Theo lý luận chung về áp dụng pháp luật thì đây là giai đoạn phân tích đánh giá các tình tiết khách quan, hoàn cảnh, điều kiện của vụ việc được xem xét.
BLTTHS năm 2003 không qui định cụ thể việc thụ lý hồ sơ vụ án hình sự. Tuy nhiên, thực tế hoạt động tố tụng bao giờ cũng diễn ra việc Toà án tiếp nhận hồ sơ kèm theo văn bản truy tố của Viện kiểm sát chuyển đến. Việc tiếp nhận hồ sơ, ghi vào sổ theo dõi thụ lý vụ án là những hành vi tố tụng ban đầu có ý nghĩa quan trọng cho công tác chuẩn bị xét xử của Toà án. Vì vậy, mặc dù luật không qui định nhưng việc tiếp nhận hồ sơ, vào sổ thụ lý của Toà án được liên ngành tư pháp Trung ương, TAND tối cao qui định và hướng dẫn như một trình tự thủ tục bắt buộc tại Nghị quyết số 04/2004/NQ-HĐTP ngày 05/11/2004 của Hội đồng thẩm phán TAND Tối cao.
Theo qui định tại Điều 39 và điều 176 BLTTHS, sau khi nhận hồ sơ vụ án, Thẩm phán được phân công chủ toạ phiên toà có nhiệm vụ nghiên cứu hồ sơ để tìm ra các lý lẽ, chứng cứ buộc tội và gỡ tội để phán quyết khách quan, chính xác, giải quyết các khiếu nại, yêu cầu của người tham gia tố tụng và tiến hành các việc cần thiết khác cho việc mở phiên toà. Theo qui định tại Điều 40 BLTTHS Hội thẩm được phân công xét xử vụ án hình sự có nhiệm vụ, quyền hạn nghiên cứu hồ sơ vụ án trước khi mở phiên toà. Việc nghiên cứu hồ sơ phải đáp ứng các yêu cầu cơ bản là: Toàn diện, đầy đủ, theo trình tự hợp lý. Qua đó tổng hợp tài liệu, chứng cứ xác định tính hợp pháp hay không của quá trình điều tra thu thập chứng cứ trước đó, việc áp dụng các qui định về thủ tục tố tụng có đảm bảo hay không, tìm ra được các chứng cứ chứng minh tội phạm đã được thực hiện trên thực tế, những vấn đề còn có mâu thuẫn được xem xét tại phiên toà. Trên cơ sở đó định hình những khả năng diễn biến của phiên toà và các phương án xác định sự thật khách quan của vụ án.
Trong quá trình nghiên cứu hồ sơ vụ án, thẩm phán và Hội thẩm phải
xem xét đánh giá chứng cứ đã thu thập trong hồ sơ vụ án. Đây là hoạt động tư duy pháp lý do đó đòi hỏi Thẩm phán, Hội thẩm phải có kiến thức pháp luật và hiểu biết thực tế sâu sắc, toàn diện, có khả năng tổng hợp và khái quát toàn bộ diễn biến của vụ án, có những kế sách và dự kiến tình huống theo diễn biến của phiên toà. Trên cơ sở đánh giá chứng cứ qua hoạt động nghiên cứu hồ sơ, Thẩm phán, Hội thẩm phát hiện những vấn đề còn mâu thuẫn hoặc còn thiếu chứng cứ để cân nhắc giữa việc đưa vụ án ra xét xử với việc trả hồ sơ để điều tra bổ sung. Nếu qua đánh giá chứng cứ xác định chưa đủ điều kiện đưa vụ án ra xét xử thì căn cứ vào điều 179 BLTTHS để quyết định trả hồ sơ để điều tra bổ sung. Nếu qua đánh giá chứng cứ xác định đủ điều kiện đưa vụ án ra xét xử thì Thẩm phán, Hội thẩm phải dự kiến và lập phương án thẩm vấn tại phiên toà.
Việc đánh giá chứng cứ của HĐXX không chỉ diễn ra trong quá trình nghiên cứu hồ sơ chuẩn bị cho hoạt động xét xử sơ thẩm mà còn diễn ra trong hoạt động xét xử tại phiên toà. Đặc biệt theo yêu cầu của cải cách tư pháp đang đặt ra hiện nay thì việc phán quyết của toà án phải căn cứ chủ yếu vào kết quả tranh tụng tại phiên toà. Việc đánh giá chứng cứ của HĐXX tại phiên toà được thực hiện thông qua việc xét hỏi đối với bị cáo và những người tham gia tố tụng (trừ người bào chữa) đồng thời thông qua quá trình phân tích, đánh giá các quan điểm, chứng cứ do các bên tham gia để có những kết luận chính xác, khách quan.
