Một là, nguồn nhân lực phục vụ thanh tra thuế vừa thiếu vừa yếu:
Để cơ chế tự khai tự nộp thuế được triển khai hiệu quả đòi hỏi lực lượng cán bộ thanh tra thuế phải đảm bảo về số lượng và chất lượng. Từ năm 2007, lực lượng cán bộ thanh tra thuế của ngành thuế đã được tăng cường song vẫn chưa đáp ứng được nhu cầu thanh tra thuế. Lực lượng thanh tra thuế quá mỏng dẫn đến tình trạng số doanh nghiệp được thanh tra hàng năm chiếm khoảng 1,7 – 2% tổng số doanh nghiệp.
Chất lượng cán bộ thanh tra chưa đáp ứng được yêu cầu đặt ra. Trình độ chuyên môn của một số cán bộ còn yếu, có những cán bộ không được đào tạo chuyên ngành tài chính, kế toán, thuế; kỹ năng tin học yếu, khả năng sử dụng, khai thác các phần mềm quản lý thuế kém, chưa biết ứng dụng tin học vào phân tích rủi ro hồ sơ khai thuế mà thực hiện thủ công. Bên cạnh đó, trình độ ngoại ngữ của đội ngũ cán bộ thanh tra thuế còn quá hạn chế. Khi thanh tra các đơn vị có yếu tố nước ngoài gặp nhiều khó khăn, lúng túng, không hiểu hết bản chất của nghiệp vụ kinh tế
phát sinh, không có khả năng làm việc trực tiếp với ban lãnh đạo người nước ngoài của doanh nghiệp mà phải thông qua phiên dịch viên dẫn đến những hiểu lầm không đáng có, hiệu quả công việc thấp.
Công tác đào tạo, đào tạo lại, bồi dưỡng và tập huấn nâng cao năng lực chuyên môn cho lực lượng thanh tra còn chậm, chưa có tính hệ thống (đào tạo cơ bản, đào tạo thực tiễn, đào tạo chuyên sâu và nâng cao), chưa có tính toàn diện (thiếu kiến thức bổ trợ quan trọng như: kế toán cơ bản và kế toán nâng cao, phân tích báo cáo tài chính, phân tích kinh tế ngành,...) và chuyên sâu (kỹ năng thanh tra, kiểm tra các chuyên ngành, lĩnh vực trong nền kinh tế), không theo kịp với sự thay đổi nhanh chóng của cơ chế chính sách; chưa xây dựng được một chương trình đào tạo chuẩn và chuyên sâu về thanh tra, hệ thống giáo trình đào tạo còn dựa trên các kiến thức cũ.
Ngành thuế chưa có chế độ khuyến khích hiệu quả để cán bộ thanh tra thuế tự học hỏi, nâng cao trình độ chuyên môn. Việc khuyến khích đối với cán bộ không chỉ là vấn đề lương, thưởng, bằng cấp, chứng chỉ mà còn là vấn đề tạo áp lực phải đạt đến một trình độ chuyên môn nhất định, tạo mọi điều kiện thuận lợi để học tập. Ngoài ra, chế độ đãi ngộ cán bộ chưa thoả đáng đã làm ảnh hưởng không nhỏ tới trình độ chuyên môn và phẩm chất nghề nghiệp của cán bộ thanh tra. Phong cách ứng xử của một số cán bộ thanh tra chưa văn minh, lịch sự, cách thức làm việc thiếu tính khoa học và chuyên nghiệp.
Công tác quy hoạch, bồi dưỡng, sử dụng cán bộ công chức còn nhiều bất cập, không theo kịp đòi hỏi của thực tiễn quản lý, chưa chú ý đến lực lượng cán bộ trẻ với nhiệt huyết và khả năng cống hiến, làm việc lâu dài trong ngành. Việc lựa chọn cán bộ vào bộ phận thanh tra vẫn mang nặng cảm tính.
Lề lối làm việc, ý thức rèn luyện, năng lực chuyên môn, năng lực chỉ đạo, điều hành, trách nhiệm và đạo đức nghề nghiệp của một bộ phận cán bộ thanh tra còn hạn chế.
Với thực trạng nguồn nhân lực như đã phân tích nêu trên, dẫn đến tình trạng hệ thống thanh tra còn lúng túng trong việc xây dựng quy chế, quy trình, phương
pháp mới và đưa công nghệ tin học vào vận hành hoạt động thanh tra toàn ngành theo cơ chế quản lý rủi ro.
Hai là, cơ sở vật chất kỹ thuật phục vụ thanh tra thuế chưa đáp ứng yêu cầu:
Cơ sở vật chất kỹ thuật phục vụ thanh tra thuế bao gồm: hệ thống cơ sở dữ liệu, trang thiết bị làm việc và phương tiện di chuyển phục vụ công việc.
