Trong lĩnh vực quân sự quốc phòng cũng như trong vấn đề tranh chấp Biển Đông, quan hệ giữa hai nước cũng có sự thay đổi.
Năm 2002, Trung Quốc ký Tuyên bố về các Quy tắc ứng xử giữa các bên ở Biển Đông với ASEAN (DOC), trong đó Philippines là thành viên trụ cột.
Năm 2003, Trung Quốc ký Hiệp ước Hữu nghị và Hợp tác ở Đông Nam Á, trong đó kêu gọi sự hợp tác chính trị và kinh tế lớn hơn trong khu vực và ngăn cấm quay lại vũ lực quân sự.
Tháng 11 năm 2004, Bộ trưởng Quốc phòng Philippines Avelino Cruz và người đồng cấp Trung Quốc Tào Cương Xuyên đồng ý thiết lập một cơ chế cho các cuộc thảo luận về quốc phòng thường niên giữa hai bên, hai nước ký một Biên bản Ghi nhớ về Hợp tác Quốc phòng, đồng ý đàm phán quốc phòng hàng năm và huấn luyện quân sự chung. Cùng năm đó, Trung Quốc đã tặng thiết bị quân sự cho Quân đội Philippines trị giá 6 triệu USD.
Tháng 4 năm 2006, Chủ tịch Thượng viện Philippines là Franklin Drilon tới thăm Trung Quốc và gặp gỡ Chủ tịch Ủy ban Thường vụ Quốc hội Trung Quốc Ngô Bang Quốc và Giả Khánh Lâm, Chủ tịch Hội nghị hiệp thương chính trị nhân dân Trung Quốc. Hai bên nhận xét rằng, mối quan hệ giữa hai nước đang ở trong “thời kì vàng son” và cam kết thúc đẩy hợp tác chiến lược song phương.
Để tăng cường mối quan hệ song phương, tháng 6/2006, Phó Tổng thống Philippines Noli de Castro đã tới thăm Trung Quốc. Tháng 10/2006, Thứ trưởng Bộ Quốc phòng Antonio Santos thăm Trung Quốc và có cuộc gặp với Bộ trưởng Quốc phòng Trung Quốc Tào Cương Xuyên và đồng ý thúc đẩy mối quan hệ chiến lược gần gũi hơn, bao gồm việc trao đổi chặt chẽ hơn giữa quân đội hai bên. Tháng 6/2007, Tổng thống Arroyo tiến hành chuyến thăm hai ngày tới Thành phố Thành Đô và Trung Khánh tại miền tây nam Trung Quốc, nhằm tăng cường quan hệ về thương mại và du lịch giữa hai bên và khuyến khích nhiều đầu tư Trung Quốc vào Philippines.Tháng 10/2007, Tổng thống Arroyo tới thăm Trung Quốc và gặp gỡ với Chủ tịch Trung Quốc Hồ Cẩm Đào tại Thượng Hải.
Trung Quốc - Philippines cam kết thúc đẩy quan hệ song phương theo hướng ổn định và cùng có lợi. Ngày 8/7/2011, Trung Quốc và Philippines đã nhất trí sẽ không để những tranh chấp trên biển gần đây ảnh hưởng tới quan hệ hợp tác và hữu nghị giữa hai nước. Đây là kết quả đạt được sau cuộc gặp
kéo dài 3 giờ đồng hồ giữa Ngoại trưởng Trung Quốc Dương Khiết Trì và người Đồng cấp Philippines Albert del Rosario đang ở thăm Bắc Kinh. Tân Hoa Xã dẫn một nguồn tin sau cuộc gặp cho biết, hai bên cam kết sẽ cùng nỗ lực giữ gìn hòa bình và ổn định ở Biển Đông phù hợp với Tuyên bố về ứng xử của các bên tại Biển Đông (DOC) đã được Trung Quốc và Hiệp hội các quốc gia Đông Nam Á (ASEAN) ký kết. Ngoài ra hai bên cùng trao đổi hàng loạt vấn đề, trong đó có thương mại, đầu tư, văn hóa, du lịch, hợp tác quốc phòng, phối hợp chống tội phạm xuyên quốc gia cũng như những căng thẳng gần đây trên Biển Đông.