Trong các bước của quá trình giải quyết vụ án, xét hỏi tại phiên toà là bước quan trọng để HĐXX đánh giá chứng cứ một cách toàn diện, khách quan. Đây được xem là cuộc điều tra công khai, trong đó HĐXX không chỉ hỏi bị cáo và những người tham gia tố tụng mà còn công bố tài liệu, lời khai, chứng cứ và những nội dung liên quan tới vụ án. Thông qua đó, HĐXX kiểm tra tính khách quan, chính xác của các chứng cứ trong vụ án. Đối với những phiên toà xét xử NCTN phạm tội, trong khi xét hỏi ngoài việc tuân thủ những
yêu cầu chung trên đây để làm rõ hành vi phạm tội, hậu quả do tội phạm gây ra còn phải chú trọng xác định rõ độ tuổi, trình độ phát triển về thể chất và tinh thần, mức độ nhận thức về hành vi phạm tội, điều kiện sinh hoạt, môi trường giáo dục, nguyên nhân và điều kiện phạm tội…
Tại phiên toà, cùng với hoạt động xét hỏi, HĐXX còn đánh giá chứng cứ thông qua việc xem xét vật chứng, xem xét thực địa nơi vụ án diễn ra hoặc địa điểm khác có liên quan, công bố lời khai của bị cáo và những người liên quan, công bố tài liệu, nhận xét báo cáo của các cơ quan tổ chức thu thập được một cách công khai trước phiên toà. Ở mỗi vụ án khác nhau thì việc công khai nguồn chứng cứ nào là phù hợp, có ý nghĩa bổ sung cho việc xem xét giải quyết đúng đắn vụ án của HĐXX.
Pháp luật TTHS qui định, đối với các phiên toà xét xử mà bị cáo là NCTN phạm tội có khác với phiên toà thông thường. Để việc xét xử diễn ra khách quan, đúng người, đúng tội, đúng pháp luật phải có đại diện gia đình bị cáo, đại diện của nhà trường, tổ chức Đoàn thanh niên… Đây là những đại diện nắm bắt tâm tư và có khả năng hiểu biết tâm lý lứa tuổi này. Theo qui định tại Điều 207 BLTTHS năm 2003 thì những người này khi tham gia phiên toà có quyền đề nghị với chủ toạ phiên toà hỏi thêm về những tình tiết cần làm sáng tỏ để bảo vệ NCTN. Những ý kiến đó cần được HĐXX hết sức quan tâm để xác định rõ những vấn đề thuộc về tâm lý lứa tuổi, trình độ nhận thức và điều kiện sinh sống, giáo dục của bị cáo là NCTN. Khi mà trình độ hiểu biết và khả năng nhận thức của bị cáo là NCTN còn hạn chế thì vai trò tham gia tố tụng và hoạt động tranh luận của những người này là sự đảm bảo quan trọng cho việc bảo vệ quyền lợi chính đáng của NCTN phạm tội; đồng thời nó thể hiện tính dân chủ khách quan trong đánh giá chứng cứ đối với các vụ án có NCTN phạm tội.
Bên cạnh đó, đối với các phiên toà sơ thẩm xét xử NCTN phạm tội, pháp luật tố tụng đã chú trọng ghi nhận quyền tranh luận của bị cáo thông qua
qui định thực hiện quyền bào chữa cho NCTN phạm tội qui định tại các Điều 57, Điều 58 và Điều 305 BLTTHS. Quyền tham gia tranh luận của đại diện gia đình, nhà trường, tổ chức tham gia phiên toà để bảo vệ quyền lợi cho bị cáo là NCTN phạm tội (Điều 306 BLTTHS).
Tuy nhiên nếu chỉ thông qua xét hỏi tại phiên toà để đánh giá chứng cứ và đi đến quyết định ADPL thì sẽ khó tránh khỏi chủ quan, phiến diện và thiếu dân chủ. Vì lẽ đó, BLTTHS năm 2003 đã qui định rõ hơn việc tranh luận tại phiên toà. Tranh luận là sự đối đáp của các bên tham gia tại phiên toà, thể hiện ý kiến, quan điểm của mình về các chứng cứ, tài liệu trong hồ sơ cũng như lý lẽ của bên buộc tội; lý lẽ gỡ tội của bên bị cáo. Theo qui định về tranh luận trong BLTTHS hiện hành thì những người tham gia tố tụng có quyền tranh luận với nhau và với Kiểm sát viên giữ quyền công tố để chứng minh và bảo vệ quyền lợi của mỗi người. Đồng thời Kiểm sát viên cũng có nghĩa vụ phải đáp lại những ý kiến có liên quan tới vụ án do những người tham gia tố tụng đưa ra. Tất cả những hoạt động tranh luận tại phiên toà trên phải tuân theo sự điều khiển của chủ toạ phiên toà và HĐXX, trên cơ sở tôn trọng các bên tham gia tranh luận. Có thể hiểu, HĐXX là trung tâm tiếp thu thông tin nhiều chiều, có sự chắt lọc khách quan để đánh giá một cách đầy đủ, chính xác về chứng cứ được đưa ra tại phiên toà, đây là cơ sở để HĐXX đưa ra một quyết định ADPL đúng đắn.
Tóm lại, đây là giai đoạn đầu của quá trình áp dụng pháp luật của Toà án trong xét xử sơ thẩm đối với NCTN phạm tội, nhưng đây là hoạt động chủ yếu chiếm phần lớn thời gian trong giai đoạn xét xử sơ thẩm và có ý nghĩa quan trọng cho việc đạt tới mục đích ra văn bản áp dụng pháp luật của Toà án.