vịt Việt Nam với cỏc chủng của thế giới dựa trờn gen UL5 và UL32
Từ kết quả giải trỡnh trỡnh tự của cỏc gen thu đƣợc, chỳng tụi tiến hành phõn tớch so sỏnh thành phần nucleotide và amino acid với cỏc chủng của thế giới. Đối với gen DNA-polymerase đó đƣợc chứng minh là một gen bảo tồn, đƣợc sử dụng để chứng minh nguồn gốc phả hệ (virus dịch tả vịt). Gen DNA- polymerase khụng cú hoặc cú rất ớt sự sai khỏc giữa cỏc chủng, nờn đƣợc chỳng tụi sử dụng để truy cập Ngõn hàng gen chứng minh hai chủng virus nghiờn cứu là virus dịch tả vịt.
Gen UL5 tƣơng đối ổn định trong tiến húa phõn loại và cú thể đƣợc sử dụng là một chỉ thị di truyền tin cậy cho phõn tớch phả hệ nguồn gốc; đồng thời UL5 chịu trỏch nhiệm cho việc thỏo xoắn chuỗi cũng nhƣ quỏ trỡnh sao chộp DNA và hoàn thiện chu kỳ sống của virus, bất cứ sự thay đổi nhỏ về cấu trỳc trong tiểu đơn vị UL5 cũng cú thể ảnh hƣởng đến hoạt động của virus (Pan và cs., 2008) nờn đƣợc chỳng tụi lựa chọn để phõn tớch, so sỏnh.
Gen UL32 là một gen quan trọng đối với hệ gen của virus, sự thay đổi nhỏ trong gen UL32 cú thể dẫn đến làm thay đổi tớnh độc lực của virus. Tuy nhiờn, theo cụng bố mới đõy nhất của Wu và cs, (2012), gen UL32 là một trong 24 gen của hệ gen virus dịch tả vịt cú tớnh bảo tồn cao, khụng cú bất cứ một thay đổi nào về trỡnh tự amino acid khi so sỏnh giữa cỏc chủng với nhau. Chớnh vỡ vậy việc so sỏnh phõn tớch gen UL32 của cỏc chủng virus dịch tả vịt Việt Nam là cần thiết để cung cấp thờm dữ liệu sinh học phõn tử cho việc nghiờn cứu virus dịch tả vịt trờn thế giới.
Danh sỏch cỏc chủng virus dịch tả vịt của Việt Nam và thế giới sử dụng trong nghiờn cứu đƣợc trỡnh bày ở Bảng 3.2.
Số húa bởi Trung tõm Học liệu – Đại học Thỏi Nguyờn http://www.lrc-tnu.edu.vn
Bảng 3.2. Danh sỏch cỏc chủng Dịch tả vịt của Việt Nam và thế giới sử dụng trong phõn tớch sosỏnh
TT Ký hiệu
chủng Số đăng ký NHG Nƣớc phõn lập Cỏc gen sử dụng cho phõn tớch
1 DTVCDKN Việt Nam UL5 UL32
2 DTVVXKN Việt Nam UL5 UL32
3 VAC EU082088 Trung Quốc UL5 UL32
4 2085 JF999965 Đức UL5 UL32
5 DEV JQ647509 Trung Quốc UL5 UL32
6 DEV NC013036 Trung Quốc UL5 UL32
7 DEV EF554398 Trung Quốc UL5
8 DEV EU195103 Trung Quốc UL5
9 DEV EF449516 Trung Quốc UL5
10 DEV EF203708 Trung Quốc UL32
11 DEV EF417996 Trung Quốc UL32
12 DEV EF643561 Trung Quốc UL32