Năm 1989, Orita và cộng sự đã công bố một phát hiện mới về kỹ thuật phân tích đa hình sợi đơn [24]. Kể từ đó tới nay, kỹ thuật này được xem như một phương pháp hiệu quả trong việc phát hiện tính đa hình sợi đơn của phân tử ADN hay các đột biến có liên quan đến trình tự của phân tử ADN. SSCP ra đời nhanh chóng trở nên phổ biến và được sử dụng rộng rãi trong các nghiên cứu thuộc lĩnh vực y học. Kỹ thuật này cho phép phát hiện những sai khác dựa trên khả năng di chuyển khác nhau của các đoạn ADN sợi đơn có cùng kích thước nhưng khác nhau về trình tự. Vì sự chuyển động của ADN trong gel điện di phụ thuộc vào kích thước và cấu hình không gian của chúng. Tuy nhiên, sự chuyển động của các sợi đơn lại bị ảnh hưởng bởi những thay đổi dù là rất nhỏ trong trình tự của chúng mà sự thay đổi này có thể chỉ gồm một nucleotide trong hàng trăm nucleotide có trong sợi đơn đó. Mặt khác, phân tử ADN sợi kép sau khi bị biến tính (tách thành các sợi đơn) sẽ thể hiện tính
hồi tính khi gặp sợi bổ sung với nó để hình thành dạng sợi kép như ban đầu. Hoặc cũng có khi trên cùng một sợi đơn cũng xảy ra hiện tượng bắt cặp giữa các trình tự bổ sung với nhau. Kết quả là, chúng bắt cặp với nhau tạo nên các cấu trúc vòng hoặc nếp gấp làm thay đổi hoàn toàn cấu hình không gian của chúng. Chính sự khác biệt về cấu hình không gian và sự khác nhau về trình tự các nucleotide giữa hai sợi đơn sẽ làm chúng di chuyển với tốc độ khác nhau trên cùng một bản gel điện di mặc dù kích thước (số lượng nucleotide) của hai sợi đơn này là như nhau. Ngoài ra, SSCP sử dụng gel điện di là gel polyacrylamide cho nên cho phép phân tách được các băng có sai khác nhỏ chỉ 1 nucleotide. Vì thế, những đột biến dạng thêm, mất 1 nucleotide cũng được phát hiện. Ưu điểm của kỹ thuật này là ít tốn kém về tiền bạc, tiện lợi, dễ tiến hành và cho độ nhạy khá cao trong xác định các đột biến gen. Đặc biệt, khi tiến hành kỹ thuật này với những điều kiện tối ưu, có tới 80 – 90% các đột biến được phát hiện. Tuy nhiên, nhược điểm của phương pháp này là tốn khá nhiều thời gian và các đột biến chỉ được phát hiện tại các gen đơn locus.