- Công nghiệp của tỉnh tuy phát triển khá nhưng còn chậm, hiệu quả chưa cao, chưa tương xứng với tiềm năng và yêu cầu phát triển của tỉnh; tỷ trọng công nghiệp trong GDP còn thấp chưa đóng vai trò động lực thúc đẩy phát triển kinh tế và chuyển dịch cơ cấu kinh tế theo hướng CNH, HĐH.
- Các ngành công nghiệp phát triển chưa đồng bộ, chưa đáp ứng yêu cầu phát triển nông nghiệp; việc triển khai thực hiện quy hoạch các vùng nguyên liệu còn chậm; các làng nghề truyền thống còn phát triển manh mún.
- Giá trị gia tăng thấp và tỷ lệ VA/GO có xu hướng giảm dần, biểu hiện chất lượng tăng trưởng của công nghiệp Bắc Giang trong các năm qua là thấp. Nguyên nhân là do hoạt động của các doanh nghiệp công nghiệp trên địa bàn tỉnh Bắc Giang chỉ là khai thác khoáng sản dưới dạng thô hoặc sơ chế; các doanh nghiệp chế biến, chế tạo cũng mới chỉ dừng lại ở hoạt động gia công, lắp ráp là chủ yếu; các ngành công nghiệp phụ trợ còn yếu và kém phát triển.
- Quá trình chuyển dịch trong nội bộ ngành công nghiệp diễn ra theo hướng tăng dần tỷ trọng công nghiệp chế biến (là ngành có giá trị gia tăng cao). Tuy nhiên, xu hướng chuyển dịch còn chậm, chưa rõ ràng, có sự mất cân đối lớn giữa công nghiệp thượng nguồn và hạ nguồn, các ngành công nghiệp phụ trợ còn yếu và kém phát triển, chưa có những ngành, sản phẩm mang tính đột phá, chưa xuất hiện các ngành có trình độ cao, chất xám cao
hơn như công nghiệp điện tử, công nghệ thông tin, cơ khí chế tạo tinh xảo, hoá chất cơ bản, chế tạo vật liệu mới... Cơ cấu công nghiệp theo ngành còn thiếu thân thiện với môi trường và tiềm ẩn nguy cơ không bền vững cao do tập trung chủ yếu vào các ngành thâm dụng tài nguyên, sử dụng nhiều năng lượng, có ảnh hưởng và tác động lớn đến môi trường như sản xuất vật liệu xây dựng, sản xuất điện, khai thác khoáng sản, sản xuất giấy, chế biến thực phẩm và đồ uống.... Nguyên nhân là do còn lúng túng, chưa rõ ràng trong việc xác định các ngành công nghiệp ưu tiên và lĩnh vực mũi nhọn; bên cạnh đó nguồn vốn đầu tư toàn xã hội cho phát triển công nghiệp nói riêng và kinh tế - xã hội của Bắc Giang nói chung còn hạn chế.
- Đa số các cơ sở công nghiệp trong tỉnh đều ở quy mô nhỏ, máy móc thiết bị và công nghệ thô sơ, lạc hậu, chậm được đổi mới nên hiệu quả chưa cao; một số sản phẩm đạt tiêu chuẩn xuất khẩu nhưng một phần là làm gia công nên giá trị gia tăng thấp; sự hỗ trợ của nhà nước chưa tác động được nhiều đến các doanh nghiệp nhỏ, ngoài quốc doanh.
- Môi trường đầu tư, môi trường kinh doanh chưa được cải thiện rõ rệt. Năng lực cạnh tranh cấp tỉnh (PCI) chưa được quan tâm xây dựng đồng bộ, thiết thực. Việc xây dựng hạ tầng các khu, cụm công nghiệp còn chậm, số dự án đã được cấp phép đầu tư nhưng chưa triển khai hoặc triển khai không đúng tiến độ còn nhiều, Một số doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài được cấp phép chậm đầu tư đi vào sản xuất.