Tùy loài vi sinh vật mà nguồn carbon đƣợc sử dụng để sinh endo-β-1,4- glucanase là khác nhau, có loài chỉ thích hợp với một hoặc một số ít nguồn carbon, có loài lại thích hợp với nhiều nguồn carbon. Nguồn carbon có thể là các loại carbohydrate đơn giản nhƣ đƣờng đơn, đƣờng đôi hoặc phức tạp nhƣ tinh bột, cellulose, xylan. Nguồn carbon phức tạp này thƣờng tồn tại ở hầu hết các sản phẩm, phế phẩm nhƣ trấu cám, vỏ quýt, sơ dừa, lõi ngô, bã mía, vỏ cà phê, mùn cƣa. Những chất này thƣờng đƣợc sử dụng làm nguồn carbon thích hợp cho quá trình sinh tổng hợp endo-β-1,4-glucanase.
Kawamori và cs (1987) khi nghiên cứu trên chủng Thermoascus aurantiacus A-131 và Thermoascus reese QM 9414 cho thấy Avicel là nguồn
carbon thích hợp nhất để chủng T. reese QM 9414 sinh tổng hợp CMCase, tiếp đến là bã mía, cellulose, lactose, CMC và xylan. Trong khi lõi ngô và xylan lại là nguồn carbon thích hợp cho chủng T. aurantiacus A-131 sinh tổng hợp CMCase (Kawamori et al., 1987). Nguồn phế phẩm từ quả cam ngọt (vỏ, cùi) đã đƣợc sử dụng làm nguồn carbon thích hợp cho quá trình sinh cellulase ở chủng A. niger, T. longi và Saccharomyces cerevisae
(Omojasola
and Jilani, 2008). Các loài Penicillium pinophilum, P. persicium, P. brasilianum sinh tổng hợp cellulase mạnh nhất đối với nguồn cellulose tự
nhiên, còn đối với nguồn carbon là xylan hoặc birchwood xylan thì khả năng
sinh tổng hợp cellulase rất kém (Henning et al., 2005). Lê Thị Thanh Xuân và cs (2005) khi nghiên cứu chủng xạ khuẩn thuộc chi Streptomyces cho thấy chúng sinh trƣởng mạnh nhất trên nguồn carbon là glucose và tinh bột, nhƣng nguồn carbon thích hợp để chủng sinh tổng hợp cellulase là cellulose và CMC. Trịnh Đình Khá (2006), khi nghiên cứu chủng Penicillium sp. DQT- HK1 cho thấy, chủng sinh tổng hợp cellulase mạnh nhất trên nguồn carbon là rơm với nồng độ 0,6%.