Hệ thống cơ sở dữ liệu về người nộp thuế làm căn cứ cho việc phân tích, đánh giá việc chấp hành nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp còn sơ sài, phân tán, khó khai thác và chất lượng thông tin còn nhiều bất cập đã hạn chế việc áp dụng phương pháp quản lý rủi ro đối với công tác thanh tra thuế.
Điều này xuất phát từ thực tế trong suốt một thời gian dài toàn ngành Thuế chưa quan tâm đến việc thu thập và lưu trữ thông tin về người nộp thuế, chưa xây dựng được hệ thống các tiêu chí và nội dung cần thu thập thông tin về người nộp thuế. Ngoài ra, trong giai đoạn đó chưa áp dụng rộng rãi công nghệ thông tin nên việc lưu trữ thông tin thủ công gặp nhiều khó khăn. Do đó Cơ quan thuế không có đủ thông tin về người nộp thuế, gây ảnh hưởng không tốt tới việc lựa chọn đối tượng thanh tra cũng như hiệu quả công tác thanh tra thuế tại doanh nghiệp. Thông tin cơ bản về người nộp thuế như: số điện thoại liên lạc, địa chỉ nhận thông báo thuế, số tài khoản ngân hàng, tên kế toán trưởng, số lượng và địa chỉ các cửa hàng, chi nhánh trực thuộc... không được cập nhật đầy đủ, kịp thời trên hệ thống quản lý người nộp thuế TINC.
Theo quy trình, sau khi thanh tra tại cơ sở người nộp thuế, các kết luận thanh tra cũng như các quyết định xử lý vi phạm phải được cập nhật chi tiết trên hệ thống phần mềm. Tuy nhiên, nhiệm vụ này không được chú trọng, không có sự giám sát và đôn đốc thường xuyên. Báo cáo tài chính do người nộp thuế gửi hàng năm được nhập vào hệ thống quản lý không đầy đủ dẫn đến tình trạng không đủ thông tin, dữ liệu để sử dụng phần mềm phân tích rủi ro hồ sơ khai thuế một cách chính xác. Hàng loạt các báo cáo phải làm thủ công bằng tay, không tận dụng được công nghệ tin học.
Việc khai thác thông tin trên hệ thống Quản lý thuế rất bất cập, nhiều chương trình thường xuyên bị lỗi. Số lượng cán bộ phòng tin học còn ít, lại hạn chế về trình
độ chuyên môn nên khi máy tính của các phòng bị hỏng, thời gian chuyển phòng tin học sửa máy quá dài (thường phải 1 đến 2 tuần) gây ách tắc công việc, không đảm bảo chất lượng và hiệu quả.
Trang thiết bị phục vụ cán bộ thanh tra trong quá trình công tác còn thiếu.
Phần lớn cán bộ thanh tra thuế chỉ được trang bị máy tính tay và máy tính để bàn. Mỗi phòng thanh tra chỉ được cấp 4 đến 5 máy tính xách tay, không đảm bảo mỗi đoàn thanh tra được trang bị máy tính xách tay. Trong khi việc thanh tra tại trụ sở người nộp thuế đòi hỏi phải lưu trữ và xử lý tức thời lượng dữ liệu và tài liệu lớn. Đặc biệt, một số doanh nghiệp sử dụng phần mềm kế toán với hệ thống sổ sách và báo cáo kế toán có thể kết xuất ra file .xls, có thể tận dụng để phân tích số liệu nếu có máy tính xách tay. Tuy nhiên trên thực tế, phần lớn cán bộ phải ghi chép thủ công, việc tính toán và cập nhật số liệu rất mất thời gian, thiếu chính xác, ảnh hưởng trực tiếp đến hiệu quả thanh tra thuế.
Phương tiện di chuyển phục vụ thanh tra thuế tại cơ sở người nộp thuế còn thiếu.
Một số doanh nghiệp hoạt động sản xuất kinh doanh trên địa bàn rộng lớn. Công tác thanh tra tại cơ sở người nộp thuế đòi hỏi cán bộ thanh tra phải di chuyển những cung đường rất dài. Tuy nhiên, Thanh tra Tổng cục thuế và các Cục thuế chưa có điều kiện bố trí phương tiện đi lại cho đoàn thanh tra. Cán bộ thanh tra nếu không liên hệ được sự giúp đỡ từ phía doanh nghiệp sẽ phải tự túc phương tiện di chuyển mà hầu hết là xe máy. Với những doanh nghiệp xa thì điều này ảnh hưởng trực tiếp đến hiệu quả thanh tra do không đảm bảo về sức khoẻ của cán bộ. Mặt khác, công tác phí được thanh toán cố định hàng tháng cũng chỉ mang tính hình thức.