Phát biểu tại cuộc gặp, Ngoại trưởng Trung Quốc Dương Khiết Trì khẳng định, Trung Quốc dành sự quan tâm lớn cho việc phát triển quan hệ với Philippines, sẵn sàng cùng Philippines duy trì các chuyến thăm cấp cao của lãnh đạo hai nước và thúc đẩy hơn nữa quan hệ hợp tác thiết thực nhằm tăng cường quan hệ hữu nghị theo hướng ổn định và có lợi. Theo ông Dương Khiết Trì, là hai quốc gia đang phát triển ở châu Á, Trung Quốc và Philippines có chung lợi ích trong nhiều vấn đề và phải có trách nhiệm thúc đẩy phát triển kinh tế, đảm bảo cuộc sống tốt hơn cho người dân. Đáp lại, Ngoại trưởng Rosario khẳng định Philippines sẵn sàng hợp tác với Trung Quốc nhằm cải thiện quan hệ song phương trên cơ sở tin tưởng lẫn nhau. Chiều cùng ngày, ông Rosario cũng đã có cuộc gặp với Phó Chủ tịch nước Trung Quốc Tập Cận Bình.Phó Chủ tịch Trung Quốc đã đánh giá cao kết quả cuộc gặp giữa ngoại trưởng hai nước, đồng thời khẳng định Trung Quốc đánh giá cao quan hệ hữu nghị và hợp tác với Philippines. Trung Quốc cam kết tiếp tục là láng giềng tốt của Philippines [49].
Vấn đề tranh chấp lãnh hải trong quan hệ Trung Quốc - Philippines Biển Đông là biển cửa kính, rộng khoảng 3,4 triệu km2, được bao bọc bởi 9 nước và vùng lãnh thổ (Việt Nam, Trung Quốc, Philippines, Malaysia,
Indonesia, Thái Lan, Campuchia, Singapore và Đài Loan) có vị trí vô cùng quan trọng đối với kinh tế, chính trị và an ninh của khu vực và thế giới. Đây là tuyến đường biển quan trọng vận chuyển hàng hóa phục vụ phát triển kinh tế, là vùng biển chứa nguồn tài nguyên phong phú, trong đó quan trọng nhất là dầu khí và hải sản.Vai trò này của Biển Đông càng được nhấn mạnh trong bối cảnh Trung Quốc đã trở thành nước tiêu thụ và nhập dầu mỏ đứng thứ hai thế giới. Tuy nhiên, thái độ và hành động của Trung Quốc ở Biển Đông thời gian qua cho thấy Bắc Kinh nhìn nhận vai trò của Biển Đông chủ yếu ở góc độ địa - chính trị và địa - chiến lược. Theo đó, Biển Đông là không gian lợi ích sống còn, là cửa ngõ tiến xuống khu vực Đông Nam Á và vươn xa hơn là trở thành “cường quốc biển” của Trung Quốc. Kiểm soát được Biển Đông, Trung Quốc sẽ khống chế được Nhật Bản, Hàn Quốc và tác động trực tiếp đến quan hệ chiến lược Mỹ - Nhật Bản - Hàn Quốc. Đối với các nước Đông Nam Á, kiểm soát đường vùng biển này sẽ giúp Trung Quốc tăng cường và mở rộng tầm ảnh hưởng trên nhiều lĩnh vực đối với các nước ASEAN. Báo cáo của Đại hội Đảng Trung Quốc đã chỉ rõ: “Nâng cao năng lực khai thác tài nguyên biển, kiên quyết bảo vệ quyền và lợi ích biển của quốc gia, xây dựng cường quốc biển”. Trong bối cảnh Trung Quốc lần đầu tiên đưa ra chiến lược
“khai thác biển”, xác định biển là lối thoát trên con đường sinh tồn, trỗi dậy và phát triển trong thế kỷ XXI, trong đó coi trọng mở rộng ảnh hưởng ở Biển Đông là tiến tới độc chiếm toàn bộ Biển Đông[25].
