Bên cạnh những mặt đạt được, quá trình thu hút và sử dụng nguồn vốn ODA của WB cũng bọc lộ những mặt hạn chế, thậm chí trong một số trường hợp việc sử dụng ODA còn có dấu hiệu lãng phí kém hiệu quả. Những yếu kém trong sử dụng nguồn vốn ODA của WB chử yếu là :
*Thứ nhất, Tiến độ thực hiện các dự án ODA của WB còn chận
Nguyên nhân do :
- Không có đủ nguồn vốn cho giai đoạn chuẩn bị, thiếu nhất quán trong công tác đầu tư công.
- Tổ chức và quy chế hoạt động của các Ban quản lý chương trình, dự án ODA chưa chặt chẽ.
- Cơ chế phối hợp giữa các bên liên quan chưa chặt chẽ, đặc biệt là các dự án do các Ban, ngành trung ương làm Chủ dự án.
* Thứ hai , Sử dụng các nguồn vốn đầu tư ( vốn ODA và vốn đối ứng) chưa đạt hiệu quả cao
Nguyên nhân
- Do bên nhận vốn chưa nhận thức đúng đắn và đầy đủ về bản chất của ODA trong việc thu hút và sử dụng ODA thời gian qua, coi ODA là nguồn vốn nước ngoài cho không, nếu là vốn vay thì Chính phủ có trách nhiệm trả nợ. Nhận thức sai lệch đó dẫn tới tình trạng một số chương trình, dự án ODA kém hiệu quả.
- Việc thi hành các văn bản pháp quy liên quan đến quản lý và sử dụng ODA chưa nghiêm, công tác theo dõi và đánh giá ODA còn hạn chế, chưa
được quan tâm đúng mức, chế độ báo cáo, thanh quyết toán tài chính chưa được thực hiện nghiêm túc theo quy định và thiếu các chế tài cần thiết.
- Năng lực cán bộ tham gia quản lý và thực hiện các chương trình và dự án ODA còn yếu về nghiệp vụ chuyên môn, kỹ năng hợp tác quốc tế và ngoại ngữ; Đội ngũ cán bộ làm việc trong Ban Quản lý dự án ODA chủ yếu là kiêm nhiệm, bên cạnh đó khối lượng công việc tương đối lớn nên phần nào ảnh hưởng tới tiến độ triển khai thực hiện dự án;
* Thứ ba, Tốc độ giải ngân ODA của WB chưa cao, chưa đáp ứng được yêu cầu
Giải ngân chậm là một trong những biểu hiện về lượng của giảm hiệu quả tiếp nhận và sử dụng ODA của WB. Giải ngân chậm đang là vấn đề cấp bách cần được chú trọng giải quyết vì nó dẫm đến những hậu quả như: chậm đưa công trình vào sử dụng gây lãng phí thấp thoát nguồn lực, thay đổi các thông số nghiên cứu khả thi của dự án, có thể bị lạc hậu về công nghệ, giảm hiệu quả của dự án, giảm tính ưu đãi của vốn vay, tăng nguy cơ nợ quá hạn, giảm tính hấp dẫn và khả năng thu hút ODA của WB, ảnh hưởng trực tiếp tới công tác vận động nguồn vốn ODA của WB.
Nguyên nhân dẫn tới tiến độ giải ngân chậm là:
- Do sự khác biệt về quy trình thủ tục dự án như sự khác biệt về thủ tục trong khâu thẩm định, phê duyệt hay thủ tục trong khâu mua sắm hay thủ tục giải ngân giữa hai phía có sự khác biệt dẫn đến việc để đáp ứng các quy định của cả hai đã làm chậm tiến độ giải ngân.
- Do thủ tục hành chính của Việt Nam còn rườm rà nhiều khâu, nhiều bước. - Do vấn đề giải phóng mặt bằng còn kéo dài và tốn nhiều thời gian.