Ba là, hoạt động tuyên truyền, hỗ trợ người nộp thuế chưa hiệu quả:
Công tác tuyên truyền hỗ trợ người nộp thuế đã được chú trọng song hiệu quả chưa đạt được theo yêu cầu đề ra: vẫn còn tình trạng người nộp thuế chưa nắm được đầy đủ nội dung chính sách thuế và thủ tục hành chính thuế để tự giác thực hiện nghĩa vụ tự kê khai, tự nộp thuế theo quy định của pháp luật. Chưa chủ động tổ chức điều tra thường xuyên, liên tục để nắm bắt nhu cầu của người nộp thuế để trên cơ sở đó chủ động các biện pháp hỗ trợ.
Công tác tuyên truyền vẫn tập trung vào diện rộng mà chưa đi vào chiều sâu, chưa đi vào nghiên cứu nhu cầu của từng loại đối tượng, nội dung cần thiết đối với họ là gì để có sản phẩm cung ứng cụ thể, nội dung thiết thực, thật sự nâng cao nhận thức và hiểu biết của loại đối tượng đó. Hình thức tuyên truyền vẫn theo lối truyền thống, chưa đầu tư mạnh vào hình thức tuyên truyền qua Internet; chưa xác định được loại đối tượng cần tập trung hỗ trợ và nội dung cần hỗ trợ, chưa nắm bắt và phân loại được các vướng mắc, các sai sót thường xuyên của từng nhóm đối tượng về chính sách thuế, thủ tục hành chính thuế... để có hình thức hỗ trợ, nội dung hỗ trợ và sản phẩm hỗ trợ phù hợp và hiệu quả.
Để hỗ trợ tạo điều kiện cho người nộp thuế thực hiện nghĩa vụ thuế, Một số Cục thuế đã triển khai ba dự án lớn: nộp hồ sơ kê khai thuế qua mạng Internet (iHTKK), Hiện đại hoá thu NSNN và hệ thống Kiosk thông tin thuế. Tuy nhiên những dự án này vẫn chưa được đấy mạnh triển khai trên diện rộng, hệ thống Kiosk thông tin thuế còn rất sơ sài.
Bốn là, cơ chế quản lý thuế chưa hoàn thiện, hệ thống văn bản quy phạm pháp luật về thuế chưa đồng bộ:
Từ năm 2007, cơ chế quản lý thuế tự khai tự nộp được áp dụng, riêng Một số doanh nghiệp trên địa bàn Hà Nội, TP Hồ Chí Minh, Quảng Ninh đã được áp dụng thí điểm từ năm 2004. Khi đó phòng quản lý các doanh nghiệp tự kê khai, thực nộp thuế được phân thành 4 bộ phận: thanh tra thuế, xử lý dữ liệu. quản lý nợ và tuyên truyền hỗ trợ. Các bộ phận này cùng phối hợp để quản lý và hỗ trợ người nộp thuế. Bộ máy quản lý thuế được tổ chức tập trung theo các chức năng: tuyên truyền hỗ trợ người nộp thuế; xử lý tờ khai và kế toán thuế, thu nợ và cưỡng chế thuế, kiểm tra và thanh tra thuế. Tuy nhiên sự phối hợp giữa các phòng ban trong nội bộ Cơ quan Thuế còn kém. Chưa có sự kết hợp chặt chẽ giữa phòng quản lý doanh nghiệp tự kê khai, tự nộp thuế với phòng thanh tra trong công tác chuyên môn. Phòng kê khai kế toán thuế, phòng quản lý nợ và cưỡng chế thuế còn chưa hợp tác trong vấn đề về số liệu kê khai và chốt nợ đọng làm ảnh hưởng tiêu cực đến công tác thanh tra thuế. Doanh nghiệp khi có vấn đề phát sinh thường phải làm việc cùng lúc với nhiều
phòng, nhiều cán bộ để giải quyết một công việc. Ví dụ như: phòng kê khai nhập số liệu không chính xác hoặc không nhập kết luận thanh tra thuế dẫn đến tình trạng nợ sai thuế của doanh nghiệp. Phòng quản lý nợ và cưỡng chế thuế in thông báo nợ và gửi đến doanh nghiệp. Doanh nghiệp nhận được thông báo phát hiện số liệu sai đến gặp cán bộ quản lý nợ thì được hướng dẫn gặp cán bộ kiểm tra theo dõi doanh nghiệp ở phòng kiểm tra để xác định lại tính chất khoản nợ. Sau khi xác định được nguyên nhân lại đến phòng kê khai kế toán thuế để sửa lại số liệu. Sự phức tạp này làm mất thời gian, sức lực và hiệu quả công việc, gây bức xúc cho doanh nghiệp. Chưa kể khi thanh tra tại cơ sở người nộp thuế, cán bộ thanh tra phải lấy tài liệu từ phòng kiểm tra. Nếu phát hiện số liệu chưa chính xác lại làm việc với phòng kê khai kế toán thuế... làm giảm hiệu quả công việc, ảnh hưởng trực tiếp đến kết quả thanh tra.