Sau Chiến tranh lạnh, bối cảnh thế giới, khu vực có nhiều thay đổi, quan hệ giữa Trung Quốc - ASEAN được cải thiện. Các nước lớn ngoài khu vực như Mỹ, Nhật Bản và Ấn Độ bắt đầu có mặt tham dự về các vấn đề Biển Đông (Mỹ ký với Philippines thỏa thuận bảo vệ Philippines, Mỹ và Nhật đưa Biển Đông vào phạm vi can thiệp quân sự, Ấn Độ tuyên bố Biển Đông thuộc phạm vi lợi ích của Ấn Độ…) và Công ước Luật biển Liên Hợp Quốc có hiệu
lực. Vì vậy, Trung Quốc không thể tiếp tục sử dụng biện pháp vũ lực như trước đây mà điều chỉnh chính sách Biển Đông.Một mặt, tiếp tục khẳng định chủ quyền đối với toàn bộ Biển Đông và thực hiện chính sách gặm nhấm như lấn chiếm các đảo, củng cố và xây dựng căn cứ trên các đảo và bãi san hô chiếm được. Mặt khác, Trung Quốc áp dụng biện pháp mềm dẻo, linh hoạt hơn khi đưa ra phương châm “gác tranh chấp, cùng khai thác”, đồng thời Trung Quốc vẫn duy trì sự có mặt ở Biển Đông để từng bước thực hiện chính sách “gặm nhấm” của mình.
Đầu thế kỷ XXI, Trung Quốc vẫn tiếp tục thực hiện chính sách hai mặt và thực dụng trên đối với vấn đề Biển Đông. Tuy nhiên, điểm mới là Trung Quốc cố gắng hạn chế tối thiểu sử dụng vũ lực ở Biển Đông và khẳng định chủ quyền của mình qua nâng cấp các thiết bị liên lạc và cơ sở hạ tầng tại các đảo chiếm đóng, triển khai nhiều tàu chiến, các cuộc tập trận quy mô lớn ở khu vực này và đẩy mạnh hoạt động lập pháp như Quốc hội Trung Quốc tại kì họp thứ 5, khóa 9 (tháng 3/2002) đã đề xuất 14 điểm nhằm khẳng định yêu sách của Trung Quốc ở Biển Đông và tăng cường lĩnh vực ở Trung Quốc.
Năm 2002, Quốc Vụ viện Trung Quốc công bố “Quy hoạch vùng biển toàn quốc” gồm 5 phần lớn, trong đó đã quy hoạch phân vùng chức năng kinh tế - xã hội - quốc phòng, đề cập tới toàn bộ khu vực quần đảo Hoàng Sa, Trường Sa và Biển Đông. Năm 2003, Trung Quốc chọn Philippines là nước đầu tiên để lôi kéo do Philippines có nền kinh tế kém phát triển và phụ thuộc nặng nề vào nhập khẩu nên dễ bị thỏa hiệp nhất trước những lời cam kết viện trợ kinh tế để đổi lấy việc chấp nhận tham gia “cùng khai thác” với Trung Quốc.
Tranh chấp Biển Đông đang là vấn đề thời sự của khu vực liên quan đến chủ quyền an ninh quốc gia của nhiều nước trong đó có Trung Quốc và Philippines.
Trong giai đoạn 1995 - 1999, Trung Quốc và Philippines đã có sự tranh chấp về dải đá ngầm Vành Khăn. Cuộc tranh chấp này bắt nguồn từ những biến đổi trong môi trường chiến lược ở khu vực cũng như những vận động mới trong chính trị nội bộ ở các quốc gia liên quan. Tranh chấp Vành Khăn nằm trong tính toán chính sách “tằm ăn rỗi”, từng bước thiết lập quyền sở hữu đối với Biển Đông của Trung Quốc. Việc Trung Quốc chiếm giữ Vành Khăn (1995 - 1999) là một hành động có chủ ý, nằm trong chính sách “âm thầm chiếm hữu và khẳng định chủ quyền” tại Biển Đông.
Trong quan điểm của Manila, việc Trung Quốc chiếm đảo Vành Khăn năm 1995 là dấu hiệu về việc gia tăng thống trị của Trung Quốc tại khu vực tranh chấp. Cựu Bộ trưởng Quốc phòng Philippines Orlando S. Mercado thậm chí mô tả việc Trung Quốc chiếm đảo Vành Khăn là dấu hiệu mạnh mẽ cho thấy về “sự chiếm đóng dần” của Trung Quốc và việc áp dụng chính sách
“đàm phán và chiếm” tại Biển Đông.
