Đặc điểm hình thái, khả năng di động, đặc điểm về nhuộm Gram và khả năng sinh bào tử của chủng vi khuẩn được xác định thông qua quan sát các tiêu bản ép tươi, tiêu bản nhuộm Gram (theo Hucker & Conn, 1923 có cải tiến) [40], tiêu bản nhuộm bào tử (theo Schaeffer and Fulton 1933) [55]. Khả năng sinh trưởng ở các nhiệt độ khác nhau và nồng độ muối khác nhau được thực hiện trên môi trường TSB, khả năng sinh trưởng dưới điều kiện yếm khí được thực hiện trên môi trường TSA +2% NaCl.
Một số đặc điểm sinh hóa của chủng vi khuẩn được thực hiện trên kit API 20E (bioMerieux®, France) theo hướng dẫn của nhà sản xuất. Phản ứng oxidase được thực
hiện bằng sản phẩm Microbiology Bactident® Oxidase (Merck). Các phản ứng sinh hóa truyền thống khác như catalase, khả năng thủy phân tinh bột được tiến hành theo phương pháp của MacFaddin (1980) [49], khả năng thủy phân casein được tiến hành theo phương pháp của Logan và De Vos (2009) [48].
Định danh vi khuẩn được thực hiện theo khóa phân loại của Gordon (1989) [37] kết hợp so sánh các đặc điểm sinh hóa của chủng vi khuẩn với đặc điểm sinh hóa của
các chủng Bacillus của Bergey [48] và trong các nghiên cứu khác. Bên cạnh đó, một
vài chủng vi khuẩn đã được định danh bằng phương pháp sinh hóa cũng được gửi đến phòng thí nghiệm công ty Nam Khoa để định danh bằng phương pháp giải trình tự gen 16S rDNA (16S rDNA sequencing).
Phương pháp xác định khả năng sinh bào tử của vi khuẩn
Phương pháp nhuộm bào tử của Schaeffer and Fulton (1933) [55] có cải tiến được sử dụng để xác định khả năng sinh bào tử của vi khuẩn.
Quy trình nhuộm như sau:
Bước 1: Vi khuẩn nuôi cấy trên TSA +2% NaCl sau 72 h được dùng để tạo các tiêu bản vi khuẩn phết. Các tiêu bản được để khô tự nhiên và cố định trên ngon lửa đèn cồn.
Bước 2: Nhuộm với dịch malachite green bão hòa (5-7%) trong 15-20 phút. Bước 3: Rửa tiêu bản nhuộm dưới vòi nước chảy.
Bước 4: Nhuộm với Fucshin trong 30 giây.
Bước 5: Rửa tiêu bản, để khô, quan sát dưới kính hiển vi. Vi khuẩn bắt màu hồng đỏ của Fucshin, bào tử bắt màu xanh của malachite green.