Theo khóa phân loại của Bergey , chi Bacillusđược phân loại như sau: Giới: Bacteria Ngành: Firmicutes Lớp: Bacilli Bộ: Bacillales Họ: Bacillaceae Chi: Bacillus
Chi Bacillus là một chi lớn (51 loài đã được xác định chính xác và nhiều loài chưa được phân loại rõ ràng), và đa dạng, thuộc họ Bacillaecea. Họ này chia làm 5 chi gồm: Bacillus, Sporolactobacillus, Clostridium, Sporosarcina, Desulfotomaculum; đặc trưng của họ này là sự hình thành nội bào tử.
Đặc điểm của chi Bacilllus được mô tả như sau:
Tế bào hình gậy, hoặc thẳng, kích thước 0,5-2,5 x 1,2-10 μm, các tế bào thường xếp thành cặp hoặc chuỗi, đầu tròn hoặc hơi vuông. Là vi khuẩn gram dương, di động nhờ roi. Một tế bào chỉ có duy nhất một nội bào tử, nội bào tử có hình oval hoặc hình trụ, chịu được điều kiện bất lợi như nhiệt độ, acid, sự hình thành bào tử không bị ngăn cản bởi sự tiếp xúc không khí. Là vi khuẩn g ram dương hoặc chỉ cho gram dương ở giai đoạn đầu của sự phát triển, con đường biến dưỡng bằng lên men hoặc hô hấp, hầu hết có catalase dương tính. Là vi khuẩn hiếu khí hoặc kị khí tùy nghi, có phổ chịu đựng pH, nhiệt độ, muối rộng, tồn tại được trong điều kiện bất lợi một thời gian dài nên đa số chúng rất phổ biến và có thể phân lập được từ nhiều nguồn khác nhau. Một số loài gây bệnh cho người như B.anthracis, B.cereus… [58].
Việc phân loại Bacillus trước đây dựa vào hai đặc tính: sinh trưởng trong điều kiện hiếu khí và khả năng hình thành nội bào tử, kết quả đã phân loại nhiều vi khuẩn có đặc tính sinh lý và đặc điểm sinh học khác nhau. Tuy nhiên do sự không đồng nhất về đặc điểm sinh lý, sinh thái và di truyền học dẫn đến khó khăn cho việc phân loại chi
Bacillus. Việc ứng dụng sinh học phân tử trong phân loại cho thấy chi Bacillus có thành phần G-C khoảng 32-69%. Khi tiến hành lập cây phát sinh loài bằng trình tự 16S RNA cho thấy chi Bacillus có quan hệ gần với một số nhó m loài không sinh bào tử: như có quan hệ với Enterococcus, Lactobacillus, và Streptococcus ở mức bộ và
Listeria và Staphylococcus ở mức họ. Mặc khác, một số thành viên trước đây thuộc chi
Bacillus đã được phân loại lại và thuộc những họ mới bao gồm:
Acyclobacillaceae, Paenibacillaceae và Planococcaceae[58].