Luật quản lý thuế ra đời và áp dụng từ ngày 1/7/2007 nhưng các văn bản hướng dẫn thi hành Luật, cũng như các quy trình nghiệp vụ ban hành rất chậm, chẳng hạn quy trình thanh tra đến năm 2009 mới được ban hành… gây không ít khó khăn, lúng túng trong tổ chức thực hiện.
Văn bản hướng dẫn quá nhiều, chồng chéo, không thống nhất, đôi khi một vấn đề xảy ra đối với 2 đơn vị khác nhau thì Cơ quan thuế lại trả lời theo 2 hướng khác nhau gây khó khăn cho cả cán bộ thuế, cán bộ thanh tra Thuế và gây bức xúc cho Người nộp thuế. Hệ thống chính sách thuế vẫn còn lồng ghép nhiều chính sách xã hội, còn nhiều mức miễn giảm thuế làm hạn chế tính trung lập, không đảm bảo công bằng giữa các đối tượng nộp thuế. Quá trình ban hành các văn bản quy phạm pháp luật về thuế chưa bao quát hết các đối tượng, tình huống chịu sự điều tiết của luật thuế. Ví dụ Thuế TNDN quy định ngoài việc ưu đãi theo thời gian còn được ưu đãi về thuế suất, điều kiện ưu đãi là ngành nghề được ưu đãi và địa bàn được ưu đãi, các quy định này quá nhiều và thay đổi theo từng thời kỳ khác nhau, dẫn đến việc khi thanh tra một đơn vị được ưu đãi đầu tư, cán bộ Thanh tra Thuế phải tra cứu lại các văn bản hướng dẫn ưu đãi đầu tư kể từ khi Doanh nghiệp mới thành lập cho đến thời điểm thanh tra, còn chưa nói đến việc có những nội dung mà các văn bản lại hướng dẫn khác nhau hoặc chưa rõ dẫn đến rủi ro cho cán bộ Thanh tra và gây ra
những hiểu lầm từ phía Doanh nghiệp.
Năm là, ý thức tuân thủ pháp luật về thuế của người nộp thuế chưa cao:
Tình trạng trốn thuế, gian lận về thuế, nợ đọng thuế còn diễn ra ở nhiều khoản thu, sắc thuế vừa làm thất thu cho NSNN, vừa không bảo đảm công bằng xã hội.
Trình độ dân trí càng cao, sự hiểu biết về pháp luật thuế càng cao thì khả năng trốn thuế cũng như các thủ đoạn trốn thuế, ẩn lậu thuế của người nộp thuế cũng ngày càng tinh vi hơn, phức tạp hơn.
Một số doanh nghiệp cố ý, tìm mọi thủ đoạn, dưới mọi hình thức gian lận các khoản tiền thuế phải nộp như kê khai khống để chiếm đoạt tiền hoàn thuế giá trị gia tăng từ NSNN, sử dụng hoá đơn bất hợp pháp, "chế biến" sổ sách kế toán.
Một số doanh thường xuyên thay đổi kế toán trưởng, một số doanh nghiệp nhỏ chỉ có kế toán viên. Thậm chí doanh nghiệp không tổ chức bộ máy kế toán mà thuê các công ty tư vấn làm dịch vụ kế toán, còn có trường hợp mỗi công ty tư vấn một sắc thuế riêng. Điều này khiến cho hệ thống sổ sách chứng từ kế toán lộn xộn, không thống nhất, đến khi làm việc với đoàn thanh tra thuế thì không có kế toán trưởng để giải trình, cung cấp số liệu hay kế toán mới không nắm được tài liệu của các kỳ kế toán cũ.
Sáu là, sự hợp tác giữa các cơ quan hữu quan và hợp tác quốc tế trong lĩnh vực thuế chưa chặt chẽ:
Sự phối kết hợp trong thực hiện pháp luật về thuế của các cơ quan chức năng và tổ chức có liên quan chưa chặt chẽ và còn nhiều khe hở. Một số cấp uỷ, chính quyền địa phương chưa có sự quan tâm đúng mức và chưa thực sự coi công tác thuế là nhiệm vụ của cơ quan mình. Các cơ quan chức năng, các tổ chức, cá nhân có liên quan như: cơ quan địa chính, xây dựng, giao thông, sở kế hoạch và đầu tư, công an, kiểm sát, ngân hàng, ban quản lý các khu công nghiệp trực thuộc các tỉnh, thành phố, các cơ quan thông tin đại chúng... từng nơi, từng lúc thiếu sự phối hợp chặt