Trong nghiên cứu ung thư đại trực tràng, việc phát hiện ra những sai hỏng của hệ thống các gen MMR là một vấn đề rất quan trọng trong chẩn đoán và điều trị hội chứng này. Chính vì thế, RFLP được sử dụng như một phương pháp nhằm xác định có hiệu quả những biến đổi của phân tử ADN mà cụ thể là những đột biến xảy ra với hệ thống gen MMR. Đây là phương pháp sử dụng một nhóm enzym đặc hiệu gọi là enzym giới hạn. Những enzym này được tổng hợp bởi các loại vi sinh vật khác nhau. Chúng có khả năng nhận biết các vị trí “đích” hay còn gọi là những vị trí
giới hạn chứa một trật tự nucleotide đặc thù trong ADN và cắt ADN tại trật tự đó. Kết quả là, một phân tử ADN ban đầu có kích thước lớn sau khi được xử lí bởi enzym giới hạn sẽ bị cắt thành nhiều đoạn nhỏ có kích thước khác nhau. Số lượng và kích thước các đoạn cắt phản ánh sự phân bố của các vị trí bị cắt trong phân tử ADN. Sự hiện diện của những đoạn cắt này mang tính đặc trưng cho từng tổ hợp ADN/enzym giới hạn. Cũng chính sự khác nhau về kích thước bởi các đoạn được tạo ra do xử lí enzym giới hạn đối với các phân tử ADN trong nhân hoặc trong các cơ quan tử khác nhau được gọi là tính đa hình chiều dài các đoạn cắt giới hạn [6]. Ưu điểm của phương pháp này là cho độ chính xác cao, đánh giá được tính đa hình di truyền của gen cần nghiên cứu đồng thời xác định được sự có mặt của các đột biến xảy ra trong hệ thống gen MMR gây ung thư đại trực tràng. Tuy nhiên, nhược điểm của phương pháp là khó khăn trong việc tìm ra enzym giới hạn đặc hiệu với vị trí cắt và cần phải biết trước trình tự đoạn gen nghiên cứu để xác định vị trí cắt của enzym giới hạn.