Trước những vấn đề về kinh tế, xã hội mà thực tiễn đổi mới đang đặt ra, Đảng ủy và Ban Giám đốc bệnh viện đã đặt vấn đề là làm thế nào để quản lý tốt và sử dụng có hiệu quả nguồn vốn ngân sách của Nhà nước cấp (nếu có), đồng thời tìm mọi cách khai thác kinh phí từ các nguồn khác như BHYT, viện phí, viện trợ, …để hỗ trợ cho các hoạt động y tế. Muốn vậy, cần phải có sự đổi mới về trang thiết bị, cơ sở vật chất, hạ tầng nhà ở, phòng bệnh. Phải có một đội ngũ thầy thuốc tận tình, có tay nghề, được trang bị những KHKT mới.
Để làm được các công việc đó, vấn đề đưa ra là phải quản lý tốt các nguồn kinh phí đó, tức là quản lý kinh tế y tế. Thực tế tình hình quản lý kinh tế y tế ở nước ta hiện nay chưa có một tổ chức thống nhất và cũng chưa có cơ chế quản lý phù hợp nên việc quản lý và sử dụng nguồn kinh phí chưa đạt hiệu quả cao.
Đặc điểm của nền kinh tế ở nước ta hiện nay là nền kinh tế quá độ, các thành phần kinh tế tuy có hình thức sở hữu riêng nhưng hoạt động đan xen lẫn nhau hỗn hợp và hình thành nền kinh tế đa dạng, trong đó kinh tế Nhà nước giữ vai trò chủ đạo. Với y tế cũng vậy. Trước chủ trương XHH y tế của Đảng và Nhà nước, nguồn ngân sách của Nhà nước cấp lại là không có hoặc rất ít nhưng Nhà nước vẫn là người chịu trách nhiệm quản lý, giám sát mọi hình thức hoạt động, tài chính, giá cả của các tổ chức liên doanh liên kết. Không để các tổ chức liên doanh góp vốn tự đặt giá cả siêu lợi nhuận vượt quá cao so với khả năng thu nhập của những người dân có mức sống trung bình và mặc dù là những tổ chức liên doanh, cổ phần nhưng phải thể hiện bản tính nhân đạo của Nhà nước XHCN, tức là giải quyết việc chăm sóc sức khỏe cho người nghèo, người diện chính sách dưới sự trợ giúp và chỉ đạo của Nhà nước. Xã hội hóa không chỉ là việc thành lập nhiều cơ sở y tế ngoài công lập, không chỉ là việc tăng thu từ các dịch vụ khám, chữa bệnh mà cần quan tâm nhiều hơn
tới thu hút nguồn lực xã hội, nguồn lực của nhân dân cho dịch vụ chăm sóc sức khỏe của nhân dân. Bằng chủ trương và các chính sách khuyến khích, ưu đãi của Nhà nước để khuyến khích và tạo điều kiện để các thành phần kinh tế bỏ vốn, bỏ nguồn lực, trí tuệ vào dịch vụ y tế; tăng giá dịch vụ phải tương xứng với chất lượng dịch vụ
Phương hướng lâu dài để tồn tại và phát triển của BV là phải hạch toán kinh tế trong y tế. Để làm được vấn đề này cần phải có cán bộ giỏi quản lý kinh tế trong y tế.
Khi thực hiện hạch toán kinh tế trong y tế sẽ hoàn toàn giúp cho việc đưa ra khỏi ngành một lượng nhân lực dư thừa không đáp ứng kịp trong nền kinh tế thị trường. Đây cũng là một xáo trộn lớn cần phải suy nghĩ khi thực hiện. Mặc dù điều kiện kinh tế xã hội hiện nay chưa cao để cho phép chúng ta thực hiện vấn đề hạch toán kinh tế y tế toàn diện ngay một lúc như đã nói ở trên vì Nhà nước vẫn giữ vai trò chủ đạo từ mức thuế thu nhập của người dân nhìn chung là thấp chưa thích hợp với việc thu đúng, thu đủ viện phí, BHYT.
Sự thay đổi cách tổ chức kinh doanh của ngành y tế sẽ ảnh hưởng ngay tới việc ổn định tình hình chính trị xã hội. Do đó việc hạch toán kinh tế trong y tế cần phải tiến hành thận trọng, từng bước có rút kinh nghiệm. Cần thiết phải xác định rõ ý nghĩa và vị trí của mỗi loại hình XHH y tế. Tuy nhiên Nhà nước cũng cần duy trì mức đầu tư ngân sách nhất định cho y tế. Có như vậy chúng ta mới đảm bảo tính vững bền của định hướng công bằng và hiệu quả và cũng chính là mục tiêu: “Xã hội hóa y tế dưới sự định hướng xã hội chủ nghĩa”.
Nhà nước cần phải có kế hoạch hướng dẫn các cơ quan y tế phát triển một cách thích hợp: các hình thức BHYT (bắt buộc, tự nguyện), các hình thức đóng góp viện phí cho từng đối tượng (100%, 80%, 50%, 30%), cách vay vốn
viện trợ để làm tăng nguồn lực tài chính cho y tế, tạo ra sự cân đối giữa các nguồn tài chính, giữ vững vai trò chủ đạo của Nhà nước.
Cần khuyến khích việc XHH và đa dạng hóa các loại hình khám chữa bệnh cũng như đa dạng hóa các thành phần kinh tế trong y tế như: Cổ phần hóa, Liên doanh (đặt máy…), Bán công, 100% vốn nước ngoài, Thuê mua tài chính, Vay vốn ngân hàng và Thành phố hỗ trợ lãi suất
Các hình thức trên cần được nhân rộng và Nhà nước cần phải có những hướng dẫn cụ thể hơn.
Tăng cường công tác tuyên truyền trong nhân dân về những lợi ích của BHYT để có thể tăng số lượng người tham gia BHYT (đến nay mới chỉ có <70% dân số cả nước tham gia BHYT dưới nhiều hình thức).
Cần phải có nhiều loại mức BHYT để có thể cân bằng giữa thu và chi. Để người nghèo có thu nhập thấp và người giàu có thu nhập cao đều tham gia nhưng tất nhiên mức độ chi trả sẽ tùy theo mức mua bảo hiểm, tránh tình trạng hiện nay số người đóng BHYT cần được chăm sóc và bảo vệ sức khỏe phần lớn là có mức thu nhập thấp nhưng nhu cầu chăm sóc sức khỏe lại cao dẫn đến mất cân bằng giữa thu - chi tạo ra tâm lý ức chế với cán bộ y tế trực tiếp điều trị và người bệnh. Do mức thu BHYT thấp nên cơ quan BHYT đã đưa ra mức trần cho việc điều trị. Điều này gây khó khăn nhiều cho các cơ sở điều trị, người bệnh vẫn phải tự túc thêm khi nằm điều trị tại các cơ sở khám chữa bệnh.