Bộ phận Kiểm tra nhận hồ sơ hoàn thuế do bộ phận Kê khai kế toán thuế chuyển đến thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo các công việc sau đây:
a) Thu thập thông tin, tài liệu và kiểm tra hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế tại cơ quan thuế và các đơn vị có liên quan, dự thảo Quyết định kiểm tra hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế (mẫu số 03/KTTT ban hành kèm theo Thông tư số 60/2007/TT-BTC), lập tờ trình kèm theo hồ sơ trình thủ trưởng cơ quan thuế duyệt ký gửi người nộp thuế.
Thời gian thực hiện chậm nhất không quá 05 ngày làm việc kể từ khi bộ phận Kiểm tra nhận được hồ sơ.
b) Thực hiện các công việc kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế theo quy định tại Quy trình kiểm tra thuế của Tổng cục Thuế.
Trường hợp người nộp thuế đến làm việc trực tiếp tại cơ quan thuế thì phải lập Biên bản làm việc (mẫu số 02/KTTT ban hành kèm theo Thông tư số 60/2007/TT-BTC) theo quy định.
c) Đề xuất giải quyết hoàn thuế:
- Căn cứ kết luận kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế, bao gồm: biên bản kiểm tra; quyết định xử lý kết quả kiểm tra và các tài liệu có liên quan (nếu có); kết quả đối chiếu nợ tiền thuế, tiền phạt của các loại thuế tại thời điểm hoàn thuế với bộ phận quản lý nợ làm căn cứ đề nghị bù trừ với số thuế được hoàn trong trường hợp còn nợ tiền thuế, tiền phạt, lập Phiếu đề nghị hoàn thuế (mẫu số 05/QTr-HT ban hành kèm theo Quy trình này).
- Căn cứ Phiếu đề nghị hoàn thuế:
+ Đối với trường hợp không được hoàn thuế thì dự thảo Thông báo hồ sơ không được hoàn thuế (mẫu số 06/QTr-HT ban hành kèm theo Quy trình này) trình thủ trưởng cơ quan thuế duyệt ký Thông báo gửi người nộp thuế.
+ Đối với trường hợp được hoàn thuế, lập tờ trình và dự thảo Quyết định hoàn thuế (mẫu số 04/HTBT ban hành kèm theo Thông tư số 60/2007/TT-BTC) kèm theo toàn bộ hồ sơ hoàn thuế gửi đến bộ phận Pháp chế để thẩm định trước khi trình thủ trưởng cơ quan thuế duyệt ký.
- Đối với hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế do Chi cục Thuế trực tiếp quản lý thu thuế: Sau khi có Phiếu đề nghị hoàn thuế, lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi Cục Thuế gồm: Hồ sơ của người nộp thuế, văn bản kiểm tra hồ sơ và đề nghị của Chi cục Thuế. Khi gửi hồ sơ, lãnh đạo Chi cục Thuế phải duyệt ký. Chi cục Thuế gửi Cục Thuế, đồng thời phải photocopy 01 (một) bộ hồ sơ của người nộp thuế lưu tại Chi cục Thuế để theo dõi kết quả giải quyết.
Thời gian thực hiện công việc nêu tại điểm 3.c nêu trên chậm nhất không quá 03 ngày làm việc kể từ ngày có kết luận kiểm tra thuế.
………..
Nhìn chung việc hoàn thuế trước kiểm tra sau đối với các doanh nghiệp đã hoàn thuế nhiều lần hay có đầy đủ thủ tục pháp lý về hồ sơ hoàn thuế. Còn đối với việc hoàn thuế sau kiểm tra trước đối với các doanh nghiệp hoàn thuế lần đầu hay vi phạm pháp luật về thuế nhiều lần.
Nhưng tại sao cán bộ thuế lại rất ngán ngại trong việc xử lý hoàn thuế cho các doanh nghiệp? Có thể do là:
- Trách nhiệm pháp lý nặng nề khi xử lý việc hoàn thuế.
- Thủ tục pháp lý phức tạp khi giải quyết thủ tục hoàn thuế: kiểm tra rất nhiều như kiểm tra chứng từ, hóa đơn, việc thanh toán qua ngân hàng, hợp đồng, chữ ký, con dấu,…của doanh nghiệp.
- Do kiêm nhiệm nhiều chức năng:vừa phải làm công việc hàng ngày vừa phải xử lý thêm việc hoàn thuế đôi khi làm không xuể.
...
Một việc cần lưu ý nữa khi xử lý việc hoàn thuế là cần phải xác minh hóa đơn thật kỹ lưỡng để phát hiện những hóa đơn khống, hóa đơn bất hợp pháp.Đó là một bước quan trọng trong công tác kiểm tra thuế. Vì thế muốn công tác kiểm tra tốt thì việc xác minh phải nhanh chóng và kịp thời.Và công tác xác minh hóa đơn ở Chi cục thuế từ 2006-2008 được thực hiện như sau:
Trong năm 2006 Chi cục thuế quận 5 đã gởi đi 24.234 phiếu yêu cầu xác minh hóa đơn với số hóa đơn tương ứng là 104.230 hóa đơn và đã được các đơn vị bạn trả lời 11.568 phiếu đạt tỉ lệ 48% với số hóa đơn tương ứng được trả lời là 43.259 hóa đơn, ngoài ra Chi cục cũng nhận được 16.290 phiếu yêu cầu xác minh hóa đơn tương ứng là 42.941 hóa đơn, đã trả lời 15.282 phiếu đạt tỷ lệ 93% với hóa đơn tương ứng là 39.758 hóa đơn.
Trong năm 2007 Chi cục thuế quận 5 đã gởi đi 9.718 phiếu yêu cầu xác minh hóa đơn với số hóa đơn tương ứng là 27.306 hóa đơn và đã được các đơn vị bạn trả lời 5.037 phiếu đạt tỉ lệ 51,83 % với số hóa đơn tương ứng được trả lời là 18.612 hóa đơn, ngoài ra Chi cục cũng nhận được 9.886 phiếu yêu cầu xác minh hóa đơn tương ứng là 27.561 hóa đơn, đã trả lời 5.125 phiếu đạt tỷ lệ 51,84 % với hóa đơn tương ứng là 11.871 hóa đơn.
Trong năm 2008 Chi cục thuế Quận 5 đã gởi đi 9.072 phiếu yêu cầu xác minh hóa đơn tương ứng là 36.291 hóa đơn và đã được các đơn vị trả lời 3.953 phiếu tương ứng 13.870 hóa đơn. Ngoài ra Chi cục thuế cũng nhận được 8.187 phiếu yều cầu xác minh tương ứng 21.020 hóa đơn, đã trả lời 5.125 phiếu tương ứng 10.139 hóa đơn.
Nhìn chung công tác xác minh hóa đơn vẫn chưa thực hiện tốt do vẫn chưa xác minh đầy đủ và kịp thời. Hiện nay, việc xác minh hóa đơn vẫn còn thủ công, chưa có phần mềm kết nối mạng giữa các chi cục thuế với nhau. Điều đó làm tốn thời gian, tiền bạc và công sức của cán bộ và ngân sách nhà nước. Hi vọng trong tương lai công nghệ thông tin của chúng ta sẽ có một sự chuyển biến rõ rệt có thể giúp ích trong việc xác minh hóa đơn một cách nhanh chóng và hiệu quả.