pháp tỷ số vì không có tham chiếu để so sánh. Mặt khác, những tỷ số là những con số tính toán ra do đó nó cũng bị ảnh hưởng một phần bởi ý muốn chủ quan của người lập báo cáo tài chính. Chỉ số trung bình ngành không phải là tham chiếu tốt nhất vì đây không phải là những gì doanh nghiệp hướng tới, một đối thủ cạnh tranh cùng quy mô là một lựa chọn tốt hơn để so sánh.
Khi phân tích, các tỷ số cần được sử dụng linh hoạt và kết hợp với các phương pháp một cách thích hợp nhằm đánh giá đúng nhất tình hình tài chính, những điểm mạnh cũng như điểm yếu của doanh nghiệp. Mặt khác các tỷ số và chỉ tiêu có mối liên hệ hữu cơ với nhau. Do đó việc phân tích không phải chỉ ra chỉ số này tăng hay giảm mà phải tìm hiểu được lý do tăng hay giảm bằng các mối liên hệ trên. Ví dụ, tỷ số khả năng thanh toán ngắn hạn tăng, nhà phân tích phải chỉ ra sự biến động của tài sản lưu động, thay đổi trong nợ ngắn hạn ra sao, có gì thay đổi trong nợ ngắn hạn, chính sách tín dụng thương mại của doanh nghiệp làm ảnh hướng đến tỷ số thanh toán ngắn hạn. Một sự tăng giảm của một chỉ số chưa nói lên được là tốt hay xấu mà cần phải xem xét trên tổng thể hoạt động của doanh nghiệp. Có như vậy, nhà phân tích mới thu được kết quả chính xác nhất, từ đó có những quyết định đầu tư đúng đắn.