pháp truyền thống
Để khẳng định sự tồn tại của chủng xạ khuẩn Streptomyces sp. A1 trong môi trường nước ao nuôi tôm sau khi được bổ sung định kì theo phương pháp nêu trên, chúng tôi đã tiến hành cấy trải mẫu nước ao TN trên môi trường thạch đĩa SCA, nuôi cấy ở 35 oC trong 3 ngày và quan sát sự hình thành của các khuẩn lạc của
Streptomyces sp. A1. Kết quả thể hiện ở hình 3.23 cho thấy rằng chủng xạ khuẩn có khả năng tồn tại được trong môi trường nước ao nuôi, và theo quan sát được thì mật độ của xạ khuẩn Streptomyces sp. A1 tăng dần theo thời gian nuôi. Ở các đợt thu mẫu càng về sau, sự hiện diện của chúng trong mẫu nước ao TN càng nhiều.
Hình 3.23. Khuẩn lạc xạ khuẩn Streptomyces sp. A1 phân lập từ ao TN
3.3.2. Giám sát hoạt động của chế phẩm từ Streptomyces sp. A1 bằng phương pháp phân tử DGGE pháp phân tử DGGE
Trong quá trình sử dụng chế phẩm, chúng tôi đã ứng dụng phương pháp DGGE để giám sát hoạt động của chủng xạ khuẩn Streptomyces sp. A1 đồng thời phát hiện sự biến động của quần xã VSV trong trầm tích ao nuôi tôm tại các đợt thu mẫu khác nhau của vụ 2.
3.3.2.1. Kết quả tách chiết DNA tổng số từ mẫu trầm tích
DNA tổng số của VSV hiện diện trong mẫu trầm tích của ao nuôi qua 6 đợt khảo sát đã được tách chiết bằng PowerSoil® DNA Isolation Kit và sau đó được điện di để kiểm tra nồng độ trên gel agarose 0,8 %. Kết quả được trình bày ở hình 3.24.
Hình 3.24. Phổ điện di DNA tổng số
Chú thích: M : Marker ; 1.2- 6.2 và ĐC: DNA tổng số trong mẫu trầm tích lần lượt của 6 đợt thu mẫu và ĐC của vụ 2.
Từ kết quả nghiên cứu cho thấy, khi sử dụng λ-Hind III digest (nồng độ 0,5 μg/μl), ước tính nồng độ của dịch chiết DNA tổng số là khoảng 30 ng/μl, đủ cung cấp cho phản ứng PCR trong nghiên cứu tiếp theo.
3.3.2.2. Kết quả khuếch đại vùng V3 của gen 16S rDNA
DNA tổng số tách từ mẫu trầm tích được sử dụng làm khuôn mẫu để khuếch đại vùng V3 của gen 16S rDNA (177 bp). Cặp mồi được sử dụng trong mục đích này là 341F (được gắn thêm một đoạn 40 bp các nucleotide G và C ở đầu 5’) và 518R. Sản phẩm của phản ứng PCR được quan sát trên gel agarose 1,5 % nhuộm với Ethidium bromide sau khi điện di ở 100V trong 30 phút. Kết quả điện di được trình bày ở hình 3.25.
Hình 3.25. Phổ điện di sản phẩm PCR với mồi V3
Chú thích: M: Marker 100 bp DNA
1.2- 6.2, ĐC: Sản phẩm PCR vùng V3 gen 16S rDNA các mẫu trầm tích lần lượt của 6 đợt thu mẫu và ao ĐC của vụ 2
Từ kết quả trên, chúng tôi nhận thấy sản phẩm PCR với mồi V3 của tất cả các mẫu chỉ gồm một băng duy nhất ở vị trí khoảng 200 bp, phù hợp với kích thước vùng V3 gen 16S rDNA. Sản phẩm PCR này có thể được sử dụng để tiến hành điện di trên gel DGGE.
3.3.2.3. Kết quả điện di DGGE
Sản phẩm PCR vùng V3 gen 16S rDNA được trộn với loading dye sau đó mẫu được tải tương ứng vào mỗi giếng của bảng gel DGGE. Kết quả điện di DGGE được trình bày ở hình 3.26.
Hình 3.26. Hình ảnh điện di của bảng gel DGGE
Chú thích: O: Mẫu trắng; M: Marker 100 bp DNA
S, ĐC và 1.2- 6.2 là vùng V3 gen 16S rDNA của Streptomyces sp. A1, mẫu trầm tích ao ĐC và mẫu trầm tích của lần lượt 6 đợt thu mẫu ở vụ 2.
Từ kết quả hình 3.26, chúng tôi nhận thấy rằng chủng xạ khuẩn
Streptomyces sp. A1 đã có thể tồn tại và hoạt động tốt sau khi được bổ sung vào ao TN. Mật độ của chủng xạ khuẩn này ở ao TN cao hơn nhiều so với ao ĐC. Ngoài ra, cũng đã phát hiện được sự biến động của quần xã VSV trong mẫu trầm tích ao nuôi tôm tại các đợt thu mẫu ở vụ 2. Tuy nhiên cần tiến hành các phân tích tiếp theo như phân tách các băng, xác định trình tự nucleotide của 16 S rDNA, định danh loài… để có thông tin chính xác và đầy đủ hơn.
