2.3.2.1. Một số hạn chế
Một là, tổ chức bộ máy thanh tra thuế chưa tương xứng với khối lượng công việc và vai trò của công tác thanh tra thuế:
- Lực lượng cán bộ thanh tra thuế vẫn chiếm tỷ lệ thấp, chiếm khoảng 2,69% tổng số cán bộ công chức trong ngành; trong khi đó số lượng doanh nghiệp tăng quá nhanh - nếu năm 2005 cả nước có 112.950 doanh nghiệp, thì đến đầu năm 2010 khoảng 450.000 doanh nghiệp và dự kiến đến cuối năm 2010 khoảng 500.000 doanh nghiệp.
- Trình độ cán bộ thanh tra, kiểm tra thuế chỉ có 45 % cao đẳng, đại học, còn lại là trung học. Ở các Chi cục Thuế thì có tới 60 % là trung học. Ở tất cả các cấp cán bộ thuế còn yếu về kỹ năng và nghiệp vụ thanh tra và về khả năng sử dụng các thiết bị tin học; chưa đủ trình độ ngoại ngữ để thanh tra các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài. Thậm chí một số cán bộ thanh tra ở cơ sở còn chưa nắm vững các chính sách thuế, chưa thành thạo về kế toán doanh nghiệp, phân tích đánh giá tài chính doanh nghiệp để có điều kiện phát hiện các gian lận về thuế. Nghiêm trọng hơn là một số cán bộ thanh tra có biểu hiện vụ lợi, ý thức và trách nhiệm pháp luật thấp, lợi dụng công tác thanh tra để gây phiền hà, sách nhiễu người nộp thuế.
- Tính liên kết hệ thống của tổ chức thanh tra, kiểm tra toàn ngành (từ Tổng cục - Cục Thuế - Chi cục Thuế) chưa chặt chẽ. Vai trò của Thanh tra Tổng cục trong công tác chỉ đạo, hướng dẫn, hỗ trợ hoạt động thanh tra, kiểm tra toàn ngành còn hạn chế. Cơ cấu tổ chức trong nội bộ các đơn vị thanh tra, kiểm tra (Thanh tra Tổng cục và các phòng thanh tra, kiểm tra Cục Thuế) vẫn chưa hợp lý với nội dung và tính chất công việc của hoạt động thanh tra, kiểm tra thuế như: chưa có bộ phận chịu trách nhiệm về thu thập và xử lý thông tin, dữ liệu; bộ phận thẩm định biên bản của các đoàn thanh tra, kiểm tra; bộ phận rà soát lại tất cả hồ sơ của đoàn thanh tra, kiểm tra; bộ phận tổng kết, đúc rút phổ biến về kinh nghiệm, kiến nghị bổ sung sửa
đổi chính sách, quy trình, thủ tục; bộ phận theo dõi các doanh nghiệp thực hiện quyết định xử lý sau thanh tra, kiểm tra thuế;...
Hai là, các quy định về chính sách thuế thay đổi quá nhanh, quá nhiều. Việc sửa chính sách thuế và sửa thủ tục quản lý thuế không đồng bộ dẫn đến việc thực hiện không thống nhất gây khó khăn cho Cơ quan Thuế và gây phiền hà cho doanh nghiệp
Luật thuế thu nhập cá nhân được ban hành ngày 21/11/2007 có hiệu lực thi hành từ ngày 01/1/2009. Tiếp đó, thông tư 84/2008/TT-BTC ngày 30/09/2008 được ban hành để hướng dẫn thực hiện Luật thuế TNCN. Ngay sau đó, bộ tài chính lại tiếp tục ban hành thông tư 62/2009/TT-BTC ngày 27/03/2009 hướng dẫn sửa đổi, bổ sung thông tư 84/2008/TT-BTC. Sang năm 2010, Bộ tài chính lại ban hành thông tư 02/2010/TT-BTC ngày 11/01/2010 hướng dẫn bổ sung thông tư 84/2008/TT-BTC và ngày 05/02/2010 lại ban hành thông tư 20/2010/TT-BTC hướng dẫn sửa đổi, bổ sung một số thủ tục hành chính về thuế TNCN. Ngoài ra còn hàng loạt các thông tư, quyết định về giãn thuế, miễn thuế TNCN, các văn bản hướng dẫn việc quyết toán thuế TNCN với một số nội dung không thống nhất từ đầu đến cuối, khiến cho thuế TNCN đến nay vẫn còn nhiều vướng mắc, hạn chế.
Tương tự như vậy, thuế GTGT trong vòng 02 năm đã có 03 lần thay đổi: Thông tư 32/2007/TT-BTC của Bộ Tài chính được ban hành ngày 09/4/2007 để hướng dẫn thực hiện luật thuế GTGT, tiếp đó là Thông tư 30/2008/TT-BTC ngày 16/4/2008 về việc sửa đổi, bổ sung Thông tư số 32/2007/TT-BTC, sau đó Bộ Tài chính lại ban hành Thông tư 129/2008/TT-BTC ngày 16/12/2008 thay thế Thông tư 32/2007/TT-BTC và hàng loạt các Thông tư, quyết định về giảm thuế GTGT, trả lời chính sách về thuế GTGT với nhiều hình thức xử lý khác nhau, không thống nhất.