Nhìn tổng thể, Philippines là nước bị động và yếu thế hơn trong việc tranh chấp giải đá ngầm Vành Khăn. Trước sự kiện này các nhà lãnh đạo Philippines nhìn nhận Trung Quốc theo hướng tích cực dựa trên quan hệ kinh tế ngày càng phát triển dựa hai nước. Do đó, sự kiện Vành Khăn là một cú sốc đối với các nhà lãnh đạo và nhân dân Philippines về lòng tin của họ giành cho Bắc Kinh. Nó nói lên sự cảnh tỉnh đối với Philippines trong quan hệ với Trung Quốc.
Sang những năm đầu của thế kỷ XXI, Trung Quốc tiếp tục có những hành động tuyên bố chủ quyền ở Biển Đông, tiếp tục gây ra những cuộc tranh chấp về lãnh hải đối với một nước ở khu vực Đông Nam Á, trong đó có Philippines. Đầu những năm 2000 - 2001, đã xảy ra một vài va chạm giữa Philippines và Trung Quốc xung quanh bãi cạn Scarborough (Hoàng Nham).
Ngày 10/7/2004, Philippines yêu cầu Trung Quốc “ngừng” mọi hành động khiêu khích tại khu vực lãnh hải đang tranh chấp giữa hai nước sau khi có tin Công ty dầu lửa hàng đầu Trung Quốc PetroChina đang ngang nhiên khai thác dầu lửa và khí đốt ở gần khu vực này. Phát ngôn viên Tổng thống Philippines Ignacio Bunye tuyên bố: “Chúng tôi kêu gọi sự minh bạch trong các vấn đề này, đồng thời yêu cầu ngừng mọi hành động có thể đi ngược lại xu hướng hòa bình và các giải pháp ngoại giao đối với mọi tranh chấp”[34].
Ngày 5/9/2004, Tờ “Bưu điện Hoa Nam buổi sáng” cho rằng, hậu qủa tranh chấp chủ quyền vùng biển tranh chấp làm cho các ngư dân bị nhà chức trách trong khu vực có liên quan bắt giam. Họ không biết rằng mình đã vi phạm vùng lãnh hải của nước khác cho dù hai bên có thỏa thuận “gác lại tranh chấp, cùng nhau khai thác” như Trung Quốc và Philippines đã ký kết vừa qua ở Bắc Kinh.
Kể từ tháng 4/2012, tranh chấp giữa hai nước nóng lên, gây mối quan ngại về xung đột vũ trang lớn nhất trong hai thập kỷ qua.Trung Quốc đang đẩy mạnh việc thực hiện mưu đồ “đường lưỡi bò” một cách phi pháp và bất chấp luật pháp quốc tế. Trước tình hình đó, Philippines đã tuyên bố mạnh mẽ về việc Trung Quốc vi phạm quyền chủ quyền và quyền tài phán của Philippines theo Công ước của Liên hợp quốc về Luật Biển năm 1982.
- Về diễn biến xung đột:
Ngày 8/4/2012, máy bay do thám của Hải quân Philippines phát hiện 8 tàu đánh cá của Trung Quốc đánh bắt cá ở khu vực bãi cạn Scarborough thuộc vùng nước tranh chấp trên Biển Đông, cách 124 hải lý (230km) về phía Tây đảo Luzon. Lưu ý rằng khu vực đất liền gần nhất của Trung Quốc là tỉnh Hải Nam cũng cách bãi cạn Scarborough đến 1.200km. Hải quân Philippines đã điều tàu chiến lớn nhất của nước này - BRP (tàu đổ bộ) đến khu vực để kiểm tra sự hiện diện của ngư dân Trung Quốc. Cuộc đối đầu giữa Philippines và
Trung Quốc chính thức bùng phát vào ngày 10/4/2012 khi tàu BRP phát hiện trên một trong tám tàu cá Trung Quốc có san hô, trai khổng lồ và cá mập sống, những thứ được luật pháp Philippines bảo vệ. Philippines cáo buột tàu thuyền và ngư dân Trung Quốc xâm nhập, đánh bắt trái phép tại vùng biển thuộc chủ quyền của Philippines. Ngay lập tức Trung Quốc đã phái hai tàu Hải giám (CMS) tới ngăn cản việc bắt giữ, tịch thu sản vật. Hai ngày sau, khi Philippines rút tàu khu trục, thay bằng một tàu Bảo vệ bờ biển thì Trung Quốc triển khai một tàu Ngư chính (FLEC) có vũ trang tại đây. Sau một tháng đối đầu, tình hình không có dấu hiệu dịu đi. Ngày 8/5 tại khu vực Scarborough có 4 tàu hải giám và 10 tàu cá Trung Quốc thả neo, còn phía Philippines có hai tàu tuần duyên và một tàu thuộc Cục Ngư nghiệp và tài nguyên dưới nước.
