Enzyme protease được chia làm hai loại: endopeptidaza và exopeptidaza. Dựa vào vị trí tác động trên mạch polypeptide, exopeptidaza được chia làm hai loại:
Aminopeptidaza: xúc tác thủy phân liên kết peptide ở đầu N tự do của
chuỗi polypeptide để giải phóng ra một amino axit.
Cacboxypeptidaza: xúc tác thủy phân liên kết peptide ở đầu C của chuỗi polypeptide để giải phóng ra một amino axit.
Dựa vào động học của cơ chế xúc tác, endopeptidaza được chia thành 4 nhóm:
Serine proteinase: là những proteinase chứa nhóm –OH của gốc
serine trong trung tâm hoạt động và có vai trò đặc biệt quan trọng đối với hoạt động xúc tác của enzyme. Nhóm này bao gồm hai nhóm nhỏ: chymotrypsin và subtilisin. Nhóm chymotrypsin bao gồm các enzyme động vật như chymotrypsin, trypsin, elastase. Nhóm subtilisin bao gồm hai loại enzyme vi khuẩn như subtilisin, carlsberg, subtilisin BPN. Các serine proteinase thường hoạt động mạnh ở vùng kiềm tính và thể hiện tính đặc hiệu cơ chất tương đối rộng
Cysteine proteinase: các proteinase chứa nhóm –SH trong trung tâm
hoạt động. Cysteine proteinase bao gồm các proteinase thực vật như papain, bromelin, một vài protein động vật và proteinase ký sinh trùng. Các Cysteine proteinase thường hoạt động ở vùng pH trung tính, có tính đặc hiệu cơ chất rộng.
Aspartic proteinase: hầu hết các aspartic proteinase thuộc nhóm
pepsin, nhóm pepsin bao gồm các enzyme tiêu hóa như: pepsin, chymosin, cathepsin, renin. Các aspartic proteinase có chứa nhóm carboxyl trong trung tâm hoạt động và thường hoạt động mạnh ở pH trung tính.
Metallo proteinase: là nhóm proteinase được tìm thấy ở vi khuẩn, nấm
mốc cũng như các sinh vật bậc cao hơn. Các metallo proteinase thường hoạt động vùng pH trung tính và hoạt độ giảm mạnh dưới tác dụng của EDTA.
Ngoài ra, protease được phân loại một cách đơn giản hơn thành 3 nhóm:
Protease trung tính: pH = 7 – 8
Protease kiềm: pH = 9 – 11. [3]