Về thuế TNDN, Thông tư 134/2007/TT-BTC được ban hành ngày 23/11/2007 để hướng dẫn thực hiện Luật thuế thu nhập doanh nghiệp, 2 năm sau, ngày 26/12/2008, Thông tư 130/2008/TT-BTC lại ra đời thay thế Thông tư 134/2007/TT-BTC và kèm theo đó là hàng loạt các chính sách về thuế, đặc biệt là chính sách ưu đãi, miễn giảm về thuế thay đổi khiến các doanh nghiệp lao đao và cả các cán bộ thanh tra thuế đôi khi còn xử lý không đúng trong quá trình thanh tra. Ngoài ra một loạt Thông tư, Quyết
định miễn thuế, giảm thuế, giãn nộp thuế ra đời làm chính sách thuế thu nhập doanh nghiệp ngày càng trở nên phức tạp.
Ba là, cơ chế cho hoạt động thanh tra theo quy định của luật quản lý thuế chưa được cụ thể hoá và thực hiện đầy đủ trong thực tiễn công tác thanh tra của ngành thuế, phương pháp và kỹ năng thanh tra còn chậm chuyển biến, hiệu quả thấp.
Nguyên tắc thanh tra, phương pháp lập kế hoạch thanh tra và lựa chọn doanh nghiệp để kiểm tra hồ sơ khai thuế tại cơ quan thuế, tiêu chí để phân tích, nhận dạng rủi ro về thuế, các biện pháp áp dụng trong thanh tra, quy trình thanh tra thuế, kiểm tra thuế, xử lý kết quả sau thanh tra, kiểm tra thuế,... chưa được cụ thể hoá đã làm hạn chế hiệu lực và hiệu quả của hoạt động thanh tra toàn ngành thuế.
Công tác thanh tra thuế hiện tại vẫn chủ yếu đi vào phân tích, đối chiếu, so sánh và truy lần trên sổ sách kế toán và hoá đơn chứng từ của doanh nghiệp mà chưa bao quát được tất cả các hoạt động kinh tế phát sinh của doanh nghiệp (đặc biệt là hoạt động liên kết), chưa theo kịp diễn biến và sự phát triển nhanh chóng của các loại hình doanh nghiệp, các lĩnh vực kinh doanh trong nền kinh tế. Do đó, hoạt động thanh tra, hiện tại vẫn thiếu trọng tâm, trọng điểm, thiếu chiều sâu, thiếu tính liên kết (Tổng cục - Cục Thuế - Chi cục Thuế) để tổ chức thanh tra trên phạm vi rộng, quy mô lớn (không thanh tra nhỏ lẻ từng doanh nghiệp mà có thể thanh tra một lúc nhiều doanh nghiệp cùng ngành nghề hoặc cùng liên kết trên phạm vi cả nước).
Kỹ năng thanh tra theo từng chuyên ngành (xây dựng cơ bản, dầu khí, điện lực, viễn thông, ngân hàng, bảo hiểm…) của lực lượng cán bộ công chức làm công tác thanh tra còn rất hạn chế.
Toàn ngành chưa chú trọng soạn thảo các tài liệu hướng dẫn nghiệp vụ thanh tra chuyên ngành, chậm triển khai đào tạo kỹ năng chuyên sâu về thanh tra theo từng chuyên ngành cho cán bộ làm công tác thanh tra ngành thuế.
Bốn là, chương trình ứng dụng tin học cho hoạt động thanh tra thuế chỉ ở mức sơ khai:
Theo dõi công tác thực hiện kế hoạch thanh tra, tra cứu thông tin về doanh nghiệp, phân tích, so sánh một số chỉ tiêu đơn giản,... chưa có chương trình tích hợp dữ liệu trên các ứng dụng cho công tác thanh tra các ứng dụng cho công tác lập kế hoạch thanh tra và lựa chọn doanh nghiệp kiểm tra hồ sơ khai thuế, chương trình phân tích rủi ro về thuế, chương trình kiểm tra hoá đơn chứng từ, chương trình kết nối và xử lý dữ liệu liên quan đến công tác thanh tra thuế với các ngành, đơn vị liên quan.
* Hạn chế, tồn tại chủ yếu của việc triển khai thực hiện chương trình cải cách và hiện đại hoá công tác thanh tra thuế giai đoạn 2005 – 2010 là:
Chưa đảm bảo được mục tiêu đã đề ra: “Thanh tra đúng đối tượng trên cơ sở lựa chọn đối tượng thanh tra chính xác theo phương pháp đánh giá rủi ro”. Kết quả triển khai thực hiện 14 giải pháp đã đề ra chỉ mới dừng lại ở cấp độ cơ bản, chưa đạt được tính toàn diện, chuyên sâu, chuyên ngành. Thậm chí một số giải pháp đề ra không được triển khai thực hiện như: Thanh tra đối tượng sử dụng giao dịch điện tử, kỹ năng sử dụng thông tin kinh tế ngành trong thanh tra, xây dựng phần mềm đánh giá rủi ro, xây dựng sổ tay nghiệp vụ thanh tra theo ngành,...