Tuy có nhiều cơ hội mở ra trước mắt nhưng sản xuất và xuất khẩu gạo Việt Nam cũng phải đối mặt với nhiều thách thức.
Tham gia vào thị trường gạo thế giới, Việt Nam phải cạnh tranh với nhiều cường quốc về xuất khẩu gạo như Thái Lan, Ấn Độ, Trung Quốc, Hoa Kỳ… về cả số lượng và chất lượng. Tuy những năm gần đây, Việt Nam đã vươn lên là nước xuất khẩu gạo đứng thứ 2 thế giới nhưng chủ yếu phục vụ thị trường gạo cấp thấp, do đó chịu nhiều rủi ro. Mặc dù giành vị trí thứ 2 nhưng tỉ phần xuất khẩu về trị giá của Việt Nam nhỏ hơn tỉ phần về số lượng. Điều đó cho thấy gạo Việt Nam chỉ phục vụ cho thị trường xuất khẩu gạo cấp trung bình và cấp thấp; trong khi Thái Lan, Pakistan giành được thị phần đáng kể tại các thị trường gạo cấp cao.
Một điều bất lợi nữa là dù Việt Nam có tiếng là một trong những nước xuất khẩu gạo hàng đầu trên thế giới nhưng hiện nay thương hiệu gạo Việt (VietRice) vẫn chưa có, tạo nên một yếu thế cho gạo xuất khẩu Việt Nam trên thị trường lúa gạo thế giới. Nguyên nhân là do gạo của ta chưa cùng loại, chưa cùng một giống nên khó xây dựng được thương hiệu trong khi năng lực marketing xuất khẩu lại thấp. Đó cũng là câu trả lời vì sao giá gạo xuất khẩu của Việt Nam thường thấp hơn gạo của Thái Lan 50- 80 USD/tấn. Điều đó cũng có nghĩa là hàng năm Việt Nam thua thiệt trong xuất khẩu gạo đến 300- 500 triệu USD, tương đương hơn triệu tấn gạo.
Bên cạnh đó, vấn đề đảm bảo an ninh lương thực quốc gia vẫn luôn là vấn đề cực kỳ quan trọng ảnh hưởng đến hoạt động xuất khẩu gạo. Ở mức độ toàn cầu, lương thực cần có đủ để đáp ứng cho nhu cầu của dân số tăng nhanh. Ở mức độ quốc gia, lương thực cần có đủ để đáp ứng cho người dân nước đó. Và ở mức độ hộ gia đình, mỗi người kể cả người nghèo cần có đủ lương thực cho nhu cầu dinh
dưỡng của họ. Trong khi đó, tiến trình đô thị hóa, công nghiệp hóa đang diễn ra ngày một nhanh chóng và mạnh mẽ, nhu cầu chuyển đổi đất nông nghiệp, trong đó có đất sản xuất lương thực sang các mục đích phi nông nghiệp ngày càng tăng. Nguyên nhân này khiến cho sản lượng lúa gạo sụt giảm, trong khi dân số lại gia tăng. Đồng thời, biến đổi khí hậu đang đe dọa đến sản xuất lúa gạo, ở nước ta cũng khó tránh khỏi hiểm họa này. Tình trạng trên gây khó khăn cho việc vừa đảm bảo an ninh lương thực của quốc gia vừa đảm bảo cho xuất khẩu gạo.
Nông dân nước ta thường xuyên phải đối phó với những biến động về giá cả thị trường, từ nguyên liệu đầu vào cũng như sản phẩm được làm ra..., trong khi nhà nước chưa có chính sách đồng bộ để người làm ra lương thực có thu nhập ổn định. Vì vậy, ở những thời điểm giá xuống thấp, người sản xuất lúa không có lãi nên nhiều nông dân phải bỏ ruộng đi làm nghề khác.
Cơ sở vật chất và hạ tầng yếu kém cũng là một trở ngại không nhỏ cho sản xuất và xuất khẩu gạo của Việt Nam. Cơ sở vật chất phục vụ chế biến, bảo quản xuất khẩu còn yếu kém lại phân bố không đều. Hệ thống kho chứa hàng, nhà máy xay xát, đánh bóng gạo xuất khẩu hiện nay tuy có được trang bị thêm máy móc, thiết bị hiện đại hơn nhưng số lượng còn ít, chủ yếu được bố trí ở thành phố như Hồ Chí Minh, Cần Thơ, Mỹ Tho. Trong khi đó, những vùng và địa phương có nhiều lúa, hàng hoá phục vụ xuất khẩu lại không có các nhà máy chế biến và đánh bóng gạo xuất khẩu hiện đại. Ngoài ra, năng lực về bốc dỡ hàng hóa và hệ thống cảng khẩu của nước ta vẫn còn nhiều bất cập, gây khó khăn cho nhiều khâu trong xuất khẩu gạo nhưng không thể giải quyết ngay trong ngắn hạn.