(1) Lý thuyết phn tích hệ thống coi trọng tính tổng thể, đây chính là quan điểm hệ thống, thể hiện tính biện chứng trong nghin cứu hệ thống. Xuất pht từ quan điểm hệ thống, khi nghin cứu một hệ thống cần xem xt cc quy luật của hệ thống trong mối quan hệ tương tác giữa cc thnh phần cấu thnh hệ thống v quan hệ của hệ thống với môi trường tác động ln nó. Quan điểm đó phải được lượng hĩa bằng cc mơ hình tốn học mơ tả cc qu trình của hệ thống. Động thi v xu thế pht triển của hệ thống được xác định nhờ cc mơ phỏng, và qua đó có thể pht hiện các tác động hợp lý ln hệ thống. Sự phn tích hệ thống trong mối quan hệ tương tác giữa cc qu trình trong hệ thống sẽ pht hiện tính “trồi”, m nĩ khơng nhận biết được nếu chỉ phn tích cc qu trình ring rẽ của hệ thống.
(2) Lý thuyết phn tích hệ thống thừa nhận tính bất định của hệ thống, bao gồm bất định về mục tiu, bất định về sự trao đổi thơng tin trong hệ thống, sự hiểu biết không đầy đủ của người nghin cứu về hệ thống v bất động do sự tác
(3) Với cc hệ thống lớn, tồn tại nhiều mối quan hệ phức tạp liên quan đến nhiều lĩnh vực khc nhau. Bởi vậy, LTPTHT tơn trọng v thừa nhận tính lin ngnh. Khi nghin cứu cc hệ thống phức tạp như vậy, cần thiết cĩ sự tham gia của nhiều ngnh khoa học. Trong qu trình nhận nghiệm phải xem xét đến quyền lợi của những đối tượng khc nhau v quan hệ qua lại giữa chng trong hệ thống. Nếu cc quyết định chỉ vì quyền lợi cục bộ thì trong qu trình pht triển của hệ thống, cc quy luật được thiết lập đối với hệ thống sẽ bị ph vỡ.
(4) Thừa nhận tính bất định, LTPTHT ch trọng sự kết hợp giữa phương pháp hình thức và phương pháp phi hình thức, kết hợp giữa phn tích tốn học v kinh nghiệm v tơn trọng vai trị của tập thể trong nghin cứu.