Đội ngũ chủ doanh nghiệp, giám đốc và cán bộ quản lý doanh nghiệp vừa và nhỏ còn nhiều hạn chế về kiến thức và kỹ năng quản lý. Số lượng doanh nghiệp vừa và nhỏ có chủ doanh nghiệp, giám đốc giỏi, trình độ chuyên môn cao và năng lực quản lý tốt chưa nhiều. Một bộ phận lớn chủ doanh nghiệp và giám đốc doanh nghiệp tư nhân chưa được đào tạo bài bản về kinh doanh và quản lý, còn thiếu kiến thức kinh tế - xã hội và kỹ năng quản trị kinh doanh, đặc biệt là yếu về năng lực kinh doanh quốc tế. Từ đó, khuynh hướng phổ biến là các doanh nghiệp hoạt động quản lý theo kinh nghiệm, thiếu tầm nhìn chiến lược, thiếu kiến thức trên các phương diện: Quản lý tổ chức, chiến lược cạnh tranh, phát triển thương hiệu, sử dụng máy tính và công nghệ thông tin. Một số chủ doanh nghiệp mở công ty chỉ vì có sẵn tiền vốn và thích kinh doanh, trong khi đó thiếu kiến thức và kỹ năng về kinh doanh, vì vậy đã dẫn đến rủi ro và thất bại.
- Công nghệ lạc hậu, chi phí sản xuất và giá thành sản phẩm cao
Hiện nay, phần lớn công nghệ do các doanh nghiệp nhỏ và vừa Việt Nam đang sử dụng đã trở nên lạc hậu từ 1-2 thế hệ, hơn nữa chi phí dành cho các máy móc, dây chuyền sản xuất về vận hành, bảo trì, sửa chữa cũng không phải là nhỏ, do đó đã làm giảm đáng kể năng suất lao động và làm cho chi phí sản xuất trở nên cao hơn. So sánh giữa sản phẩm trong nước với các nước như Trung Quốc, Thái Lan, Malaysia, Philipines,... thì các sản phẩm sản xuất của các doanh nghiệp Việt Nam có giá thành cao hơn từ 1,58 đến 9,25 lần mặc dù giá nhân công lao động thuộc loại thấp so với các nước trong khu vực.
Quy mô vốn và năng lực tài chính (kể cả vốn của chủ sở hữu và tổng nguồn vốn) của nhiều doanh nghiệp còn rất nhỏ bé, vừa kém hiệu quả, vừa thiếu tính bền vững. Số lượng doanh nghiệp nhỏ và vô cùng nhỏ chiếm tỷ lệ khá cao. Việt Nam có hơn 72. 000 doanh nghiệp đang hoạt động, số lượng có tăng lên nhưng quy mô chủ yếu là nhỏ và siêu nhỏ. Số doanh nghiệp có vốn dưới 1 tỷ đồng chiếm tới 44,1%, quy mô lao động dưới 10 người chiếm 46,6%. Nếu so sánh năm 2004 với năm 2000, số vốn và số lượng lao động bình quân trong mỗi doanh nghiệp đã giảm từ 26 tỷ đồng và 84 lao động xuống còn 24 tỷ đồng và 72 lao động (theo số liệu của Tổng cục Thống kê). Các doanh nghiệp nhỏ và vừa thường phải vay vốn chủ yếu tới 80% từ các tổ chức phi tài chính, các thân nhân và bạn bè, chỉ có 20% là vay tín dụng từ ngân hàng. Đôi khi, các doanh nghiệp nhỏ và vừa phải trả cho các chủ nợ phi tài chính chính thức các khoản lãi suất cao hơn từ 3 đến 6 lần so với lãi suất chính thức. Nguyên nhân chủ yếu là do các doanh nghiệp nhỏ và vừa còn gặp nhiều khó khăn trong việc tiếp cận các khoản tín dụng ngắn hạn, trung hạn và dài hạn từ các ngân hàng và các tổ chức tín dụng chính thức khác. Ngoài ra, các khoản vay có bảo lãnh rất hiếm khi được dành cho các doanh nghiệp nhỏ và vừa và đầu tư vào khu vực các doanh nghiệp nhỏ và vừa bị hạn chế rất nhiều.
- Nhận thức và sự chấp hành luật pháp còn hạn chế
Một số khá lớn doanh nghiệp vừa và nhỏ còn chưa chấp hành nghiêm chỉnh các quy định của pháp luật, đặc biệt là các quy định về thuế, quản lý tài chính, quản lý nhân sự, chất lượng hàng hoá và sở hữu công nghiệp. Tình
phạt vi phạm các chế độ về thuế, tài chính còn phổ biến. Nguyên nhân của tình trạng vi phạm pháp luật trong lĩnh vực này cũng là do việc nhận thức, hiểu biết của doanh nghiệp về luật pháp còn nhiều hạn chế. Tâm lý làm ăn chui vẫn còn khá phổ biến. Sự thiếu hiểu biết về kiến thức kinh tế luật pháp quốc gia và quốc tế đặc biệt là các luật chơi trong thương mại quốc tế trong bối cảnh hội nhập cùng những cơ hội và thách thức đặt ra cũng sẽ làm giảm rất nhiều khả năng cạnh tranh của các doanh nghiệp.
- Sự yếu kém về thương hiệu
Hầu hết các doanh nghiệp vừa và nhỏ ở Việt Nam chưa xây dựng được các thương hiệu mạnh, chưa khẳng định được uy tín và khả năng cạnh tranh trên thị trường khu vực và quốc tế. Nhiều doanh nghiệp ở Việt Nam, đặc biệt là các doanh nghiệp vừa và nhỏ chưa có chiến lược xây dựng thương hiệu, chưa tạo được uy tín về chất lượng sản phẩm và dịch vụ, do đó khả năng cạnh tranh còn yếu. Theo số liệu khảo sát của VCCI, chỉ có gần 10% số doanh nghiệp là thường xuyên tìm hiểu thị trường nước ngoài và trong số này chủ yếu là các doanh nghiệp lớn, doanh nghiệp nhà nước, doanh nghiệp có hoạt động xuất nhập khẩu; Khoảng 42% doanh nghiệp tìm hiểu thị trường nước ngoài không thường xuyên và khoảng 20% doanh nghiệp, chủ yếu là các doanh nghiệp nhỏ và vừa, không có các hoạt động tìm hiểu thị trường nước ngoài.
- Khả năng xúc tiến thương mại, tiếp cận với thị trường trong nước và quốc tế
Việc tiếp cận với thông tin về văn bản, pháp luật, thị trường, tiến bộ công nghệ,… còn tản mạn và hạn chế. Khi áp dụng Hiệp định GATT/WTO (từ cuối tháng 9-2003), sẽ là một khó khăn cho các doanh nghiệp nhỏ và vừa Việt Nam, bởi đây là một Hiệp định khá phức tạp, mà các nước đều phải giành thời gian dài mới có thể tạo được thuận lợi cho mình.