Thứ nhất, nâng cao công tác kiểm tra, quản lý hồ sơ.
Cán bộ thuế kiểm tra kỹ lưỡng hồ sơ hoàn thuế của các doanh nghiệp có đơn xin hoàn thuế bao gồm: doanh thu, thuế suất, mã số thuế của hóa đơn đầu vào, số thuế GTGT đầu vào để từ đó kiểm tra ngược lại đơn vị bán xem hóa đơn có ghi đúng không, có ghi tăng số thuế đầu vào không, sau khi kiểm tra hồ sơ cán bộ thuế cần xuống tận cơ sở doanh nghiệp kiểm tra tình hình kinh doanh thực tế để xác thực từ đó xác định xem các đơn vị có gian lận thuế hay không.
Tăng cường tập trung kiểm tra hồ sơ hoàn thuế ở một số đơn vị như những doanh nghiệp báo cáo kết quả kinh doanh lỗ, số lỗ vượt quá vốn điều lệ đăng ký nhưng vẫn đầu tư mở rộng kinh doanh trong nhiều lĩnh vực, kiểm tra số đơn vị có hoạt động kinh doanh xuất khẩu thương mại thuần túy với số thuế hoàn lớn.
Thứ hai, nâng cao chất lượng công tác hoàn thuế, rút ngắn thời gian hoàn
thuế tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp.
Xây dựng, nâng cấp chương trình ứng dụng tin học về tình hình của người nộp thuế phục vụ giải quyết hồ sơ, báo cáo hoàn thuế.
Bồi dưỡng nghiệp vụ, nâng cao năng lực trình độ cho đội ngũ cán bộ thuế từ đó phát hiện kịp thời các sai phạm, giải quyết nhanh chóng các hồ sơ hoàn thuế, rút ngắn thời gian chờ đợi cho các doanh nghiệp.
Đề xuất nghiên cứu sửa đổi quy định việc hoàn thuế theo tháng đối với những cơ sở xuất khẩu có quy mô vừa và nhỏ có số thuế đầu vào của hàng hóa xuất khẩu phát sinh trong tháng chưa được khấu trừ nhỏ hơn 200 triệu đồng. Bởi thực tế, các cơ sở xuất khẩu trên địa bàn huyện hầu hết là các doanh nghiệp vừa và nhỏ, số vốn ít, nếu thực hiện theo quy định hiện hành thì số thuế bị lưu lại khá lâu gây rất nhiều khó khăn cho hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp.