Khác với các tiểu thuyết lịch sử khác, Hồng Việt long hưng chí khơng xây dựng chuỗi sự kiện xung quanh một hoặc vài nhân vật chính mà các nhân vật đều có những vai trị nhất định trong các sự kiện của tác phẩm và trong tồn hệ thống. Tác giả Ngơ Giáp Đậu đã xây dựng nên một cốt truyện có thể chuyển tải được những vấn đề nổi bật của lịch sử đất nước, với một hệ thống sự kiện và nhân vật trong những quan hệ phức tạp. So với một số tiểu thuyết viết theo lối chương hồi khác trong văn học Việt Nam trung đại, Hoàng Việt long hưng chí tuy cũng có miêu tả hoạt động qn sự, nhưng thiên về miêu tả cục diện chính trị và nhiều mặt khác của đời sống xã hội. Có thể nói, bức tranh lịch sử trong Hồng Việt long hưng chí được dệt nên bởi rất nhiều giai thoại bi hài. Xét về mặt nội dung, tiểu thuyết này miêu tả vận mệnh của toàn xã hội, của cả đất nước. Từ việc triều đại phong kiến trong buổi rối ren, xã hội phân hóa, triều đình và vua chúa bất lực, kiêu binh nổi loạn, nhân tài và trí thức lúng túng trong cách hành
xử với đời, đi tìm chủ mới, cho đến việc vua chúa tham quyền sẵn sàng bán nước cho ngoại bang. Bên cạnh đó là sự lớn mạnh của phong trào nông dân khởi nghĩa với cuộc nổi dậy của anh em nhà Nguyễn Huệ và cuộc chiến tranh thần thánh quét sạch thù trong, giặc ngoài và đặc biệt là nhìn lại vai trị của vua Gia Long trong việc làm sụp đổ vương triều Tây Sơn, thống nhất đất nước và quá trình trung hưng triều Nguyễn. Tất cả được xây dựng một cách hợp lý, chặt chẽ, có tính tốn theo ý đồ nghệ thuật của nhà văn, chứ không đơn thuần là liệt kê những sự kiện có sẵn.
Việc tổ chức cốt truyện theo lối xâu chuỗi các sự kiện theo trình tự thời gian là việc làm thường thấy trong văn xi truyền thống. Lối kết cấu xâu chuỗi đó được phản ánh rất rõ nét trong trong tiểu thuyết Minh Thanh của Trung Quốc và tiểu thuyết Việt Nam trung đại. Sự kiện được sắp đặt vào một số hồi, đoạn và các đoạn được xâu chuỗi với nhau thành một kết cấu hoàn chỉnh. Cốt truyện được phát triển theo trình tự trước sau của thời gian. Sự vận động của các nhân vật chỉ là những hành động trên phơng lịch sử có sẵn chứ chưa phải là sự phát triển mạch ngầm tâm lí.
Điểm đặc biệt của tiểu thuyết lịch sử Hồng Việt long hưng chí về phương diện cốt truyện là ở chỗ Ngô Giáp Đậu đã bám sát hiện thực lịch sử. Khung sườn của câu chuyện được dựa hẳn vào các biến cố lích sử, các chân dung lịch sử và ngược lại, chính các nhân vật và sự kiện chính của lịch sử cũng là những yếu tố quan trọng nhất để xây dựng nên cốt truyện. Một tác phẩm văn học mà cốt truyện bám sát thực tế, diễn biến câu chuyện gần như trùng khít với q trình lịch sử mà khơng hề khơ khan, vẫn cuốn hút độc giả chứng tỏ nhà văn đã rất tinh tế trong việc sử dụng chất liệu đời sống để sang tạo nghệ thuật. Những sự kiện bão táp của lịch sử hơn 200 năm được ghi lại một cách trung thực trong Hoàng Việt long hưng chí đồng thời lại có ý nghĩa khái qt của một tác phẩm văn học là điều rất đáng ghi nhận.