Trong cuộc họp với đại diện lâm thời của Philippines tại Trung Quốc, Alex Chua ngày 7/5, Thứ trưởng ngoại giao Trung Quốc Phó Oánh tuyên bố Bắc Kinh sẵn sàng cho mọi hành động leo thang trong vụ đối đầu căng thẳng với Philippines về bãi cạn tranh chấp [12; tr.7].
Cho đến ngày 5/6, sau gần hai tháng đối đầu, tình hình đã có tiến triển theo hướng tích cực khi hai phía bắt đầu rút tàu khỏi khu vực. Trung Quốc rút hai tàu hải giám và Philippines cũng đã rút hai tàu thuộc Cục Ngư nghiệp và Tài nguyên dưới nước của mình.Như vậy, vẫn còn 30 tàu cá Trung Quốc trong bãi đá ngầm trong khi phía Philippines đã rút hết tàu.Ngày 19/6, Đại sứ quán Trung Quốc tại Manila nói nước này chưa có kế hoạch rút hết tàu khỏi Hoàng Nham.
Chiều ngày 25/6, Ngoại trưởng Philippines Albert del Rosario thông báo đến thời điểm đó không có tàu cá nào của Trung Quốc ở bãi cạn Scarborough.
Mặc dù vậy, máy bay trinh sát của Hải quân Philippines đã phát hiện 23 tàu cá của Trung Quốc ở khu vực này, còn phát hiện thêm 5 tàu chính phủ ngoài khu vực đầm phá.
Bên lề Diễn đàn kinh tế Davos (Thủy Sĩ), ngày 26/1/2013, Tổng thống Benigno Aquino tố cáo Trung Quốc cho tàu gây sự với hai tàu đánh cá của Philippines vào tránh bão ở khu vực bãi cạn.Đây là hai sự cố mới nhất trong loạt hành động gây hấn của Trung Quốc đối với tàu cá Philippines. Ngày 9/4/2013, tròn một năm đối đầu giữa Philippines và bãi cạn Scarborough, Philippines đã rút tàu về trong mùa bão 2012, nhưng tàu Trung Quốc chưa bao giờ rời đi, 2 - 3 tàu hải quân Trung Quốc đã “đóng đô” ở đó, nói cách khác là Trung Quốc đã kiểm soát bãi cạn.
- Một số tác động xấu đến Philippines
Ngay khi Philippines đưa ra những phản ứng ban đầu đối với những hành động của Trung Quốc thì nước này phải gánh chịu những hậu quả nghiêm trọng về kinh tế. Tháng 5/2012, một loạt biện pháp trừng phạt về kinh tế đối với Philippines đã được thực hiện. Hàng trăm Công tơ nơ chở chuối của Philippines nhập khẩu vào Trung Quốc phải nằm chờ tại các cảng biển Trung Quốc, chờ được thông qua các thủ tục kiểm dịch khắt khe bất thường do phía Trung Quốc áp đặt. Tác động cũng được cảm nhận rõ rệt trong các lĩnh vực khác.Các hãng du lịch Trung Quốc đột ngột hủy bỏ các tua đi Philippines, giáng một đòn mạnh vào một trong những ngành chủ lực của nền kinh tế nước này.Như chúng ta đã biết, nguồn khách du lịch Trung Quốc đứng thứ 3 về số lượng lượt du khách vào Philippines. Hoạt động thăm dò khai thác dầu khí và đánh bắt cá của Philippines cũng bị gián đoạn.
Cuộc đối đầu Scarborough cũng dẫn đến một cuộc chiến tin tặc. Đầu tháng 5/2012, tin tặc bị nghi ngờ có nguồn gốc từ Trung Quốc đã cố gắng đánh sập các trang web của Bộ Khoa học và công nghệ và các cơ quan chính phủ khác của Philippines bằng phương pháp tấn công từ chối dịch vụ phân tán. Sự cố lưu lượng truy cập một số trang web của chính phủ tăng đột biến cho thấy “có chủ ý nhằm làm quá tải” các trang web Chính phủ Philippines.